东晋孝武帝在位后期，为了制衡辅政的琅玡王（后改封会稽王）司马道子，任用皇后之兄王恭为前将军、兖青二州刺史、假节，镇京口，亲信殷仲堪为振威将军、荆州刺史、假节，镇江陵，形成台辅与藩镇内外相持的格局。孝武帝去世，安帝即位后，司马道子执政，宠信佞人王国宝等，政治腐败，王恭、殷仲堪等藩镇与司马道子相府矛盾尖锐，由此酿成一场大的政治变乱。
殷仲堪擅长玄谈，享有盛誉，但非将帅之才。他被授以上流方镇之任，但当时人普遍认为他不是一个合适的人选。殷仲堪到江陵赴任后，首先面临着一个问题，即如何处理与桓氏家族的关系。
桓温在世时，权势显赫，桓氏子弟在荆州各地担任要职，而当地官僚也多半是桓氏故吏。桓温去世后，桓氏家族在当地的潜在势力依然十分强大，更何况桓温有一个野心勃勃的儿子桓玄。
桓玄是桓温的庶子，年幼时颇受桓温喜爱。桓温临终前，遗命以桓玄为嗣，袭爵南郡公。待到桓玄成年，博学多能，形貌奇伟，神态高雅。他仗恃自己的才华门第，以雄豪自居，深为人们所畏惮，朝廷也对他颇为疑忌。由于桓温晚年有不臣之迹，朝廷对桓玄兄弟多方限制，因而桓玄久不得志，入仕多年仅做到义兴太守。他曾登高远眺太湖，慨叹道：“父为九州伯，儿为五湖长！”（《晋书》卷九十九）表明对现状极为不满，于是辞官不做，回到封地南郡（郡治江陵）。
桓玄辞官回到江陵后，殷仲堪畏惮其才华门第，与他深相交结。桓玄则另有图谋，他希冀借助殷仲堪的军事实力，乘时而起，振兴家族，因而投殷仲堪之所好，取悦于他。两人经常书信往来，讨论一些国计民生问题。隆安元年（397），中书令王国宝依附会稽王司马道子，谋划削弱方镇，导致朝廷内外骚动，王恭对此极为不满。桓玄见时机已到，暗中盘算建立一番功业，于是游说殷仲堪，要他遣使者联络王恭，共同起兵，匡正朝纲。殷仲堪赞同桓玄的意见，但迟疑难决。恰好王恭派人联络殷仲堪和桓玄，殷仲堪方才决定起兵响应王恭。
司马道子畏惧王恭等起兵，收捕王国宝等斩首，向王恭谢罪，王恭等罢兵。经过这场事变，桓玄崭露头角，他乘机请求镇守广州。会稽王司马道子也畏惮桓玄，不愿让他居留在荆州，所以顺从其意，加拜他为建威将军、广州刺史。但是，桓玄得到朝廷任命后，却拒不赴任，因为他根本就不愿离开桓氏家族根基雄厚的荆州。(www.xing528.com)
隆安二年（398），王恭与豫州刺史庾楷再次举兵，讨伐司马道子信用的江州刺史王愉、谯王司马尚之，并通告殷仲堪、桓玄。殷仲堪等响应王恭，由杨佺期率舟师五千为前锋，桓玄居次，殷仲堪率兵两万，相继东下。殷仲堪等一路克捷，进抵芜湖一线，忽然接到王恭死讯，说是王恭属下大将刘牢之反叛王恭，投靠朝廷，领北府兵镇守新亭。桓玄等三军闻讯失色，丧失斗志，一齐回师屯于赣江入长江处之蔡洲。司马道子等任命忠于朝廷的桓修为荆州刺史，又任命桓玄为江州刺史、杨佺期为雍州刺史，殷仲堪则改授广州刺史，借以瓦解殷、桓、杨联盟。
桓玄、杨佺期喜得宠授，准备接受朝廷任命。殷仲堪因遭到贬抑而恼羞成怒，率大军自行西返，并威胁桓玄等部下军士，若不各自逃散西归，待大军返抵江陵，便要诛杀他们的家人。桓玄等军心动摇，只得追随殷仲堪西上，在寻阳赶上大军。当时，殷仲堪已经失职，需要倚仗桓玄等为援，桓玄等也须借助于殷仲堪属下部众，彼此互相牵制利用。于是，殷仲堪、桓玄、杨佺期三人在寻阳会盟，决定共同对抗朝廷。朝廷不得不妥协，让殷仲堪等各复原职。三人接受诏命，各返本镇。
当初，桓玄在荆州豪纵，士庶无不对他百般畏惮，其威势比州牧有过之而无不及。殷仲堪属下亲信劝他及早杀掉桓玄，消除后患，殷仲堪不接受。待到大军返回寻阳，殷仲堪又借重桓玄的声望与门第，推他为盟主，桓玄愈加矜夸自重。杨佺期出自弘农杨氏，是东汉时期的一流高门，只因过江较晚而受当时人排挤。杨佺期常常拿自己的门第在人前夸耀，桓玄却毫不理会，往往视之为寒士，杨佺期极为愤恨。寻阳会盟时，杨佺期打算在会盟坛上袭杀桓玄。但是，杨佺期为人骁猛骄悍，殷仲堪害怕他火并桓玄之后，转而危害自己，便竭力加以阻止。桓玄也知道杨佺期有害己之心，暗中谋划将他吞并掉，于是驻屯在夏口（今湖北武昌），挡住杨佺期自襄阳进入长江的通道。桓、杨二人产生摩擦，愈演愈烈，殷仲堪害怕其中一方坐大，往往向两边分别施压，力图宁人息事，维持均势。
隆安三年（399），桓玄断然举兵讨伐杨佺期，先发兵进攻殷仲堪。殷仲堪一面派兵抵御，一面急召杨佺期。杨佺期认为江陵缺少军粮，无法待敌，要殷仲堪率众赶赴襄阳，共守一处。殷仲堪不愿放弃荆州，便蒙骗杨佺期，说是短期内可筹集到军粮。杨佺期听信殷仲堪，率精锐步骑前来会合，方知受骗。杨佺期率部众与桓玄交战失败，逃回襄阳，被追兵所杀。殷仲堪出逃，为追兵所获，被逼自杀。至此，桓玄兼并荆、雍二州，成为上流强藩，恢复了桓温凭借上流凌驾朝廷之势。
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