万历帝朱翊钧十岁登基，十四岁举行大婚典礼。皇后王氏，端庄宽厚，专心侍奉朱翊钧生母慈圣皇太后，深得李太后宠爱。王皇后婚后三年多才生一女儿，始终没有儿子。有一次，朱翊钧去慈宁宫探望生母李太后，宫女王氏捧了面盆伺候，朱翊钧一时兴起便临幸了她，王氏也因此而怀孕。
按照宫中惯例，宫女受皇上宠幸，必有赏赐。随侍文书房宦官也要记注皇上临幸宫女的年月日及所赐物品，以备查验。但这毕竟不是太光彩的事，加之万历帝对王姓宫女也只是一时兴趣，并没有什么感情，所以万历帝对此一直讳莫如深，左右内侍也都守口如瓶。这事被李太后知道了，万历帝起初还想隐瞒，但抵不过《内起居注》中明白无误的记载，也只好承认了。在李太后的规劝催促下，万历帝也只好封王氏为恭妃。万历十年，王恭妃生一男孩，这便是万历帝的长子—朱常洛。
当时，皇后王氏和恭妃王氏，都不受万历帝的宠爱。万历帝情有独钟的是生育皇二女的德妃郑氏。万历帝久居深宫，受到的是封闭式的传统教育、板脸式的训斥与叩拜请示的繁复礼节，他与身边的人缺少心理理解与情感共鸣。据史书记载，郑氏并无闭月羞花之貌，但她为人聪慧机警，喜欢读书，尤为难能可贵的是，她与年轻的万历帝有共同的志趣爱好，对情感孤独空虚的万历帝来说，郑氏无异于他的精神支柱。他们情感上的契合与共鸣着实让人吃惊，太监和宫女们常常看到他们双双跪拜于佛前祈祷。万历十二年，万历帝“破格”册封郑氏为贵妃，使得郑氏的地位仅次于皇后王氏，高于恭妃王氏及宫内其他嫔妃。万历十四年，郑氏也生一子，取名常洵，排行第三。从此，皇上对郑氏更是偏爱有加。
万历帝对皇三子的偏爱程度超过了皇长子，使得朝廷大臣们在册立太子的问题上，面临难题。按规矩应册立皇长子常洛，太后心疼她的长孙，也偏向册立常洛，但万历帝内心想册立皇三子常洵。由于这牵涉“国本”大事，不可掉以轻心。万历帝也受制于传统的儒家礼教，不敢公然违背，更不便公然废王皇后而立郑氏为后；但顺从大臣们的意见，立常洛为太子，又实在不甘心。于是，他就采取拖延办法，今天借口皇子还太小，明天又说皇后也许还会生子，迟迟不肯立储，并常常把大臣们的奏折留中不理。但是，随着大臣们请立太子的奏疏日益增多，万历帝感觉到，长期留中不理也不是办法，而且一日不立太子，他就难有一日的安宁。身为一国之君，具有无上的权威，而如今连自己最心爱的女人、儿子都不能随心所欲地赏封，他心何以甘？就这样，在册立太子之事上，神宗固执己见，朝臣议论纷纷，内阁左右为难。迫于舆论和传统的压力，阁臣们明知皇帝不快，但也不得不频繁上奏，催促皇帝早做决断。这样做势必又激怒皇帝，使得阁臣们不得不“引咎辞职”。朝臣与皇上在“国本”问题上的意见尖锐对立，双方毫不相让。
掐丝珐琅狮纹尊（明中期，北京故宫博物院藏）
青花人物套盒（明正德年间，北京故宫博物院藏）(www.xing528.com)
青花云龙纹扁壶（明永乐年间，南京博物院藏）
青花狮球纹罐（明宣德年间，上海博物馆藏）
万历帝利用其皇帝的身份与权力，对直言极谏的给事中、御史，动辄惩处；对好言劝导的阁部大臣，则随便训斥。其刚愎自用、专横独断的程度，实为罕见。到最后，因册立东宫之争，竟然导致了内阁的大换班。廷臣们在事关宗社大计的问题上，甘冒风险，纷纷挺身上言，对万历帝不依不饶，表现了异常的勇敢与前仆后继的精神。
万历帝生母李太后的态度，对万历帝最终的抉择起了重要的影响。起初，万历帝欲以朱常洛是宫女的儿子为借口，不想立他为太子，结果李太后听后极为不悦，当场正色训斥道：“母以子贵，哪分等级？你不也是宫女的儿子吗？”这一句话击中了要害。万历帝生母也是宫女出身，她早年是作为宫女进入裕王（即后来的隆庆帝）府邸，生了朱翊钧后，才晋封为贵妃。朱翊钧即位后，又得尊号慈圣皇太后。万历帝听了母后的话，自知理亏。对于朱翊钧而言，自幼处于母亲的严厉管教之下，母亲训示的压力超过外廷大臣的诤谏。这件事对于日后万历帝最终决定确立朱常洛为太子，起了不可忽视的影响。最后，万历帝终于拗不过众朝臣和母后的压力，于万历二十九年，册立朱常洛为太子。[64]
从万历十四年（1586）首辅申时行提出建储—册立皇太子，一直拖到万历二十九年（1601），储位始定，中间历经十五年的延宕。这件事给万历帝和群臣之间带来了深深的隔阂与抵触，使他对纷繁琐碎的朝政事务，也产生了强烈的厌倦感。在某种程度上，也成为万历帝日后沉溺后宫的一个重要原因。而长期耽于酒色，又令他疾病缠身，难以胜任日理万机的政治生活，由此开始了明朝历史上又一个皇帝长期怠政的时期。
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