1644年清军入关，根基未稳，各地农民军及南明朝廷等反清势力依然存在，这对于刚刚进入中原的清朝政权来说仍是极大的隐患。而同时清军力量亦不足以直接控制南方各省，因此清廷采取任用汉人降将，分封管理南方一些省份的方法以维持稳定，逐渐推进统一大业。于是在顺治十一年（1654年）命平南王尚可喜镇广东，顺治十六年（1659年）命平西王吴三桂镇云南，顺治十七年（1660年）命靖南王耿继茂移镇福建，是为“三藩”之源。[1]此后，三藩拥兵自重且与朝廷对抗，逐渐形成尾大不掉之势。
康熙帝亲政之后，深感三藩为朝廷大患，不可不撤，遂于康熙十二年（1673年）决定撤藩。撤藩令下，吴三桂旋即谋反，持续八年之久的“三藩之乱”就此爆发。平叛过程中荆州的战略地位凸显出来，成为清军的战略中心及军事基地，对平叛的成功发挥了极为重要的作用。因此，康熙二十二年（1683年）叛乱平定之后，鉴于荆州为极为重要的咽喉要害之地，遂始定驻防之制。
荆州战略位置向来重要，为历代兵家必争之地。正所谓：“西眺梁盖，南控交广，据江淮上流，诚为要地。”[2]事实上，在“三藩之乱”之前就曾有大臣上疏请求派八旗兵镇守荆襄之地以备大患。汉臣魏裔介尝上疏曰：[3]
滇黔川楚之辽阔，不以满洲兵镇守要地，倘戎寇生心，恐鞭长不及，荆襄乃天下腹心，宜择一大将，领满洲兵数千，常驻其地，无事则控扼形势，可以销奸宄之萌；有事而提兵应援，可以据水陆之胜。
由于清朝入关未久，国事纷繁，此议未被朝廷立即采纳，但由此我们可以看到荆襄之地为天下“腹心”的重要战略地位已为清朝统治者所注意。“三藩之乱”爆发之后，康熙帝对荆州极为重视，据《荆州驻防八旗志》载：(www.xing528.com)
康熙十二年，吴逆之变，圣祖以荆州为咽喉要害，首命都统巴尔布、前锋都统硕岱，率满洲精骑三千兼程驰往荆州，以遏其冲。以故吴逆卒不能过长江一步，遂渐就殄灭。[4]
康熙十三年（1674年）宗室将领勒尔锦率部坐镇荆州，以此为据点与吴三桂叛军展开拉锯战，有效地遏制了吴三桂叛军的北进，为平叛的最终胜利打下了坚实的基础。康熙二十二年（1683年）经议政王大臣会议决议：“荆州应设满洲将军一员，副都统二员。”[5]是年二月荆州驻防始设立，自此以至武昌起义伴随清王朝覆亡而终，时间达228年之久。
在这二百多年里，荆州驻防军在维护与巩固清王朝对江汉地区的统治和驰援湖广四川等方面发挥了重大作用。康熙二十七年（1688年），参与平定武昌裁军之变；康熙三十九年（1700年），出兵平定四川骚乱；乾嘉时期，参与镇压王聪儿领导的白莲教大起义；清末太平天国运动时期，抵抗西征军曾天养所部，维护了周边府县的统治。在有清一代，荆州八旗驻防军“无事则拱卫控制，隐然有虎豹在山之势；有事则敌忾同仇，收干城腹心之用”[6]，牢牢控扼着湖广地区，为维持地方统治的稳定发挥了重要的战略意义。
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