澳门经济和人口发展的第二周期始于对日本贸易的崩溃（1639／40年）。虽然这种崩溃并非完全出乎意料，但确实是突发的，澳门顿时陷入了严重的危机。白银和丝绸贸易停滞，商人们损失惨重。几乎同时发生的其他一些事件使形势更为恶劣：1641年1月，荷兰人夺走了葡属马六甲，这等于把澳门从葡属印度部分切除掉；1640年，葡萄牙—西班牙二元王朝分崩离析，导致澳门—马尼拉航线中断多年；1644年，满族人终于夺取了华北的广袤大地，溃败的明朝企图据守广州，然而没过几年，这一中国南方大城市也落入新王朝之手。
令葡萄牙人一筹莫展的诸多危机带来了持续的恶果：虽然澳门在短时间内接纳了不少中国难民，但总体上，由于移居其他地方的人口众多，造成人口迅速下降。就连从前每天进城打工，晚上回村过夜的中国人现在也常常待在城外。原因显而易见：澳门的部分国际贸易联系中断了，葡萄牙人应继续支持苟延残喘的明朝，还是投靠清朝？这个问题还悬而未决。经济上和政治上的进退两难情形，使资本储备消耗，投资缩减，工作岗位锐减。遭受冲击的不单是中国人，同时也波及一些葡萄牙人和他们直接雇用的员工。于是，有些人迁往南苏拉威西的望加锡，当地同时还接纳了刚沦陷的马六甲难民，另外一些人则前往万旦、马辰（Banjarmasin）或者帝汶（Timor）。
1650年左右，清楚的迹象表明，清朝即将很快控制整个中国。明朝仅在帝国西南一些边远地区和福建沿海区域继续负隅顽抗。在福建，郑氏家族的追随者掌控了多处港口码头，其中最重要的代表人物是郑成功。当时，他与日本和东南亚建立了自己的贸易网络，同时从台湾驱逐了荷兰海盗。由于清朝作为陆上霸权，海事不熟，仅拥有少量战船，所以直至1680年，郑家军仍能坚守在大陆的沿海据点和台湾。在这段时间里，清朝实施严厉的贸易禁令——禁海和迁界，甚至强制沿海地区内迁数十公里，希望借此切断对手从大陆获得物资供应的渠道。(www.xing528.com)
受多种因素影响，澳门陷入严重危机，一直延续到清朝政局巩固以后。虽然葡萄牙人凭耶稣会传教士在北京皇室有效地发挥其影响力等因，免受迁海令之苦，但诸多封锁仍然阻隔了珠江口的海上交通，因为清廷担心澳门会加强郑家军的势力。这一局势的发展，令澳门的经济停滞不前。澳门仍然发挥着一种桥头堡作用——传教事业在清朝统治下仍然继续，然而对第二周期来说，几乎不再有可能谈什么典型的货栈功能了。若干年后，澳门才成功地绕开中国的监视措施——多数用钱打通广东官吏——并取得了微薄的利润。
当时，少数有助填补澳门严重财政亏空的主要对外贸易线路如下：与马尼拉的零星接触，多数通过望加锡和其他地区进行；帝汶－望加锡－澳门航线上的檀香木贸易；与暹罗的不定期交易；还有与邦旦、马辰以及1670年后与荷属巴达维亚和荷属马六甲也偶尔有一些贸易往来。虽然，丝绸和白银依然扮演着它们的角色，但在输出方面，我们听到更多的倒是黄金供应；在输入方面，通过各种各样渠道出售给中国买家的檀香木占据高位。总的说来，从这些贸易往来所得收入确实不足以使澳门的生活保持或接近1640年前的水平。光辉灿烂的“日本周期”过后的那些年，可以算是澳门空前艰难困苦的年代。
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