崇祯十七年（1644）三月十九日，北京失陷、崇祯帝自缢身亡时，明朝在南方尚有五十多万军队，南京形式上还保留着一个中央政府班子。如果能够建立一个强有力的权力中心，以当时的兵力，加之长江天堑，以及民间广大百姓同仇敌忾的抵抗决心，也未必不能重建明朝，或至少像南宋那样，依江而治，将明王朝继续延续下去。但事情的发展却与这样的愿望背道而驰。
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由于北京与南京遥距千里，当北京失陷的消息最终被南京方面确认时，已是一个月以后的事情了。这时，南京方面首先考虑的是议立新君的问题。五月十五日，崇祯帝朱由检从兄福王朱由崧在凤阳总督、阉党残余马士英等人的拥戴下，在南京称帝，建元弘光。
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在这国难当头之时，明大臣们仍忙于党争。马士英等人极力拥戴福王，东林党人则认为福王行为不端，不愿拥立。马士英等耍尽手腕，最后成功，并把正直派人物代表、南京兵部尚书史可法排挤出南京，让他督师扬州。马士英大权独揽，飞扬跋扈，又编了名为《蝗蝻录》的东林、复社人员黑名单，以图将反对派一网打尽。当时曾有人以“秦桧在内，李纲在外”，来比喻马士英等人的卑劣手段。史可法看到国势危殆，大局可忧，便决心鞠躬尽瘁，克尽臣节。
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福王朱由崧称帝后，昏庸荒淫，不问政事，每天关心的只是饮酒戏女，寻欢作乐，甚至以割山海关外地和岁币十万两为条件，向清廷屈辱求和，但遭到清统治者的拒绝。清廷兴兵南下，弘光元年（1645）五月，南京失陷，福王“乘小轿，衣蓝袍，首披包头，油扇障面”，到南京请降，但仍没能摆脱被杀的命运。南京弘光政权前后只存在了一年。
顺治二年（1645）闰六月，浙江的将官在绍兴拥鲁王朱以海监国，拥有绍兴、宁波、温州、台州等地；同时，郑芝龙、黄道周等也在福州拥立唐王朱聿键称帝，建元隆武。鲁王、唐王两个政权互争真伪，不肯合作。同时，两个王朝内部也非常腐败。顺治三年（1646）六月，清军渡过钱塘江，进攻绍兴，温州、台州等相继陷落，鲁王在属下保护下浮海逃至舟山。顺治八年（1651），清军攻破舟山，张名振、张煌言护鲁王航海南下金门。顺治十年（1653），鲁王去监国名号，最后投奔了郑成功，老死在台湾。唐王的大权则掌握在郑芝龙手中，而郑芝龙本无意抗清，他只不过是想借唐王的旗号为自己谋利。他当时手中有二三十万大军，但却忙于搜刮财物，扩充实力。当浙东鲁王政权崩溃、清军南下进逼福建时，他甚至与清军暗中密约，准备降清。他尽撤仙霞岭上的防军，使清军得以长驱直入。顺治三年秋，福州失守，唐王逃至汀州（今长汀），被清军俘杀。郑芝龙不听其子郑成功的劝告，剃发降清，隆武政权倾覆，历时仅一年零三个月。其后，朱聿
在广州称帝，改元绍武，绍武政权仅维持了四十天。
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顺治二年十月，桂王之子朱由榔受两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜拥立，在广东肇庆称帝，改元永历。永历政权在大西农民军余部的支持下，前后维持了十六年，最后几年躲进缅甸。南明政权的存在，显示了明朝皇室世系的延续，成为人们抗清斗争的精神支柱。但当时真正的抗清力量是接受南明政权招抚的农民军余部。顺治十八年（1661），吴三桂率兵追入缅甸，在清军压境的情况下，缅王交出了朱由榔，南明王朝灭亡。此后，以李来亨、郝摇旗领导的农民军为主体的抗清斗争还在继续，并一直坚持到康熙三年（1664）。[82]
南明抗清铁炮
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