在朱棣围住京城之际，那些胆小怕死的大臣，纷纷劝朱允炆弃城而逃。而方孝孺却认为，天子抛弃了皇宫，就等于抛弃了祖上的基业，就证明朱棣造反有理。
老臣们问方孝孺，万一京城被叛军攻破了，该怎么办。方孝孺声威凛然地说，如果京城真的被攻破了，为了江山社稷而死，也是应该的。
京城没有被攻破，只是朱允炆被出卖了。负责镇守金川门的朱橞和李景隆贪生怕死，打开了城门。朱棣领着大军冲进了皇宫，朱允炆也终于清醒过来。万分伤心之余，他一把火，将整个富丽堂皇的皇宫烧得噼噼啪啪地响。朱棣浴血奋战四年，赢来的不过是一堆灰烬。
京城的一场大火，不仅烧毁了皇宫，也将朱允炆的下落烧得不明不白。《明史》记载，有的人说朱允炆死了，有的人说他还活着。朱允炆活不见人，死不见尸，成了今后朱棣人生中的噩梦。
尽管朱棣打赢了，但很多老臣，仍然骂他是乱臣贼子。为了证明自己不是乱臣贼子，朱棣大开杀戒，凡是反对朱棣登基的人，没有一个幸免于难。
齐泰、黄子澄和练子宁四处招募军队，渴望开展大反攻，最后被擒，以死殉主。为了表明自己的节气，黄观夫妻，先后投江而死。在台州，一个砍柴的樵夫，听说京城被攻陷后，也投湖而死。
这些年，朱棣最恨两个人，第一个是方孝孺，第二个是铁铉。中央大军北伐时，方孝孺写了一篇很精彩的讨贼檄文。朱棣看了那篇檄文后，气得喷血。道衍也告诉朱棣，方孝孺是天下读书人的楷模，如果攻陷了京城，无论如何，一定要招降方孝孺。
但是，无论朱棣如何表现，方孝孺都拒绝投降。就要登基了，朱棣请方孝孺写一篇布告天下的诏书，方孝孺一口拒绝。(www.xing528.com)
在朱棣的强行压制下，方孝孺拿起笔，却写了“燕贼篡位”四个大字。朱棣忍无可忍，以灭九族威胁方孝孺。方孝孺大义凛然地说，即使灭十族，他都不怕。朱棣成全了方孝孺，加上方孝孺的朋友和学生，朱棣灭方孝孺十族。在中国历史上，这是唯一一次规模涉及十族的灭族惨案。
方孝孺死后，铁铉就是朱棣的眼中钉。抓住铁铉后，朱棣先进行一番严刑拷打。铁铉的骨头跟方孝孺一样硬，这更令朱棣生气。为了使铁铉屈服，朱棣割下他的耳朵，并将割下来的耳朵塞入铁铉的嘴里。
自从朱棣进入京城，京城天天发生灭族惨案。在热热闹闹的菜市口，即使是阳光明媚的大白天，走在大街上，百姓都感觉阴风惨惨，十分恐怖。
杀了几个月，前朝的忠臣义士差不多都给杀光了，朱棣才开始证明自己篡夺皇权的合法性。首先，凡是不符合朱元璋在位时施行的规章制度，无论是大是小，都要废除。其次，《太祖实录》应该重新写。在新版的《太祖实录》里，朱棣是一个很受朱元璋宠爱的人。如果不是朱允炆从中作梗，朱元璋一定会将皇位传给朱棣。
为了表示对军师的回馈，朱棣封姚广孝为资善大夫，兼任太子少师。但是，姚广孝喜欢当和尚。每当夜幕降临，他就穿上和尚的袈裟，静静地打坐。
想当初，朱棣起兵时，收编了宁王的军队。当上皇帝后，朱棣才发现，众兄弟中，宁王最不好对付。他不想看到这个兄弟成为第二个自己。为彻底瓦解宁王起兵造反的潜力，朱棣将宁王发配南昌。尽管如此，朱棣还是睡不好觉。在接下来的几年里，朱棣运用权力，对宁王一贬再贬，一削再削。
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