在成吉思汗晚年的分封中，其次子察合台的封地东至伊犁河流域，西至撒玛尔罕与布哈拉等地，南面包括今南疆焉耆以西的整个地区。其三子窝阔台的封地则包括今塔城、阿勒泰地区及其以西以北地区。高昌的畏兀儿亦都护，由于最先归附蒙古，受到成吉思汗的特别优待，被准许“仍领其地及部民”。蒙哥即大汗位后，为加强蒙古汗廷在这一带的统治，采取强干弱枝的办法，一方面抑制与削弱察合台系与窝阔台系诸宗王的势力，一方面进行行政建置，在西域设立阿姆河等处行尚书省，以阿儿浑主之，设立别失八里等处行尚书省，以讷怀、塔剌海、马速忽主之。通过行尚书省，来分别管理河中地区与忽炭、可失哈耳、畏兀儿等地区。
13世纪60年代，蒙古国西部的蒙古宗王乘忽必烈与阿里不哥争夺帝位之机发展成为强大的割据势力。窝阔台后王海都联结察合台后王都哇等以武力与忽必烈相对抗。至元初年，河中地区已为朝廷势力所不能及。为控制住以畏兀儿地为中心的突厥斯坦东部，元朝采取了如下措施：
（一）设置军政机构
至元二十年（1283年），立别失八里、和州（火州）等处宣慰司，分别统辖南、北军政事务。元贞元年（1295年），又立北庭都元帅府、曲先塔林都元帅府以抗御海都、都哇叛军。另外，在畏兀儿地还设立提刑按察司、交钞提举司等司法财赋机构，计亩征税，发行交钞，一如内地。
（二）建立驿站
为加强与西北边陲的联系，至元十一年（1274年），“立于阗、鸦儿看两城水驿十三，沙州北水陆驿二”[1]；至元十八年（1281年）立自太和岭（今山西雁门以北）至别失八里30处新站[2]；至元二十二年（1285年），又在别失八里设立驿站[3]；至元二十三年（1286年），“立罗不、怯台、阇 、斡端等驿”[4]。
（三）笼络畏兀儿首领
畏兀儿地处于战略要冲，忽必烈竭力要使畏兀儿成为元朝的西北屏障与抗御海都的一支军事力量，从而巩固在这一地区的统治。元朝相继设立畏兀儿断事官、领北庭都护府、大理寺、大都护府等机构，最高长官为亦都护，由畏兀儿主巴而术阿而忒的斤后裔世袭罔替，管理畏兀儿各城及迁居汉地的畏兀儿人户。这些机构的改动与官员任命等事项则须由元朝官府决定。为密切双方关系，元朝皇室并与畏兀儿亦都护家族频繁联姻，从火赤哈尔的斤到不答失里累尚蒙古公主，跻身于元朝驸马之列[5]。(www.xing528.com)
尽管如此，由于西北诸王军事力量的增长，至元末年，元朝已被迫明显收缩了在阴山（今天山）以南的防线。至成宗大德年间，火州为都哇所占领，已不复为元朝所有。畏兀儿亦都护家族也随着元朝驻军的内撤，迁至永昌（今甘肃永昌）。大德以后，元朝西北方边境实际是在火州以东的哈密力（今哈密）一带，即元朝甘肃行省与察合台汗国的边界。
甘肃行中书省，正式设立于至元二十三年（1286年），治甘州路，统有甘州、肃州、沙州、亦集乃、宁夏府、永昌、兀剌海七路及山丹、西宁二州，西北统有哈密力地区，所辖大致是西夏的河西故地。由于自至元末年，畏兀儿及其以西地区的统治已易手于察合台后王，甘肃行省遂成为元朝西北边陲。为巩固边防，元朝数次遣发大批蒙古、色目及汉、新附军在中兴、亦集乃、肃州、沙州、瓜州、甘州等处驻戍屯田，此屡见于史乘，不遑细举。
[1] 《元史》，卷八，《世祖本纪五》。
[2] 《元史》，卷一一，《世祖本纪八》。
[3] 《元史》，卷一三，《世祖本纪一〇》。
[4] 《元史》，卷一四，《世祖本纪一一》。
[5] 参见罗贤佑：《试论元朝蒙古皇室的联姻关系》，载《中国民族史研究》，中国社会科学出版社，1987年版。
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