近代新疆是我国多民族聚居区。同治三年(1864年)以前，清朝在新疆实行军府制度，设伊犁将军统辖天山南北各地方驻防官兵凋遣事务，在伊犁将军之下，设都统和参赞、办事、领队各大臣，分驻全疆各地。与此同时，清廷“因俗而治”，在维吾尔族地区实行伯克制，在蒙古族地区以及哈密、吐鲁番实行扎萨克制，在汉族地区实行郡县制。光绪十年(1884年)以后，新疆设省，普遍实行了郡县制，军府制土崩瓦解，伯克制也不复存在，行政建置发生了很大变化。
光绪十年(1884年)十月，清廷正式任命刘锦棠为甘肃新疆巡抚，魏光焘为甘肃新疆布政使[1]，标志着新疆省正式成立。在此前后，从光绪八年到二十八年，新疆省地方建置日渐齐备。这里应当指出的是，新疆建省、广置郡县过程中，善后局起了重要作用。
原来，清军在驱逐阿古柏匪帮过程中，为了恢复生产，维护地方社会秩序，保证部队粮草供应，组织了各级善后局，“开办善后保甲、清丈、征粮各事宜，招徕安集散发农器牛籽”[2]。地方上的一切事务，诸如“清查田赋，劝课蚕桑，创设义塾，修理城池、廨宇、台站、渠堰、桥梁、道路，巡阅边卡，捕拿游匪，听断回、汉词讼，抽收税厘，万绪千端”[3]，都归善后局管理。新疆建省前，共有“东四城善后局兼办阿克苏善后局，西四城善后总局兼办喀什噶尔善后局，喀喇沙尔、库车、乌什、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、吐鲁番、迪化州等八处善后局，沙雅尔、拜城、玛纳巴什等处三善后分局”[4]。这些善后局的职能与内地郡县职能几乎完全一致，因此便成为后来建立郡县制的基础。
还应指出的是，自刘锦棠之后，魏光焘、饶应祺、潘效苏相继为新疆巡抚。饶应祺在任期间，新疆建省已经18年。由于“生齿日众，边境安谧，岁事屡丰，关内汉、回携眷来新就食、承垦、佣工、经商者络绎不绝，土地开辟，户口日繁”[5]，一些地方建置已不适应新形势的需要，所以，或增设厅县，或升设府州，地方建置多有变化。到光绪二十八年，新疆全省“设道四、府六、厅十一、直隶州二、州一、县二十一、分县二”[6]，具体情况简述于后。
镇迪道，乾隆三十八年(1773年)九月设，治迪化，领府一、厅四、县七、分县一。府为迪化府，光绪十二年置。厅为哈密直隶厅，乾隆二十四年置; 吐鲁番直隶厅，乾隆四十四年置; 镇西直隶厅，咸丰五年三月置; 库尔喀喇乌苏直隶厅，光绪十二年置。县为迪化县，光绪十二年置; 昌吉县，乾隆三十八年置; 绥来县，乾隆四十二年置; 阜康县，乾隆四十一年置; 孚远县，光绪二十八年置; 奇台县，乾隆四十一年置; 鄯善县，光绪二十八年置; 呼图壁分县，光绪二十九年置。
伊塔道，光绪十四年正月设，治宁远城，领府一、厅二、分防厅一、县二。府为伊犁府，光绪十三年置。厅为精河直隶厅，光绪十三年置; 塔城直隶厅，光绪十六年置; 霍尔果斯分防厅，光绪十二年置。县为绥定县，光绪十二年置; 宁远县，光绪十三年置。
阿克苏道，光绪八年七月设，治温宿，领府二、厅一、直隶州一、县六、分县一。府为温宿府，光绪二十八年置; 焉耆府，光绪二十四年置。厅为乌什直隶厅，光绪九年置。直隶州为库车直隶州，光绪二十八年置。县为温宿县，光绪二十八年置; 拜城县，光绪九年置; 沙雅县，光绪二十八年置; 新平县，光绪二十四年置;婼羌县，光绪二十八年置; 轮台县，光绪二十八年置; 柯平分县，光绪二十八年置。
