拉瓦锡建构了新的化学框架，重新定义了“元素”概念，不过在他之后，关于物质为何五花八门、物质如何构成等问题，依然没有公论。在拉瓦锡的时代，微粒说依然占据主流地位。空气泵和气压计等装置虽早已让“自然界拒斥真空”的说法难以立足，但仍有不少问题有待解决，例如到底可以存在多少“真空”。
波义耳的新版微粒说解释了物质的多样性，他还认为，微粒的结合取决于微粒的形态：如果两种物质不能发生反应，则意味着它们的微粒形态不匹配。
世界上产生了不可计数的来回移动的小体群集，其中有许多适合相互粘连，组成凝结物，也有许多彼此脱节，扰动分离……不难设想，物体的细微部分可能会有数不胜数的联结和纹理。因此，自然造就的大量物质各自承载着充分的独特品质，名副其实地拥有着不同的名称。
——波义耳，1661年
17世纪英国哲学家约翰·洛克认为，微粒之间存在某种相互吸引或排斥的机制——他将吸引和排斥分别命名为“联结”和“拒斥”，但并没有进一步阐释。他断言，在搞清楚这个机制之前，人们不可能真正理解化学反应。洛克惊异于构成水的“小团子”，称它们“极端微小”，就算使用高倍的显微镜都看不见。他描述说，流动的水一经冰冻，“那些小原子就粘在一起，非大力不能分开”。他惆怅地总结道，这将是需要以几个世纪去解决的谜题：“能如此迅速地结合原子的那种黏合剂，谁发现了它，谁便破解了一个伟大的未知之谜。”（1690年）
约翰·洛克的观点是正确的，但要想深入探究这个观点，还有很长的科学之路要走
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牛顿也采纳了微粒集结的物质模型：微粒的团簇逐渐增大，直至最终形成确定的物质属性以及化学行为。物质由团簇组成，团簇可分解为更小的组成部分——这种观念使物质的转化变得可能且合理。另外，牛顿还认为物质当中存在大量空隙。物质的密度取决于各类团簇之间的紧密程度，即便是我们能触摸到的最坚实的材料，也一样含有大量空隙。1777年，普利斯特里曾发表过一个震撼人心的说法：“说来违背我们的认知：整个太阳系中的固体物质，或许能装进一只坚果壳里——真空所占的比例就是如此巨大。”
当时通行的物质模型自此发生了根本性的转变，宇宙从“充满物质的空间”（plenum）变成了空荡荡的空间，这个空间中只有很少的实体物质，它们通过某种力量彼此联系，牛顿意识到了这种力量的存在，但当时的人们并不理解。洛克所描述的“联结”与“拒斥”，在普利斯特里看来正是支配宇宙的力量：“原子必然可分，其各个组成部分之间必定存在无限强大的吸引力，否则必然分崩，而难以形成坚实的原子。离开此力，则原子将不再致密坚固，即它将不成物质，因它失却了成其为物质的本性。”
空洞空间的概念对于牛顿的宇宙观非常重要，从微观层面到宏观层面都是如此。正如他设想粒子之间的空洞空间一样，他认为整个宇宙也是一个天体系统，其间有足够的空间，可以使天体间的引力弱到一定程度，避免相互碰撞
普利斯特里受到了博学多才的科学家博斯科维奇（R. Bošković）的影响。博斯科维奇生于拉古萨共和国，这是1358—1808年以拉古萨（今克罗地亚杜布罗夫尼克）为中心的国家。尽管如今鲜有人知，但在当时，博斯科维奇影响过众多伟大的科学家。他认为实体物质“不可贯穿”，这种坚固性来源于力，而非物质本身。他还提出：物质由不可再分的点或原子构成，它们是力的核心。
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