（一）财务监督
财务审计程序可分为确定审计计划、实施审计监督、编写审计报告、进行审计整改、审计材料归档五个工作程序。
1．确定审计计划
（1）根据学校管理层的要求或按照审计工作计划，确定当年被审计的内部单位和审计项目。
（2）选派人员组成审计组，编制审计工作方案，包括审计对象、时间、内容等。
（3）向被审计单位发送审计通知书。
2．实施审计监督
（l）财务部门提交与被审计项目相关的账册、会计凭证、制度等书面资料、电子数据，包括：有关财务管理、会计核算、内部管理制度等文件资料，被审计年度会计凭证、会计账称、会计报表等资料，与审计项目有关的经济合同、协议，以及其他有关财务收支的资料。
（2）审计组实施审计，填写审计工作底稿，取得审计证据。
（3）审计组整理、归纳、汇总、分析审计证据和审计工作底稿。
3．编写审计报告
（l）审计组编写审计报告，其中包括基本情况、审计发现的主要问题、审计处理情形、整改情况等。
（2）审计组征求被审计单位对审计报告的意见，并根据反馈的意见对有关问题进行核实、修改或复议。
（3）审计组出具审计意见书或审计决定，经审计部门审定并签发。
4．进行审计整改
（1）被审计单位将审计建议或审计建议书、审计决定书的落实情况报送审计部门。
（2）审计部门对重要的审计事项进行跟踪审计。
5．审计材料归档
（1）审计项目结束后，整理审计材料。
（2）审计材料归档，建立审计档案。
（二）校级财务审计的内容
高校校级财务审计的内容包括基本情况审计、预算审计、收入审计、支出审计、资产负债审计、净资产审计、年资决算及报表审计等。
1．基本情况审计的主要内容
（1）财务管理体制与运行机制是否符合国家的有关规定；学校财务工作是否实行统一领导，是否按规定设立财务管理机构并配备合格的财会人员。
（2）财务规章制度和内部管理制度是否健全，执行是否有效。
（3）财务管理部门内部不相容岗位是否分设，并相互控制与制约；会计核算是否符合会计法规、会计制度和学校的规章制度。(www.xing528.com)
2．预算审计的主要内容
（1）预算编制的原则、方法及编制和审批的程序是否符合国家、上级主管部门和学校的规定，各项收入和支出是否全部纳入预算管理，有无赤字预算；预算调整是否按规定的程序办理并经批准后执行，有无调整项目的原因及金额的详细说明。
（2）各项收入和支出是否按预算执行，是否真实、合法，会计核算是否符合会计制度，预算执行过程中的控制是否有效。
（3）预算的执行情况及差异。预算的执行情况如何，如果差异较大、应当进行原因分析。
3．收入审计的主要内容
（1）财务收入来源的合法性。事业性收费的项目、标准和范围是否经物价部门批准，有无增加收费项目、扩大收费范围、提高收费标准等乱收费问题。
（2）收入入账的完整性。各项收入是否及时足额到位，有无隐瞒、截留、挪用、拖欠或设置账外账、“小金库”等问题。
（3）学费等收费收入是否按规定实行收支两条线管理，并按规定使用财政部门统一印制或监制的收费票据，是否按有关规定将应当上缴的收费收入及时足额上缴财政专户。
（4）是否筹集到满足正常运行所需的资金，保持合理的资金结构。
4．支出审计的主要内容
（1）支出是否真实，是否按预算执行，有无超预算、超计划等问题；有无转移、虚假发票报账、违反规定发放钱物等问题。
（2）支出是否合法，是否按照国家、上级主管部门和学校规定的支出范围和标准执行，有无超标准、超范围支出等问题。
（3）支出是否有效益，资金使用率情况，有无结余很大或损失浪费等问题。
（4）专项资金是否专款专用，有无挤占、挪用等问题。
（5）对投资项目是否进行过可行性研究，投资方向和投资规模是否合理，资金配置是否有效。
（三）二级财务机构及独立核算单位财务审计的主要内容
二级财务机构及其所管理的独立核算单位的财务审计内容应包括二级财务机构的建立和完善情况、独立核算单位的财务情况两部分。
1．二级财务机构审计的主要内容
二级财务机构审计的重点是机构健全情况、人员配备情况、会计基础工作规范化情况等。
（1）会计机构建立和会计人员的配备是否符合高校财务制度规定，会计基础工作是否规范，会计手段、工作环境以及队伍建设是否符合实际需要。
（2）会计账簿设置是否规范，内容是否完整、真实、合法，记录是否及时、清晰、准确。
（3）会计凭证的填制是否符合要求，所反映的经济内容及会计处理是否真实、合法，会计凭证的审核、传递、归档是否合规定。
2．独立核算单位审计的主要内容
二级的机构管理的独立核算单位，组织形式多种多样，有事业性质的校医院、自收自支的非营利性质的服务单位、学校办的企业或集团参股的公司等，采用的会计制度也不尽相同，校医院采用医院会计制度，公司制的企业采用企业会计制度等。对独立核算单位的财务审计，应根据每个单位的性质不同而有所差别或侧重。
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