明朝的海疆，时常受到倭寇和海盗的骚扰。倭寇，即日本海盗，来源于日本的浪人、亡命徒、武士、海贾等。部分中国亡命和无业流民等与之狼狈为奸，结附为寇。中国沿海数千里居民惨遭其荼毒，严重危及明朝的海上交通，也影响海外诸国入贡互市。
明初为防倭患和海盗，采取了一系列的措施，加强海防。
第一，沿海建立卫所、巡检司，筑城堡、墩台、烽堠，派兵戍守。计辽东沿海设卫8、千户所6、关2、城7、堡57、墩70、台1；山东沿海设卫11、千户所14、巡检司20、墩269、堡134；长江南北沿海设卫9、千户所39、巡检司37、营堡27、烽堠184；浙江沿海设卫11、千户所31、巡检司48、寨33、关4、台44、烽堠234；福建沿海设卫6、千户所10、巡检司52、水寨7、瞭望台3、烽堠183；广东沿海设卫9、千户所27、巡检司74、烽堠132[1]。额定数字每卫5600人，千户所1120人，沿海数十卫，兵不下20万人。以从征、归附、籍选（三丁抽一）、谪发等充作卫所军卒。明中叶后，倭寇猖獗，卫所兵不足用，又调各省兵支援或募兵、练兵（如戚家军）等相补充，地方义勇、团练等也有力地协助卫所官军。
第二，造战船。明初沿海卫所较坚固，但倭寇、海盗等以海岛为据点，或袭扰海道，或登陆肆虐后乘舟远去。因此修备战船，精练水师，是迎击和追击倭寇之必需。洪武三年，太祖派唐胜宗督选海船。五年，命浙江、福建沿海卫所造海船660艘。六年，命增置多橹快船。八年，命叶升巡视浙江、福建、广东诸卫，督造海舟。二十三年，命沿海每百户备船两艘。永乐元年，由浙江观海卫造捕倭海船36艘，又命福建都司造海船137艘。嗣后，不断增修更新。每只海船造成后，三年小修，六年重修，九年拆造，浙江、福建为主要造船基地，由诸卫所军士服役修造，征材于各府、州、县。每船修造费用数百石米，多至千石不等。有时另由明廷赐钞与修船军士。据不完全统计，明初期浙江拥有战船548艘，广东六大水寨有300余艘，福建略少于广东。战船分配与沿海卫所使用，每百户设船1，每千户所设船10，每卫5所，共50船。每船旗军百名。嘉靖时，倭乱迭起，赶造大批船只，复征用渔船，大小不一，故船制不同。
第三，水师出巡及捕倭。太祖统一江南，既拥有水师万余，又收方国珍、张士诚旧部，扩充水师至数万。备战船操练水军，“无事则巡徼，遇寇以大船薄战，快船逐之”，“每春以舟师出海，分路防倭，迄秋乃还”[2]。除了一般卫所水师小规模出巡外，还命大将率水师出巡或捕倭。洪武六年，命总兵官于显出海巡倭。十七年，命信国公汤和巡视海上。二十七年，遣魏国公徐辉祖、安陆侯吴杰分别在浙江、广东海上练兵防倭。永乐六年，命安远伯柳升、平江伯陈瑄率舟师沿海捕倭。九年，命丰城侯李彬、陈瑄等率浙江、福建舟师剿捕海寇。十四年，命都督同知蔡福等率兵万人，于山东沿海巡捕倭寇。十七年，辽东总兵刘江大破倭寇于望海埚（在今辽东半岛金县东海岸），歼敌两千余，“自是倭人惧，百余年间，海上无大侵犯。朝廷阅数岁一令大臣巡警而已”[3]。
另外，由于倭寇得到日本当局袒护，日本贡使又常作祟，故太祖一度罢市舶司，绝日本贡使，禁止民众私出海。至永乐时，方许日本入贡，海禁也稍弛。
明中期以后，政治腐败，军备废弛，忠臣良将多遭谗害，卫所衰落，战船凋敝，兵不习战，卫所军卒无一足额者，城堡、墩台、烽堠损毁。地方贪官、豪绅、奸商侵诈贡使和外商钱财，大批失业游民拥入海上为盗，于是倭寇乘机蜂拥而至，烧杀掳掠，无所不为。嘉靖时期，猖獗至极。沿海军民在全国各族支援下，掀起了抗倭斗争的高潮。
嘉靖三十二年（1553年），都御史王忬及俞大猷、汤克宽等败倭于浙江普陀诸山，歼敌600余人。三十四年，明廷调集湖广、广西诸土司兵赴东南沿海抗倭，在总督张经及大将俞大猷、卢镗等率领下，大败倭寇于王江泾（今浙江嘉兴北），斩敌2000，溺死者不计其数，获“东南战功第一”之赞。据不完全统计，湖广容美等司土兵10000、永顺宣慰司土兵2000、保靖宣慰司土兵11000余、广西田州俍兵5000参加了抗倭战争。湖广土兵主要由苗族、土家族组成，广西俍兵由壮族、瑶族组成，各族人民在抗倭战争中作出了不朽的贡献。永顺宣慰彭翼南、致仕宣慰彭明辅、保靖宣慰彭荩臣、田州土官瓦氏夫人等亲率土兵冲锋陷阵，均立战功。(www.xing528.com)
但是由于世宗昏聩，奸臣严嵩当道，任用贪官赵文华等，功臣张经等反遭迫害，使抗倭斗争经历了曲折的过程。
嘉靖三十五年（1556年），总督胡宗宪诱杀海盗徐海，俘倭首陈东、麻叶、辛五郎等。三十六年，胡宗宪复诱斩与倭寇密结的海盗汪直等。三十八年，戚继光在浙江义乌募矿夫和乡团，加以严格训练，组成戚家军，创“鸳鸯阵”[4]，投入抗倭。四十年，戚家军大败倭寇于浙江台州。四十一年，戚家军入福建，歼敌数千。四十二年，戚继光、俞大猷、刘显等会兵福建平海卫，又入闽北，共擒斩倭寇四千余，焚溺死者万余。四十四年，戚继光、俞大猷分率水陆师合剿广东海盗吴平及其勾结的倭寇，大败之。四十五年，海盗吴平率三十余舟入安南境，被明军追及歼灭，倭寇荡平。自此东南沿海倭患平息。
在抗倭战争中，明朝在沿海大都会各设总督、巡抚、兵备副使及总兵官、参将、游击等。自辽东至广东均设重兵把守。天启中，筑城于澎湖，设游击1、把总2，统兵3000，筑炮台以守。
[1] 以上据《筹海图编》，卷三至卷七。
[2] 《明史》，卷九一，《兵志三》。
[3] 《明史》，卷九一，《兵志三》。
[4] “鸳鸯阵”是以12人为1队的作战小组，首1人居前为队长，次2人持牌，次2人持狼筅，次4人持长枪，次2人持短兵，末1人为火兵。临敌时可分可合，长短兵器结合，克敌制胜。
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