对上述这些倭寇及走私商人的团伙来说，信奉妈祖对他们会产生哪些影响呢？首先，我们没有任何对海盗心理进行全面细致描述的历史文献可供参考，因此我们无从了解当时的倭寇头领是如何看待这位女神，也无法知道倭寇在与其他海盗团伙冲突厮杀或袭击朝廷的正规军时的感觉如何。然而，就抽象的层次而言，关于合法化问题的讨论或许会有助我们回答这些问题。
众所周知，妈祖是一位护佑众生的女神。恰如其他神祇所拥有的类似功能那样，妈祖崇尚正义，普修善行，她会保佑那些虔诚的、坚信她无边法力的男女信徒。不过，如果遇到某个罪犯请求获得她的帮助，她是不予回应的，除非这个祈求妈祖护佑的罪犯已经悔改。这或许就是当时中国沿海地区普罗大众眼中的妈祖。
倘若这样一种简单的妈祖形象能够被大众接受，那么，从上文转述的故事中可以推论出，只有那些已获得某种程度的合法化的倭寇头领，才会期待得到妈祖的帮助。进而言之，如果一个类似何亚八这样的走私商人或海盗希望获得妈祖的护佑，他一定认为自己的行动是合法的，有权利这么行事，他甚至可能会“问心无愧”，坚信自己的这个决定是正义的。倘若如此，便可解释为何海盗首领何亚八敢在准备攻袭广州前专程焚香求询妈祖。
有些人可能会认为，某些罪犯与海盗团伙高估了自己的能力，他们在犯罪之前寻求妈祖的护佑时，对当时社会和道德标准的看法其实是扭曲的。何亚八焚香求助时，并没有从妈祖那里得到自己所期待的回答，这一事实可能就说明了这种情况。换言之，妈祖之所以拒绝回应何亚八，正是因为她认为何亚八不值得获得自己的护佑；这很可能就是《天下郡国利病书》这段记述引文所要表达的信息。如果真的是这样，那么这则故事的相关描述文字恰恰反映出了作者的用意，即通过质疑何亚八这个海盗的合法性来有意地诋毁、丑化他。
不过，妈祖并没有直接地对何亚八施以“惩罚”，而是通过发出警告来回应何亚八的要求，仅此而已。文献记载中并没有清楚地说明妈祖是否曾积极地介入，导致何亚八战败。事实上，关于妈祖信仰的文献中无法找到这位女神有意识地去惩罚犯错之人的记载。在《天妃娘妈传》中，妈祖确曾在追赶妖怪，但这仅仅局限于神妖的世界。[13]在人间，妈祖从来只限于除恶助善。其他与海洋有关的神灵，例如欧洲的神灵，她们的表现就不一样。即便是在基督教的传说中，也偶尔会见到某些水手由于害怕上帝的惩罚而忏悔自己的罪过。
这里，我们应该再回过头来讨论何亚八的问题。尽管上面引用的故事可以推论出几种不同的解释，但其包含的基本信息很清楚，即某些倭寇头领显然认为他们应该、或至少有权去质疑国家所拥有的权威；让公众知道妈祖可能会支持他们的做法，就是其实力和领导力的象征。这类具有进取心的海盗集团要么相信自己的做法是合法的，同时也相信妈祖的神力，要么他们有意识地利用妈祖这位女神来增强自己的影响力，招募更多的追随者；很可能后面的这一种解释更说得通，因为海盗并不认为祭拜妈祖和反抗朝廷之间是矛盾的。诚然，如果一个庞大的社会群体深信这样的事业是正义的，那么，妈祖便会帮助他们，从护佑朝廷的立场转变为反抗朝廷。但也可能出现例外，例如好几个团伙同时向同一位神祇祷告求助。事实上，在明末清初的历史转折时期，妈祖首先是台湾郑氏集团的护佑神，数年之后又成为了施琅的护佑神。众所周知，施琅为清政府攻占了台湾岛。不过，这样的情况可能比较少见。
在这样的背景下，另一个需要考虑的问题是地方性的认同。妈祖的“老家”位于沿海地区，当郑和扬帆前往印度洋航行时，朝廷非常积极地参与对外贸易活动，由此可看出当时的明朝政府官员非常关注沿海地区和妈祖信仰。[14]降至16世纪中期，这样的情况就再也没有出现。嘉靖皇帝特别执着于自己的观点与宗教信仰，这使他与一些崇尚传统儒学观念的士大夫产生了冲突，其中一位大臣名叫朱淛（1486—1552年），卷入了一场有关帝制礼仪的“大礼议”之争，后受辱逃生，之后朱淛写了一篇《天妃辩》（约1536年）。[15](www.xing528.com)
