辛亥武昌起义爆发后,李厚基随清军进攻武汉,并任第七协协统。民国建立,军队改制,李厚基改任陆军第四师第七旅旅长,驻马厂。1913年7月“二次革命”发生时,李厚基奉北洋政府命率全旅由海道增兵上海。8 月13日李指挥本部人马与海军总长刘冠雄率领的舰队协力攻占讨袁军据守的吴淞南北塘、狮子林各炮台,迫使吴淞要塞司令居正、宝山讨袁首领钮永建率部千余人退守嘉定。不久,袁世凯任命李为吴淞要塞司令。
1913年11月袁世凯派海军总长刘冠雄兼南洋巡阅使,督率李厚基的部队由海道开到福州,以编遣为名解散了湘军,随即在旧藩台衙门放了一把火,把福建都督孙道仁吓跑了。12月底,袁世凯委派李厚基为福建镇守使。转年7 月18日又晋升李为福建护军使,督理福建军务。李厚基从此独揽了福建全省的军权。
1915年袁世凯恢复帝制,李厚基献款资助“筹安会”,与十四省将军联名密呈袁世凯“请速正大位”,并指使省国民大会全体代表上推戴书。10月10日袁世凯授李厚基加陆军上将衔。12月21日袁世凯特封李厚基等为一等子爵。李当即将福建政府的一切文告改用“洪宪”年号。
1916年3月袁世凯被迫取消帝制,改任李厚基为建武将军,仍命其督理福建军务。这时,李厚基添招了福建第一旅,派姚建屏为旅长。4月李厚基撵走许世英,袁世凯任命他兼署福建巡按使,并且接管了以臧致平为旅长的中央第十四混成旅,以加强地方的实力。袁死后,李厚基在将军行署设灵堂,率文武官员默哀致祭。
袁世凯死后,段祺瑞掌握北洋政府的实权,7 月6日段祺瑞特任李厚基为福建督军,暂兼省长。李厚基由旅长擢升至督军,历时不到三年。他在黎元洪与段祺瑞争权夺势期间,支持段祺瑞,在督军团中多方活动。1917 年4月李厚基赴北京,参与段祺瑞召开的军事会议。他拥护段祺瑞对德宣战的主张,向协约国公使表示参战的决心,强行参加国务会议,要求国会议员们通过对德宣战案。5月23日他专程前往徐州参加张勋召开的第四次徐州会议。会上,他既表示“倒黎(元洪)拥段(祺瑞)”,又赞成张勋复辟。但在同一天,大总统黎元洪下令免除段祺瑞的国务总理职务,28日命令李经羲组阁。于是,李厚基继皖、豫、浙、陕、鲁等省之后,于6月1 日宣布福建独立,以示抗议。
当时独立各省都趁机赶走北京政府任命的并没有多少实力的省长,李厚基回到福州后,也于6月4日驱逐了福建省长胡瑞霖。这样,福建全省的军政大权全都掌握在李厚基的手中。(www.xing528.com)
6月22日张勋率兵入京,李厚基随即宣布福建取消独立。7月1日张勋拥戴溥仪复辟,任命李厚基为福建巡抚。李命令在督军署大堂前后左右挂起龙凤宫灯,以示庆祝。他还向日本驻闽领事谈恢复帝制的必要性,说只有一统太平,中日邦交才能得到巩固。但不料当天晚上,段祺瑞在马厂誓师讨逆的消息突然传来,他急令停止修葺万寿宫,停制黄龙旗,并通电各省,指责张勋,赞扬段祺瑞,表示坚决拥护共和(参见《李厚基之电》,《近代史资料》1979年第三期第99 页)。是年7 月18 日在段祺瑞重新组阁的当天,段明令李厚基为福建督军兼省长。
1918年初,李厚基到天津参加直隶督军曹锟召集的十六省区的督军团会议,电请北洋政府明令讨伐南方政府。同年6月北洋政府三路出兵南方,令李厚基、童葆暄率闽浙联军进兵广东,结果失利。10月由于欧战即将结束的影响,全国呼吁和平浪潮日益高涨,新任大总统徐世昌按照事前的默契,解除了段祺瑞国务总理职务。李厚基权衡利弊,选择了“和平统一”的道路,与粤军妥协,从11月1日起双方停战,12月6日与陈炯明达成停战协定。
1919年中国爆发了震惊中外的五四运动。自5 月4 日北京学生举行示威游行后,各地学生纷纷响应,使这一运动迅速普及到全国。福建在19世纪末的“割地狂潮”中,已被日本帝国主义视为自己的势力范围。第一次世界大战期间,日本侵略者乘机扩大势力范围,更不许福建有任何反抗行动发生。五四运动的浪潮扩展到福建福州、厦门、漳州、汀州、泉州各地,福建地区成为中日两国随时可以发生冲突的火山口。
在五四运动中,福州学生和民众积极开展爱国反帝宣传和抵制日货活动。福州学生查出福州商会会长、恒盛布店的老板,囤积大量日货,向他提出质问。6月14日黄秉荣邀请学生到他家里检查存货样品。不料学生刚跨进门,他突然将大门关闭,指挥家丁痛打学生,并以“匪徒行劫”诳报李督军。16日福州学生千余人到省议会请愿要求惩办行凶的不法奸商,督军李厚基担心事态扩大,引起严重后果,不得不派兵将全体请愿学生带往第一中学暂时予以监禁。是日,李厚基诳报北京政府:“本日突来匪徒千余人,手持白旗,遍布街市,倡言杀人”;为了防止日本派兵登陆,引起中日严重冲突,他又不得不将这些学生“悉数逮捕”。李厚基的这一行动,当然激起了福州人民的不满,纷纷罢市、罢课等,李厚基面对艰难、棘手的处境,多方周旋,先于20 日释放了学生,并将奸商黄秉荣兄弟送往检察厅拘留。隔了几天,事态略有平息,他又派兵将黄氏兄弟提入陆军医院,平息后,偷偷地把他们放走了。就在释放学生的那天,日舰3 艘抵福州示威,日领事森犹要李厚基取缔一切排日举动,否则日本将断然采取必要行动。李厚基为了避免事态的进一步恶化,只好连续颁发布告,严禁学生上街举行抵制、查禁日货的活动,否则当以“学阀干政”、“学匪扰乱治安”治罪。福州《求是报》发表社论,声援学生的爱国行动,李认为这是火上加油,大为恼怒,逮捕该报主笔王醒才,亲自鞫讯,欲加重处,后经李母说情,才予释放。
五四运动到6 月28 日拒绝在巴黎和约上签字,运动告一段落。但是斗争远远没有结束。11 月又发生了震惊全国的福州台江事件——福州惨案。
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