北魏前期的另一项文化对决发生在宗教领域，此时佛教与道教间曾发生冲突，其中以太武帝灭佛为代表。
魏晋南北朝是佛教与道教争夺中国宗教市场的时期，双方都希望得到政治领袖的信奉与支持，以利弘扬本教，压抑他教。鲜卑族进入中原建国后，逐渐舍弃原有的泛灵崇拜，改信中原地区的宗教，于是这批握有政治大权的新统治者，就成为佛、道二教争取的对象与传教的重点。北魏太武帝在位初期崇奉佛教，后来因为重用汉人世族，而他信任的谋士崔浩等恰好都是道教信徒，崔浩等人介绍寇谦之等道士给太武帝，太武帝很快受其影响，转奉道教，亲受符箓。440年，太武帝改年号为充满道教意味的“太平真君”，等于公开宣布这个国家要走道教路线，从此他认为佛教是“西戎虚诞”“为世费害”，准备用政治力量镇压。
444年（太平真君五年），太武帝下诏，禁止上自王公、下至庶人的全体国民私自供养佛教僧侣；同年九月，杀政变未遂的僧人领袖玄高、慧崇等。446年（太平真君七年），陕西地区有人反叛，太武帝西征，到达长安后，见佛寺内藏有兵器，又查出寺内酿酒、聚积财宝，还发现僧侣与在室女私通，为之大怒，立即下令禁止佛教。司徒崔浩随即上疏，请求诛杀天下沙门，毁灭各寺院及佛经、佛像。于是太武帝下诏，立刻诛杀长安全体沙门，并命留守平城的太子拓跋晃从中央政府发出命令，比照长安办理，废除全国佛教。太子一向尊崇佛教，上表劝谏，还在发布父亲的诏书时故意拖延时间，使全国僧侣都能预先知道，许多沙门因此得以藏匿或逃脱，许多金银佛像及经书也都被秘密收藏，故仅有部分僧人被杀，只是北魏境内的寺庙无法迁移，因此大多被毁。这段灭佛时间总共8年（444—452年），是中国佛教史上“三武灭佛”的第一次，佛教将此次事件与北周武帝、唐武宗的灭佛统称为“三武之祸”，视为重大的法难。(www.xing528.com)
450年崔浩死后，太武帝拓跋焘失去崔浩的影响，对全面灭佛渐生悔意，佛教生机出现。452年太武帝被杀，北魏政局几经动荡，最后由文成帝拓跋浚继位。这位皇帝下令停止灭佛，恢复佛教地位，佛教才得以复原。虽然如此，佛、道二教在北朝时仍持续对抗，后经唐朝到五代期间，道教更屡次借政治力量冲击佛教，成为中国宗教史上的第一次宗教大对抗时期。若问为何北魏太武帝拓跋焘会由奉佛变为崇道，主要答案应该在于他皇帝的身份，毕竟对于一个大权在握、享尽荣华的统治者而言，比起超脱轮回以求涅槃，炼丹修仙以求长生才是更实际的事。
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