文件系统是基于存储设备而言的，通过格式化操作可以将硬盘分区格式化为不同的文件系统。文件系统是有组织地存储文件或数据的方法，以便于数据的查询和存取。
在DOS/Windows系列操作系统中，常使用的文件系统有FAT 16、FAT 32、NTFS等。
FAT 16：FAT 16是早期DOS操作系统下的格式，它使用16位的空间来表示每个扇区配置文件的情形，故称为FAT 16。由于设计上的原因，FAT 16不支持长文件名，有8个字符的文件名加3个字符的扩展名的限制。另外，FAT 16所支持的单个分区的最大尺寸为2 GB，单个硬盘的最大容量一般不能超过8 GB。如果硬盘容量超过8 GB，则8 GB以上的空间将会因无法利用而被浪费，因此该类文件系统对磁盘的利用率较低。此外，此系统的安全性比较差，易受病毒的攻击。(www.xing528.com)
FAT 32：FAT 32是继FAT 16后推出的文件系统，它采用32位的文件分配表，突破了FAT 16分区格式中每个分区容量只有2 GB的限制，大大减少了对磁盘的浪费，提高了磁盘的利用率。FAT 32是目前被普遍使用的文件系统分区格式。但FAT 32分区格式也有缺点，由于这种分区格式支持的磁盘分区文件表比较大，因此其运行速度略低于FAT 16分区格式的磁盘。
NTFS：NTFS是Windows NT的专用格式，具有出色的安全性和稳定性。这种文件系统与DOS以及Windows 98/Me系统不兼容，要使用该文件系统应安装Windows 2000操作系统以上的版本。使用NTFS分区格式的优点是在用户使用的过程中不易产生文件碎片，并可以对用户的操作进行记录。NTFS格式是目前最常用的文件格式。
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