在由宫廷和公职人员促成的改革运动的背景下，内政部宗教和教育事务厅厅长洪堡在1809年6月24日于柯尼斯堡受命建立柏林大学。利用各种尊贵的言语和外交辞令，洪堡终于劝动一直处于犹豫中的国王批准了他的申请。
因此，所有位于柏林的科学机构都要听命于洪堡的部门，这是洪堡在他的申请书中所表述的：“科学研究所、艺术研究所、科研机构，即临床学、解剖学和医药学的机构（只要从总体上看是属于纯粹的科学属性），图书馆、天文观测台、植物园、自然历史和艺术品的收藏以及一般性的教学机构自动地连入一个有组织性的整体，这其中的每一个部分，享有一定的独立性，但是和其他的组成部分为了最终目的而共同协作”[1]。
1809年8月16日，国王签发了新机构的创办证明文件。除了建设一所大学，该文件还涵盖了研究所的改革和其他科学教育机构的重组等内容。[2]尽管有来自原来位于柏林的研究所的反对，洪堡成功地与内政部长多拿、财政部长阿尔滕施泰因、司法部长拜默等人共同合作，使得大学能充分地利用各个科学研究机构。1809年9月22日的敕命表明，“科学研究所在未来可能会成为一般教学机构中独立的一部分”。在这个条件下，与研究所相关的机构将会在未来脱离研究院，这是为了给人们提供共同使用大学和研究所的可能。布鲁赫认为，洪堡为了大学的利益从研究所那里偷取了属于研究所的机构和珍贵的收藏品[3]。研究所的重组在冯·洪堡1810年6月14日卸任后才结束。
在教育方法的改革中，冯·洪堡的共事者是他在工作部门的主要支持者，尤其是苏文、乌登和尼科洛维斯等人。洪堡在1810年6月3日呼吁为了践行5月30日下发的创办大学敕命而开设建设委员会，这其中包括苏文、乌登和施莱尔马赫等人。尽管弗里德里希·冯·舒克曼在11月20日接替了洪堡的工作，而在那之后的12月16日委员会解散，但洪堡建设大学的基础工作还是得到了进一步的延续。(www.xing528.com)
洪堡和委员会在洪堡离职后建立了第一批学术机构。9月8日，当时哈勒大学的校长被指派为柏林大学的校长，第一批计划中的院长分别是施莱尔马赫、萨维尼、莱尔和费希特。除了任命教师，学生名册、鉴定书、假期安排、学术裁判权、经费安排、分发薪金的方式等事物也得到规范，教室和办公室的准备工作则在海因里希王子的宫殿进行。
10月10日柏林大学举行了首次评议会会议，10月末第一批讲座开始进行。在第一个学期学校共有256名注册学生，这其中有117名医学院学生，53名法学院学生，29名神学院学生，57名哲学院学生[4]。这时的哲学院涵盖了自然科学和人文社会科学。
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