关于李贽的家族渊源有两点影响最大，不能不提：一是航海世家，二是阿拉伯血统。如果说航海世家反映的是海洋文明与商业文明的家族背景，那么，阿拉伯血统则反映了伊斯兰教的家族背景。因此，从家族渊源的角度看，李贽标新立异人格的形成，似乎可以说是海洋文明、商业文明、伊斯兰教和乡土中国传统相结合的一个结果，至少是产生过影响的。
李贽的家族世系有两种说法：一是李闾—林弩—林福生—林易庵—林琛—林义方—林白斋—林载贽（李贽）；二是林闾—林弩—林信生（李允诚）—林乾学—李端阳—李宗洁—李钟秀（林白斋）—林载贽（李贽）。此二说的分歧只在第三代、第四代、第五代。也就是说，李贽究竟是林福生一脉还是林信生一脉。林弩生五子，林信生（字允诚）是三子，而林福生（字通衢）则是五子。这种分歧虽不能说是无关紧要，但都未能改变李贽的商人家世，也不能否定李贽具有的阿拉伯血统。
据《荣山李氏族谱》记载，至少从元朝末年起，泉州李氏家族的林氏一世祖睦斋公李闾，就“承藉先人蓄积之资，尝以客航泛海外诸国”。而二世祖林弩更是“航吴泛越，为泉巨商”，明洪武九年（1376年）“奉命发舶西洋”。[1]此后，其子孙或从事航海，往来于琉球、日本之间，或在本地做些小商小贩，开纸店、卖青靛、开棉行、贩米载糖。对此商业传统的记载一直延续至万历二十八年（1600年），也就是说李贽的祖父、父辈、同辈和侄辈，除李贽和他父亲林白斋之外，悉以经商为业。[2]
至于李贽的阿拉伯血统则源于二世祖林弩，而林李之分亦开于此。据《凤池林李宗谱》记载，林弩，字景文，号东湖，睦斋公之长子，“洪武十七年，奉命发舶西洋，忽鲁谟斯等教不一，为事不谐，行年三十，遂从其教，受戒于清净寺教门，号天顺之民。就娶色目婢人归于家，卒年四十六。……然而肇分林李之派，其隙亦开于此矣”[3]。亦即说，林弩在30岁时奉命去西洋，到了现在的霍尔木兹海峡附近，不仅娶了色目人为妻，还信了伊斯兰教，其受戒之地便是泉州的清净寺（清真寺）。而这也正是李贽家族有了林李之分的开端：为了以示分别，长房即林弩一脉改姓林，而其弟即李端便是李派。(www.xing528.com)
而《荣山李氏族谱》则更进一步记载，“洪武九年，奉命发舶西洋，娶色目人，遂习其俗，终身不革。今子孙蕃衍，犹不去其异教”[4]。也就是说，不仅林弩自己“迷于色目之俗而不能悟”，其子孙也是“不去其异教”。
据张建业考证，在李贽家族中，除林弩外，还有不少人和色目人、伊斯兰教徒通婚。林氏宗谱中还记载了很多李氏与蒲氏、丁氏、迭氏通婚的事。蒲氏是蒲寿庚的后代，《晋江县志》称蒲为“西域人”；丁氏是回回人，是赛典赤·瞻思丁后代的汉姓；迭氏乃泉郡中巨族，与金、丁、马、夏并称“五大族，皆以妈氏异教，沿至十余世”[5]。
应该说，李贽家族商业文化与伊斯兰教文化的背景对李贽思想的形成具有一定的影响，一如张建业所指出：李贽家族信仰的复杂化与西亚血统，对于李贽冲破民族界限、宗教信仰、孔孟之道等的束缚都产生了一定影响。[6]
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