喀什噶尔道，光绪八年七月设，治疏附县，领府二、厅一、分防厅一、州一、直隶州一、县六。府为疏勒府，光绪二十八年置;莎车府，光绪二十八年置。厅为英吉沙尔直隶厅，光绪九年置; 蒲犁分防厅，光绪二十八年置。州为巴楚州，光绪二十八年置; 和阗直隶州，光绪九年置。县为疏附县，光绪九年置; 伽师县，光绪九年置; 叶城县，光绪九年置; 皮山县，光绪二十八年置; 于阗县，光绪九年置; 洛浦县，光绪二十八年置。
新疆建省后，职官设置的情况包括以下几方面:
巡抚衙门设巡抚一员，兼兵部侍郎、都察院右副都御史，节制提镇、城守尉，督理军务，兼理粮饷。光绪三十二年，改为兼陆军部侍郎、都察院副都御史。光绪十一年以原设镇迪道加按察使衔兼管刑名驿传事务，宣统二年改为兼提法使衔。巡抚衙门内还有“书吏”、“承差”若干员，承办缮折文案等事。
布政使司设布政使、经历、新裕库大使各一员，掌一省行政，总司全省钱谷出纳，承宣政令，考核所属州县。
提学使一员设于光绪三十二年，属下有学科科长、副科长等无定员。这是清末官制改革各省学政裁撤后新设的官职，管理学务事宜。
此外，各道设道员、道库大使各一员; 各府设知府、理事同知、经历兼司狱、训导等员; 厅设抚民同知、照磨兼司狱、巡检等员; 州设知州、吏目等员; 县设知县、巡检、典史等员。其中，镇迪道兼理驿传，加提法使衔，为整饬兵备道; 伊塔道兼水利、屯田，稽查卡伦，为整饬兵备道; 阿克苏道兼水利、屯政，管理蒙部，稽查卡伦，带兵备衔; 喀什噶尔道兼水利、屯垦、通商，管理布鲁特，稽查卡伦，带兵备衔[7]。(www.xing528.com)
在蒙古族各部，于乌讷恩素珠克图盟旧土尔扈特南部落四旗，保存扎萨克盟长卓哩克图汗一员; 北部落三旗，有扎萨克布延图亲王一员; 东部落二旗，扎萨克毕锡呼勒图郡王一员; 西部落一旗，扎萨克济尔噶朗贝勒一员。青色特启勒图盟新土尔扈特，中路和硕特札萨克固山贝子一员。
在维吾尔族各部，于哈密保存扎萨克亲王一员; 吐鲁番扎萨克多罗郡王一员，库车郡王一员，阿克苏郡王职衔贝勒一员，拜城辅国公一员，乌什贝子衔辅国公一员，和阗辅国公一员。
在哈萨克族各部，于伊犁两部即黑宰部、阿勒班部，设台吉一员; 塔尔巴哈台四部，即阿勒依部、曼华特部、赛布拉特部、吐尔图部，分设台吉、千户长、百户长等员。
此外，伊犁将军仍然保留，成为只管伊犁、塔尔巴哈台地区军队的驻军长官。原各级驻军大臣先后裁撤。
[1] 《清德宗实录》，卷一九五，光绪十年十月癸酉。
[2] 《刘襄勤公奏稿》，卷五，“关外各军行粮章程善后台局一切应发款目缮请立案折”。
[3] 《刘襄勤公奏稿》，卷四，“请恤道员张宗翰并事迹宣付史馆折”。
[4] 《刘襄勤公奏稿》，卷六，“关外营旗局站实在数目暨陆续裁并新收缮单立案折”。
[5] 《新疆图志》，卷一〇六，《奏议志十六》。
[6] 《新疆图志》，卷一，《建置志一》。
[7] 《新疆图志》，卷二七，《职官志四》。
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