不少学者都认为书院存在的意义并非是提供传统的知识要素，而是为学生提供不同于专业教育或是正式课程的滋养，形成一种“学院是父亲，书院是母亲”的双重教育。其中核心就是发展书院特色文化。由于国内书院发展历史尚短，且书院管理机制和工作方法容易受到传统学生管理模式的影响，因而不少高校的书院特色并未充分树立起来，使得书院和学院开展的活动常常缺乏区分度。[8][9]
复旦大学书院采取不少措施以提升书院的特色。特色文化的塑造主要有三方面的资源：第一，入住书院学生的学科背景各不相同，并且在此基础之上形成了不同的需求和发展差异；第二，不同书院自主设定不同的发展目标并开展相应的特色活动；第三，鼓励学生进行自我管理，发挥其自主精神和独立能力，逐步培养和塑造学生的责任意识，并以主人翁的态度积极参与书院建设。[10]经过几年发展，五大书院已经形成了初步的书院特色，其定位和特色活动各不相同：（1）志德书院定位是秉承“养正立志、果行育德”的院训，培养学生具备国际视野和实践创新能力，成为服务社会并引领社会发展之国家栋梁。特色活动是对外国际交流、明志讲堂、明德沙龙等。（2）腾飞书院特色是培育具备自然科学精神、工程思维意识和创新实践能力的引领性人才。特色活动是腾飞科创计划和技术科学大类专业介绍系列讲座。（3）克卿书院目标是以“宽口径、厚基础、重能力、求创新”为目标，培育具有科学精神和人文情怀、担当未来中国医药卫生事业的栋梁之才。特色活动是明道讲堂、正谊论坛、早期临床见习及医务志愿者活动等。（4）任重书院目的是抵制大学教育的功利主义倾向，培养有天下关怀、追求真理之勇气和学术探索之能力的社会栋梁，构建教室外的学术精神共同体。特色活动是经典研习班和学术训练营。（5）希德书院则是依托人文教育和跨学科的书院交流平台，培育具有自我管理能力、自主思考意识，以及批判性思维和社会责任感的领袖人才。特色活动是经典阅读计划和启明星计划。书院特色的形成，不仅能使书院成为具有内在活力的文化实体，更能为学生开拓多元化的教育资源和发展空间。(www.xing528.com)
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