在过去的城市化进程中，滨水区的各项自然过程常常受到不合理开发建设的强烈干扰，各种自然形式也在所难免地遭到不同程度的破坏。这种负面影响在今天快速步入城市时代的我国表现尤其严重。
（1）滨水地区高强度、高密度建设开发建设，对滨水区生态系统造成严重破坏。一方面，滨水地区从来都是城市建设开发的热点地区，一些滨水区密密麻麻高耸的巨大建筑物如铁桶般紧紧箍住水体，阻碍了水陆风向城市纵深方向延伸，大大减弱了城市其他区域与水滨空间之间的空气交换过程，不利于城市污染和热岛效应的缓解；另一方面，过高密度的开发严重压迫水滨绿地空间，很多原本自然的滨水区完全变成人工环境，这对于水滨生态系统和生物过程的连续性无疑是毁灭性的破坏。
（2）城市滨水区大量非生态化工程的开发建设，引发了一系列生态问题。一方面，以大片不渗水表面代替了自然状态下的可渗水表面，再加上城市快速排水系统的影响，河水水量会随雨量快速上涨，洪峰的尺度也显著提高，河流的调蓄受到严重影响；另一方面，掠夺性的开发，随意性填埋改道、盲目性开发，使得滨水资源遭到毁灭性破坏，引发了地表径流陡增、洪涝灾害加剧、湿地功能退化等生态退化现象。据美国一些城市的调查，不透水地面达12%时，平均洪流量为17.8m3/s，洪水汇流时间3.5h；不透水地面达40%时，平均洪流量为57.8m3/s，洪水汇流时间为0.4h。(www.xing528.com)
（3）滨水区经济开发功能单一，环境污染防治不力，导致滨水生态经济整体效益差。一方面绝大部分水滨土地仍被传统性、依赖水为生的产业或资源消费型的水域活动所占据，工业污水及生活污水无处理直接排入城市河道湖泊等，造成水体水质恶化，加重了城市水资源紧张；另一方面随着房地产业升温和开发效益所驱，大部分滨水区被开发为住宅、办公楼等非公众建筑，市民一般无法接近，滨水生态资源利用效率低下，造成滨水区生态经济整体效益差。
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