制度化建设是日本灾害危机治理机制显著特征，它主要体现在三个方面：系统完善的法律法规建设，权责明确的组织体系，固化稳定的预算保障体制。
一是法律制度体系的循序渐进、不断完善。自然灾害频发是日本政府构建长效治理机制的重要原因。立法先行、依法救灾，这是日本政府应对各种灾害的必要程序。不仅如此，每次灾害之后日本政府必将对相关法律进行修改完善，这种循序渐进的完善模式也成为日本危机体制制度化建设的重要构成。自1947年颁布《灾害救助法》以来，日本政府所颁布实施的危机应对相关法律已经多达51部，其中包括了7部基本法、18部灾害预防法、3部灾害应急对策法、23部灾后复兴建设法。
这种依法行政、依法防灾，对日本危机治理发挥了重要作用。构建法律体系，实现危机治理机制的制度化建设，这是日本危机治理模式的重要特征。无论是面对突发自然灾害、还是应对公共安全重大事件，日本政府必然会启动制度化的危机治理机制，而且每次灾害或危机之后，必须总结经验教训，再进一步完善现行机制的制度合理性。
以1961年通过的《灾害对策基本法》为例，这是日本应对灾害危机的基本大法。本来，在该法颁布实施之前日本已制定多项灾害应对相关法律法规。但实践告诉日本政府，必须出台一部基本法，以基本大法来消除防灾体系中所出现各主体条块分割等制度性缺陷，切切实实现系统化，综合防灾、计划性防灾等目标。《灾害对策基本法》本身也经历了多次修改完善，最大规模修改就是阪神大地震之后，而且一年之内竟然进行两次全面修改。修改重点是提升危机应对效率。修改前的该法规定，在突发严重自然灾害之际，首相必须先宣布国家进入紧急状态，然后才能组织内阁讨论、设立紧急灾害对策本部。修改后该法规定，首相无须宣布紧急状态就可设立紧急灾害对策本部；甚至可以不经内阁讨论而直接设立非常灾害对策本部。新法还扩大了地方政府、自卫队、警察署等相关机构的灾害处理权力。
二是构建起多元、交叉式组织体系。在组织制度建设方面，日本政府设立了“三常”“三级”体制。“三常”就是三大常设组织——内阁府防灾机构、综合防灾会议、专业性防灾机构；“三级”就是为有效应对不同程度的突发灾害，设定了中央政府级、都道府县级以及市町村级灾害应对机制。
内阁府是日本国家应对危机的最高中枢组织，它设立于2001年，承担制定国家战略、确立相关领域重大改革项目等重要使命。该机构为首相直接领导，核心成员包括内阁官房长官、特命全权大臣、内阁官房副长官、副大臣以及大臣政务官等。另外，日本政府的五大咨询会议全部在内阁府统辖之下，即经济财政咨询会议、综合科学技术会议、国家战略特区咨询会议、中央防灾会议和男女共同参画会议，这些都是日本课题应对的核心机构。(www.xing528.com)
综合防灾会议，是日本灾害应对计划的企划机构，分为三个等级：中央政府所属的中央防灾会议、都道府县的防灾会议、市町村的防灾会议。作为内阁的政策委员会，中央防灾会议规格最高，由首相任会长，成员包括相关内阁成员、指定公共机构负责人及知名专家等。它负责制定和推进防灾基本计划、紧急应对措施计划，接受中央政府相关机构咨询，审议各类防灾事项等。中央防灾会议还下设多个专业委员会，负责就专门事项进行调查及制定相关计划等。各级地方防灾会议同样由各级地方最高首长出任会长，负责制定和推行各级的防灾计划，同时承担着收集相关信息、联络和协调各部门等任务。
专业防灾机构，主要由各级消防、警察组织以及外围的自卫队、相关医疗机构组成。日本消防人员分为专职和兼职两种，专职消防人员，主要指是部署在全国各地的消防本部（共791个），配备着16万名专业消防队员；兼职消防人员，是以地方公务员为主所组成的消防团，全国共有2234个消防团，人员配备规模87万人。[37]而且中央和地方消防各有分工，如中央的消防厅负责提升消防技能以及配置最新消防器材等，目标是确保消防队员能安全有效展开作业；与此相对应，设在市町村的消防本部则以各地具体消防事务为主要任务。在发生重大灾害或事故时，由中央的消防厅组建“紧急灾害消防救援队”，根据灾害等级调动相关级别的资源，重点是针对各种复杂危险灾害，如灾害所引发的火灾、交通、水难、自然灾害、机械、建筑倒塌以及化学泄漏事故等问题。救援队一般分为紧急指挥支援和后方支援等8个专业化分队。除消防系统外，警察系统也是紧急灾害救助的重要力量。再外围就是在遭遇大型灾难之际，自卫队也被纳入重要后援。
突发灾害的应急指挥系统，是由各级政府或相关机构组建相应级别的“灾害对策本部”，该机构是统筹全局、调动资源、组织救灾的最高权力机构。政府系统的灾害对策本部包括四级：最低级的市町村级、一般级别的都道府县级所组建的一般“灾害对策本部”、高级别的中央政府组建的“非常灾害对策本部”、最高级别的是中央政府组建“紧急灾害对策本部”。灾害对策本部也可在灾害现场设立现场对策本部，以代为执行对策本部的相关权利，全权处理现场救灾。中央级灾害应对组织——非常灾害对策本部和紧急灾害对策本部，都是由首相亲自挂帅、以中央防灾会议作为核心组织机构，其组成成员还包括24个指定中央省厅机构[38]、63家指定公共机构（相关独立行政法人、日本银行、日本红十字会、NHK、电力、煤气公司、NTT等）。地方级灾害应急体制是一般灾害对策本部，由地方最高行政首长出任本部长，其所属防灾会议作为核心组织机构，成员包括地方行政或公共机构组成。
三是形成了相对固化、稳定的预算保障体系。长期以来，灾害应对预算在日本政府各项预算支出中规模庞大，基本与军费规模相当。以1995—2004年为例，日本用于防灾相关的支出，年平均规模达到4.5万亿日元，占到日本国家一般财政预算总额的5%左右。而且防灾相关预算支出不是临时项目，其特征是相对固化、稳定的。如每年防灾相关的科学技术研究支出经费约占灾害应对全部预算的1%；灾害预防相关支出费用约占全部预算的20%；国土修整与维护支出额最多，约占灾害应对全部预算的50%；再就是灾后重建部分，其相关支出额在25%左右。[39]稳定的灾害预算，成为日本危机应对机制发展完善的重要保障。除此之外，在发生特大灾害之际，还要通过临时预算或其他手段予以支持。
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