书院建设的主旨在于通过良好的公共空间设计，有组织教育元素的植入（如导师制、第二课堂活动），有效促进学生管理模式和人才培养模式改革，更好地服务于学生成长。新型书院的最基本特征就是书院不再是一个单调的住宿空间，而形成了一个有着丰富活动的生活空间。由于各校文化历史传统和改革路径不同，因此各校组织书院活动的方式也不同。在西安交通大学、北京航空航天大学、华东师范大学等高校，书院活动主要通过原有学工系统进行组织。因此在书院内，除了课外拓展活动外，还包括既有的班集体活动和党团建设等活动。而在另一些高校，学工系统依然归属于各个专业院系，书院活动主要依靠书院自身的工作系统加以实现。
在复旦大学，书院活动主要通过书院工作系统承担，意图通过各种教育活动的组织，为学生开拓更多的学术资源和发展机会，充分发挥书院的育人效应，以便于学生的全方位成长。在复旦校内，书院活动主要分为学术讲座沙龙、读书小组、科创项目、师生交流活动几大类。其中学术讲座沙龙主要是聘请校内外名师，为书院学生开展能拓宽视野和丰富眼界的学术性讲座。读书小组由书院导师发起，并由学生自发参与，所选书目多为某一学科内的经典性文本，学生以小组为单位，在导师指引下集中阅读某一文本，并就文本中的问题与导师和同组其他成员进行讨论。科创项目主要集中于自然科学领域，每个项目有相应导师，学生可以借助这一平台提前感知和体验真正的科研活动，培养自己对科研的兴趣，并提升自己的科研能力。师生交流活动旨在促进师生之间的彼此了解和互动，具体形式包括师生共膳、“导师下午茶”、师生座谈会、专业分流介绍会、大型户外师生拓展活动等各种形式。近年来第二课堂活动的开展数量稳步上升，参与人数逐步增加，品质也不断提高，成为学生在正式课程和专业学习之外的重要学习资源。据2016年全年的不完全统计，五大书院共举办各类学术讲座沙龙66场/次、参加人数约4249人；开设各类读书小组90个，参与学生人数约974人；开设各类科创项目141个，参与学生人数约1350人；组织各类师生交流活动约228场/次，参加师生约11496人，各类活动共计525场次，参与师生人数约为18069人。书院已经成为学生在专业学习之外的另一个重要的学习和发展空间。(www.xing528.com)
书院活动类型多样，其定位也并不相同，包括如下几种：第一，定位为拓展学生视野，如书院开展的讲座、参访等活动。第二，目的是为学生提供学术性支持，如进行专业分流咨询。第三，旨在密切师生互动，促进师生之间的了解，充分发挥教师的熏陶和育人作用。第四，定位于给予学生一定程度的学术训练。例如读书会和科创项目不仅仅是拓展视野的临时之举，由于它具有较长周期，需要学生进行系统和持续性的时间和精力投入，学生往往能从中获得更为深度的收益。另外，书院举办的活动多有来自专业院系的资源作为支撑，因而也能在很大程度上保证书院活动的学术质量。
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