朱棣自己是以藩王起兵得到皇帝宝座的，因此，他对藩王权势过重的危害自然十分清楚。但他自己又是以藩王利益代表者和保护者的身份“清君侧”而起兵的，所以，他当上皇帝后，一方面要削减藩王的权势，另一方面又不可操之过急，便采取欲夺先予的政策。起初，他对诸王礼恩有加，先恢复了被建文帝贬削的几个藩王的地位，如周王、齐王、代王、岷王等都恢复了旧封，遭他们牵连的部下也大都得到复职。朱棣还对诸王进行慷慨的赏赐，以表彰护驾有功。但诸王们很快就发现，他们在朱棣手下只能安分守法，不能骄恣放纵，更不能干任何危害皇权的事，否则，以朱棣的老辣果断，他们的结局会更惨。
宁王朱权足智多谋，他的三护卫都是剽悍的骑兵，朱棣刚起兵他的部下就被收编，并在“靖难之役”中立下了汗马功劳。当时朱棣答应他事成后“中分天下”，如今事成了，朱棣成了皇帝，却不兑现先前的诺言，不仅没有把当初收编的部队还他，也没有答应将他封到苏杭地区的要求，而是把朱权改封到偏远的南昌。这样一来，大大削弱了朱权的实力。朱权自然心中不快，但很快便被人向朱棣通报，说他心怀不轨，伺机谋反，朱棣随即派人查访。朱权看到成祖的这种气势，知道一切都无济于事，便只有认命，每日以鼓琴诗书自娱，总算躲过了劫难，终成祖一朝平安无事。
当朱棣感到自己的皇位比较稳固之后，他就开始了大刀阔斧的削藩行动，包括在永乐初被重新恢复王位的诸藩王。永乐元年十一月，革去代王的三护卫及官属；永乐四年（1406）五月，削去齐王的官属和护卫，八月又将其废为庶人；永乐六年（1408）削岷王朱楩的护卫并罢其官属；永乐十年（1412）削辽王朱植护卫；永乐十五年（1417）废谷王朱橞为庶人。朱棣的同母弟周王朱橚，看到诸藩被削，心中害怕，时常讨好朱棣。但朱棣仍对他不放心，永乐十八年，令人告他谋反，然后召他进宫，让朱棣看告他的信。小心谨慎的朱橚是个聪明人，回去后就献出了三护卫军队。从此以后，远离政治，成为明代颇有成就的科学家。他著有《救荒本草》一书，收录了许多可供人食用的野生植物，还主持编写《普济方》一书，共一百六十八卷，书中集我国历代方剂之大成，是我国现存最大、最完备的一部古代方剂学著作。朱橚还善词赋，著有《元宫词》百章。在历代王室子弟当中，朱橚也算是文化成就较突出的一个了。
这样，通过各种手段，朱棣就把当时掌握兵权的大部分亲王，或削其护卫，或废为庶人，基本上实现了削藩的目的。总体上看，朱棣的削藩比较顺利，不像建文帝那样一波三折。这一方面是二人在性格、策略上的差异，建文帝削藩时优柔寡断，态度不坚决，策略也不当；而朱棣则坚决果断，雷厉风行。另一方面，也是因为建文帝已经削掉了几个势力较大的藩王，客观上为朱棣提供了一些有利的条件。经过“靖难之役”后，当时已没有足能与永乐朝廷抗衡的藩王了。
北京天坛祈年殿。明代永乐十八年（1420）建，原名为天地坛。
阳山碑材。朱棣为其父朱元璋树碑而开凿的巨型石材，因过于巨大而被遗弃在南京郊外的采石场。(www.xing528.com)
朱棣还通过实行“藩禁”，进一步加强对诸王的控制。主要有下列措施：一是将边塞掌握重兵的藩王迁封到内地，削减其护卫军兵。二是禁止诸王节制武将，将军事指挥权转移到朝廷任命的将领手中。此前藩王有节制武臣的权力，尤其是边塞诸王，一旦边境有事，即便元勋宿将也都要听藩王节制，客观上为诸藩王培养羽翼、拥兵割据提供了条件，这自然为朱棣所不能容忍。三是禁止藩王干预地方事务。这些措施实施之后，藩王彻底失去了统率重兵、指挥公侯、横行地方的威风，再也掀不起威胁皇权的大风浪。[18]
长陵方城、明楼。长陵为明成祖朱棣与徐皇后合葬墓，建成于永乐十一年（1413），为明代十三陵之首，也是明成祖建北京皇宫（故宫）的第三年（1409）自建的“寿宫”。
在削弱藩王势力的同时，朱棣又大封靖难功臣，使得永乐朝的中央政权有了可靠的武力保证。至此，朱元璋大封藩王所遗留的问题已基本得到解决。但朱棣对藩王分封还没有从制度上进行彻底改革，他对自己的儿子汉王高煦和赵王高燧，仍然按祖训设立了护卫，从而导致了宣德元年（1426）的“高煦之叛”。宣宗朱瞻基率兵平定了朱高煦的叛乱之后，又先后削除了楚、蜀、肃及赵等王府的护卫。自此以后，王府不再设立护卫，藩王的势力大衰。朱瞻基还进一步规定，藩王不得参政、出仕，严禁与地方官府结交等。此后在“分封而不赐土，列爵而不临民，食禄而不治事”的祖训和历朝皇帝的严厉管束下，藩王们别无“出仕及谋生之路”，从屏蔽帝室镇守一方的地位，下降为坐食禄米的皇室地主，在政治上已起不了大的作用。但到了明朝后期，随着藩王宗室人口的繁衍，皇族人口达数十万之众，成为明朝财政的沉重负担。
通过一系列的政治手段，朱棣终于稳固了自己的统治。就永乐政权与建文政权比较而言，燕王朱棣的胜利不仅是一个藩王对皇帝朝廷的胜利，它也是军人权力对文官政府的胜利。永乐帝无限期地延续了开国皇帝的军事遗产。这份遗产使文官政府黯然失色，同时也使帝国达到了权力和影响的顶峰。[19]
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