令人惊讶的是，朱淛出生于福建的莆田县，而这正是妈祖信仰的起源地，毫无疑问，他应该非常熟悉妈祖。然而，因为朱淛非常关心明帝国的一致性，以至于他对地方宗教神祇毫无好感。他害怕这样的神灵信仰会破坏中央的权威以及官方信仰和礼仪的传统结构。
朱淛的《天妃辩》虽然要比倭寇活动的全盛时期要早好几年，却已经说明了当时妈祖在民间的影响力很大，具有潜在的危险性。倘若某个被朝廷视为是非法的地方性团体能轻而易举地在社会上获得意想不到的影响力，特别是如果这个团体有一个强大的宗教性纽带来强化该团体成员的“身份认同”，则可增强与当地居民的关系。我们知道，绝大部分的倭寇来自海岸地区，他们非常依赖海洋。作为水手和渔民的保护神，妈祖有能力把这些人团结在一起，让他们对抗朝廷。既然如此，朝廷便面临着两种选择：要么必须尝试杜绝一切宗教活动，要么接受这种地方性的民间信仰，将之纳入自己的“礼仪制度”中，例如，官方正式认可妈祖的功绩，或者奖励那些负责地方宗教仪式等事务的人。
当明朝军队进入双屿时，他们不仅烧毁了倭寇的船只，而且还摧毁了一座大型的妈祖庙。恰如上文提到的，明朝军队选择了第一种做法。显而易见，妈祖信仰在明朝官府的眼中被认为是危险的，所以明军对妈祖出现在倭寇盘踞的舟山群岛之现象无法容忍；官府的这种态度在朱纨于福建发动的一些小战役中似乎也显现了出来。这些扫荡倭寇的事件均发生在16世纪40年代，我们并不知道当地居民和倭寇头领对朝廷采取的这些反妈祖的措施有什么反应，但可以想象得出，类似事件肯定增强了他们反抗朝廷的意识。从当地乡绅等社会领袖的观点来看，朝廷此举犯了大忌，削弱了其自身的合法性，更何况妈祖在历史上曾拯救了无数奉朝廷之命出洋远航的军士之生命。在福建和其他沿海地区的人们可能会提出这样一个问题：为什么朝廷不再承认这些自宋朝宣和年间就已代代相传的传统？
作为政治中心的朝廷和沿海边缘地区之间的“宗教差异”之所以会越来越大，还有一个因素值得关注。随着时间的推移，妈祖的社会功能不断扩大，最初，妈祖仅仅护佑出海的船舶和水手，后来发展到还可保护堤坝、预防疾病，帮助军士等等。有时，人们甚至会为了某些非常私人的原因而向妈祖祷告求助。因此，当妈祖显灵的传说越来越多，官府不断地赐封她各种不同的称号，其社会功能与日俱增时，妈祖在沿海地区也自然得到了越来越多民众的认可和信仰。朝廷无视地方习俗，反应比以往更加严厉，使中央与地方的关系愈加疏远。
在历史上，早已有一些官员劝阻民间信仰的活动，他们将那些非法祭祀的寺庙斥为“淫祠”，把那些非法的民间祭祀说成是“淫祀”。[16]然而，不管是口头斥责或是使用暴力行为阻止，压制民间崇拜异端信仰的所有努力都是徒劳的，并不能使其完全绝灭。此外，由于妈祖在商人和水手的眼中是最“灵验”的神灵，所以这位女神反而能因祸得福，可能从朝廷反对民间宗教信仰的举措中获益。人们因为害怕自己最喜爱的神灵在官方的迫害下不能“生存”，转而开始崇拜妈祖，因为妈祖的地位非常高，尤其是她可以为民众提供多种不同层面的护佑。换言之，当时在沿海的民间社会中很可能还有一些具有相同特质的神祇，彼此之间能够互相替代，明朝采取的压制民间宗教信仰的措施促使一些沿海居民投入到当时已被尊称为“天妃”的妈祖的怀抱中。
明朝的编年史中记载了十八起朝廷官员曾试图压制某种民间信仰的事件，其中有六起事件发生在嘉靖皇帝统治期间。[17]从《天妃辩》中也可看到，妈祖天妃的崇拜在某些地区受到了负面的影响。一些地方的妈祖庙似乎被迫暂时关闭或用于其他目的，例如改建为学校。[18]但是，基本上，妈祖的信徒是不会轻易退却的，他们很自然地便选择反朝廷的力量这一边。
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