新大学的建立处于民族主义扩张的阶段。早在1813年2月10日国王发出命令之前，大学的公告栏上就张贴出了号召自愿参战抵抗法国统治的倡议书。25名学生在公告贴出当天就报了名，截止到2月16日共有258名学报名。教室突然间变得空荡荡，学生们为了参加民族解放战争而中止了自己的学业。当时大学里仅有129名注册的大学生，而1811年时有312人在教室里学习。不仅仅是学生，积极性高的老师也参加了战时动员。费希特、施莱尔马赫、尼布尔和波克加入了战时后备军，医学学生莱尔双手紧握武器，在前线服役的过程中献出了自己的生命。[33]战争过后柏林大学迅速成为德国最大的高等学校之一，学校在1816年冬季学期共招收了1161名学生，这其中有447人是非普鲁士人。
柏林大学在1814年8月3日庆祝他们的国家资助者普鲁士国王的生日，同时庆祝祖国的解放，哲学院在这一天用一等名誉博士的称号表彰了总理哈登堡亲王，表扬了取得战争胜利的战场英雄们，这揭示了大学、国家和军队之间的紧密联系。[34]
1817年，冯·阿尔施泰因男爵成为第一任普鲁士的宗教、教育和医学事务部的部长。这个勤奋的文化部长希望在大学和两所研究院之间建立更加紧密的联系。他不想将大学建成高等专科学校的模式，同时他也不想废除科研机构。但是根据他的设计方案，学校要听从教育部上级直系领导和高级官员的指挥，学校的独立性、学校成员和教师的聘任以及大学的行政费用都会受到限制[35]。这种在人事管理和财产管理中出现的官僚主义思想和拜默的理念异曲同工，而有别于洪堡的思想，洪堡要求大学享有自己独立管理的权力。(www.xing528.com)
阿尔滕施泰因男爵运用行政权力，把位于首都的柏林大学赋予了国家级大学的角色。而其他地区的公立大学，如柯尼斯堡、布雷斯劳、哈勒和波恩的大学只对自己所在省有重大的影响并且是基于职业培养的要求而设立。与这些大学不同的是，柏林大学旨在成为一所普鲁士乃至德国的中心大学。中心大学不仅仅具有总结性和科学性更高的特质，并且在全普鲁士范围内和德国都有重要的影响。为了达到这个目的，大学内专业都要具备较强的设置并配备最好的师资。在这里人们能赢得最好的资源。柏林大学收藏室、各学院、各机构设置必须比所有其他学校更胜一筹。学校要为那些寻求多方面学术教育的人，无论是总体上或是在某一单个的专业上，提供所有的发展机会。[36]首都高校是为精英中的精英所设立的；学校不仅应成为各省公立大学老师的教育基地，还要促进最新最尖端的科研的进展。柏林大学后来的发展都得益于这位孜孜不倦的教育部部长，柏林大学高人一等的成就显示了这一国家重点照顾优势的意义。
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