李厚基属于军阀皖系人物。1920 年7 月直皖战争中皖系败北，段祺瑞被迫下台，直奉二系控制了北京政权。李厚基见势不利，遂与陈炯明进一步订立了互为利用的协定，接收了粤军在福建所占的地盘。同时产生了弃皖投直念头，并开始向直系靠拢。直系头目曹锟、吴佩孚为了分化皖系和对付广东的国民党革命势力，也有意拉拢李厚基，彼此互有来往。到1921年4月直系在第一次直奉战争中大获全胜，独掌北洋政府大权，李厚基完全弃皖投直。此时，皖系头目段祺瑞的心腹“智囊”徐树铮，秘密来到福州，劝李厚基联合浙江皖系督军卢永祥，共倒曹、吴。李对徐态度冷淡，虚与委蛇。
1922年直奉又发生战争，奉系战败，直系独掌北京政权。李厚基为了稳住福建局势，6 月5 日突然解除了臧致平的第二师师长职务，改由自己兼任。令臧专任漳州镇守使，臧愤而离漳赴沪。嗣后，李又电请北京政府调离皖系人物王永泉。1922年8月徐树铮在上海策划孙（中山）皖（系）同盟，派人到福州与李厚基商洽。此时李已决心投靠直系，拒不接见来人，徐树铮下决心驱逐李厚基。此时，由于陈炯明叛变，正在江西进行北伐的粤军腹背受敌，奉命退入福建。并派北伐军代表胡汉民与王永泉接洽移防问题，结果，胡王达成了共同进攻福州，驱逐李厚基的协定。9 月26 日李厚基接到王永泉催其下野的电报。李知王已有变故，假意晋王官职，但遭王永泉拒绝。
10 月2 日徐树铮来到南平，设立建国军政制置府，自称总制。3 日联合北伐军许崇智致电李厚基，劝其离闽，并决定进攻福州。
12 日许崇智、王永泉两部占领水口，北伐军李福林、黄大伟两部逼近福州，李厚基仓皇逃退，时海军又突然发炮，无奈，李避入日本银行。在日领事的保护下，入马尾造船局，被海军软禁在军舰上。10 月28 日李厚基乘“靖安”舰离闽抵沪，又到南京。(www.xing528.com)
李厚基来到南京，与江苏督军齐燮元、海军总司令杜锡珪共商反攻计划，得到齐燮元的援助，于11 月5 日携带军费20 万元，及大批枪支弹药，回到厦门，准备反攻。结果，又以失败而告终，20万军款也丢在造船所。
李厚基在节节败退的形势下，于1923 年1 月15 日携带秘书卫侍三十余人，取道汕头，遁逃南昌，转道上海。不久，直系倒台，段祺瑞当上了临时执政。李厚基心灰意冷，自己一家与其弟厚恩（字子寿，清末秀才，曾出任福建省实业厅长）一家四代人数十口，回到天津日租界寓所，开始二十年的平民生活。
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