在这个阶段，伽利略的观测结果已经证明天空的星体与地球一样是不完美的，其中有一些行星并不围绕地球公转。不过，虽然这些结果让人们摆脱了延续几个世纪的柏拉图理论，但还是没有一个人能够清晰地证明太阳就是太阳系的中心……就连最顽固的学者都知道这一点。
事实上，伽利略在1610年8月给开普勒的一封信中就表达了他的沮丧。他在信中解释说：
有一些哲学家在质疑我的发现，当我邀请他们通过望远镜自己进行观察时，他们也拒绝了我。
亲爱的开普勒，我希望我们可以将这些资质平庸之人的愚蠢付之一笑。对于这些哲学家们如毒蝰一般的固执行径，我还能说什么呢？尽管我费尽心思地让他们免费用望远镜自己去看，这些人不仅不想看行星，连望远镜也不想看一眼。就像毒蝰闭上了耳朵一样，这些哲学家也在真理的光芒面前闭上了自己的眼睛。
伽利略还抱怨说，天文学家们希望自己永远不必抬头去看，似乎宇宙的伟大著作只能由亚里士多德来解读，而他们的眼睛注定只是给后世传达这些观点的。
不过，在1610年伽利略还是发现了支持日心说权威性的、无可争议的证据。他意识到金星被观测到的形状也会在不同时段增大或减小，就像月亮一样。
根据金星在轨道中的位置，以及人们能够观测到其出现的位置，我们能看到行星的一部分是被照亮的。伽利略意识到，只有在两种情况下会出现上述现象：（1）金星围绕着太阳转；（2）金星比地球距离太阳更近。而在托勒密的宇宙体系中，金星只可能处于增大的阶段，如上图所示。
这一细节直接否定了托勒密的宇宙系统。因为若地球是宇宙中心，而其他星体绕其运动的话，这个已经添加了许多本轮的系统中不可能出现再观测到金星盈亏的现象。但这并没有即刻改变所有人的想法，很多天文学家自此转向了金星围绕太阳运动的宇宙系统，如第谷系统，但其中太阳还是在围绕地球运动。
某种程度上，这也是可以理解的。在一个社会中，若大多数知识分子都确信《圣经》是上帝的话语，则有些认识不容易被动摇。况且，人们会理解为，上帝说地球是宇宙的中心，比起那些与之相矛盾的理论，也会更愿意相信那些能够支持地心说的概念。不过，伽利略的发现为以后日心说被正名提供了证据，虽然这让他陷入了极大的麻烦之中。
在基督教的世界中，大部分受教育人群相信托勒密的地心说模型，不仅仅是因为这个模型非常有效地预测了行星的运行轨迹，也是因其有一部分与《圣经》中的内容相吻合，例如：
整个地球要在他面前颤抖，世界也坚定不动摇。（《历代志》）
日出日落，急归所出之地。（《传道书》）
将地立在根基上，使地永不动摇。（《诗篇》）(www.xing528.com)
当然，《圣经》中也有自相矛盾的地方，例如：
神将北极铺在空中，将大地悬在虚空。（《约伯记》）
《圣经》中这些矛盾的地方已是众所周知，所以我们不去深入探究这一主题。但有一个基本的理念是：教会非常认同地心说，突然之间出现了一个新的理论，认为太阳位于中心位置，并且这个理论更好地解释了天体的运动，还假定行星的轨道并非完美的圆形。
托勒密模型不再是最好的工具，人们也不再将其有效性归因于观察的准确性，因为已经出现了一个更好的模型。当然，日心说与《圣经》是有冲突的。这个时候，教会站在了十字路口处，唯一合理的办法是：继续捍卫托勒密模型的真实性，但同时在实际生活中应用日心说模型，如在1582年人们就利用日心说调整了日历。
然而，日心说没有一直游走于这种被接受的边缘。1616年，教会的立场不再模糊。由于伽利略为捍卫日心说所进行的激进运动已经为自己在教会中招来了许多敌人，再加上他在辩论中的果决，被人一纸诉状告到了宗教裁判所。这个时候，伽利略已经被教会的人视为眼中钉。
1545年—1563年，特伦特委员会举行了会议。记住，他们在会中重新定义了天主教教会接受的内容与不认同的内容，以此与新教做区分。
其中一件已经批准的事情就是，教会对《圣经》有最终的解释权。据此，他们宣称《圣经》中讲到地球是宇宙的中心。
在意大利这样的天主教国家，哥白尼提出并在1543年发表的日心说就成为一项异端工作，尽管书中只是把这个理论归为假设。鉴于教会将哥白尼的谨慎之作放进了禁书清单，并进行了适当的重新编订，伽利略能够继续宣扬他的想法而未被教会烧死实属奇迹。
总之，在1616年2月26日，教皇保罗五世裁定，伽利略必须放弃哥白尼的观点，如果他继续坚持，教会将采取重大行动。判决具体如下：
完全放弃教授、捍卫哥白尼的观点，不得为此项观点辩护。完全放弃太阳在宇宙中心静止而地球在运动的观点，不得以任何口头或书面的形式教授、捍卫它。
顺便说一句，在对伽利略进行审判后，教会禁止发行哥白尼的书，直至其内容得到纠正。即使哥白尼的书中用语微妙而谨慎，也无法摆脱被审查。在德国，开普勒的研究工作也接受了审查。正如您所看到的，社会气氛对新思想不太开放，不过伽利略并没有就此收手。
我想，只能用下面这个插图来表达这种审判到底有多烦人。
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