郑氏集团虽然在军事上成功驱逐了荷兰人，却仍然是个脆弱的政体，最多只知道在海域间活动，基本上没有全球概念。清政府不久就赶了上来，强化了海上的军事力量，并且和外国人有短暂的合作，最终除掉了内部虚弱不堪的郑氏政权。这是一个新的情况，因为郑军消灭荷兰人从根本上讲只是在一小块海岸地区的胜利，而清朝取代郑氏集团是在全岛质的飞跃。
当然，清政府这个年轻的政权跟其前任一样，没有从一开始就占领整个台湾岛，而是逐步实现。地方政权的逐步变化、随之而来的逐步发展以及台湾的多种功能特色都成了新统治的特点，这些特点在文献资料中按照不同的看法都有着不同的作用。为了理解这一点，得先作一点说明。
大清帝国是一个多民族国家，汉族人居住的地区现在只是庞大帝国的一部分。清政府致力于分别治理国家的各个部分，并且尽量同等对待。不过，来自寒冷北方的皇室很自然地把南方视为边缘地区；福建固然属于核心地带，但是仍然保留着自己的特色。那么台湾岛呢？从人口、经济与文化角度看，台湾岛尤其台湾岛西部像是一个具有福建特色的地区（虽然有大量的客家人迁入）。福建可以说得到了一个东部“经济区”，而在北方的中央政府看来，福建仍然算是边缘地区。
清朝初期，中央政府对台湾岛的兴趣不大，一部分原因是由于海盗与反清活动的威胁。虽然清政府有意控制迁往台湾岛的移民数量，但是福建移民却不理会国家规定，依然大批迁入台湾岛，[24]所以从福建的角度看是另一幅图像：人们认为台湾岛得到初步开发，与中国的其余部分融合了。(www.xing528.com)
以同时代人的眼光来看，可以说台湾岛只是福建移民较多的地区之一，因为当时在长崎、马尼拉、棉兰老岛或者爪哇等地也生活着福建人——当然还有广东人、云南人等华人。他们在那里生产劳动、经营市场、从事服务性行业等，其中，有一部分人成为殖民者和其余民众之间的衔接阶层。
从这点上说，想往海外迁移的中国人认为台湾岛只是移民地之一。吕宋岛、宿务岛以及其他地方提供的土地空间，从某些角度看与台湾岛提供的几乎没什么区别；但是可能仍有一个不同点：如果去别处生活，比如在马尼拉，就可以由外来的欧洲殖民者带来经济利益，而这些情况当时在台湾岛是没有的。大陆移民与大陆官员依照福州的规定，最终是依照远方清政府的指令处理台湾岛上的所有事务，所以说，台湾岛在清朝初期扮演了一个新的角色。
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