月港开海是福建官府适应海防形势与社会环境进行的政策调整，及至万历末年，因荷兰人的劫掠和寇乱，沿海海盗的骚扰等原因，福建又厉行海禁，关闭月港贸易。荷兰人的沿海劫掠给月港发展带来巨大影响，史载：“海上久安，武备废弛，遂致盗贼劫掠，兼以红毛番时来抢夺船货，官府以闻朝廷，遂绝开洋之税。”[155]“（崇祯）六年七月，红毛入料罗，窥海澄境。”[156]加上走私贸易猖獗，引起政府不安，地方对于海防异常紧张，一有风吹草动就实行海禁，如万历二十一年（1593年）、天启二年（1622年）、天启六年（1626年）、崇祯元年（1628年）间，皆因沿海动乱而停发船引。大臣往往对走私与倭寇犯境担忧，“窃以为当今之乱，莫过于月港……月港私造双桅大船，不啻一二百艘，鼓泛洪波巨浪之中，远者倭国，近者暹罗、彭亨诸夷，无所不至，甚者沿边越境劫掠商民，非一日也”。[157]
福建屡屡实行海禁，再加上沿海走私贸易的冲击，月港衰败难以避免。崇祯十一年（1638年），官员傅元初请求重开月港贸易，但月港已成死港，几无商船出海贸易。清初，为对付沿海郑氏集团，实行迁海政策，月港于是衰败。至清康熙二年（1663年），清廷在厦门设立闽海关，正式取代月港海外贸易地位。但月港在明后期的开海对漳州、福建乃至整个王朝都产生了巨大影响。
首先，月港开海促进了对外贸易的繁荣，带动了海澄县及漳州府的经济发展。据史载：“海澄新邑，珠玑、犀牙、玳瑁、香布之属，辐辏漳泉，人以海船为利……梯山航海，泉货充溢，珠香象犀文贝之属，舆服伎巧珍错之利，不胫而走海内。”[158]明人徐勃描写海澄贸易，指出海澄“东接诸倭国，南连百粤疆”，各国商品云集，人民安居乐业，“货物通行旅，赀财聚富商。雕镂犀角巧，磨洗象牙光。棕卖夷邦竹，檀烧异域香。燕窝如雪白，蜂蜡胜花黄。处处园栽橘，家家蔗煮糖。田妇登机急，渔翁撒网忙”[159]。
其次，开海贸易后，漳州府在月港设立督饷馆，为福建地方带来大笔税收收入。隆庆六年（1572年），税收仅数千金；万历四年（1576年），税收已逾万金；万历十一年（1583年），税收增至两万余两。万历四十一年（1613年），福建税银近六万两，而此年月港税收超三万五千两，占全省税银大半。月港税收对福建省相当重要，史称“海澄洋税，上关国计盈虚，下切商民休戚”[160]。(www.xing528.com)
再次，月港开海改变传统海禁政策，为商民提供出海贸易通道，使“寇转为商”，缓解了沿海海防危机。《明经世文编》记载：“洋船往来，习闻动静，可为吾侦探之助。舳舻柁梢，风涛惯熟，可供调遣之役。额饷两万，计岁取盈，又可充吾军实之需，是其利不独在民，而且在官。”[161]外船的到来也提供了海外诸多信息，而民船、商船的增加，也利于政府的征调与派役，更不用说财政收入的增加了。
最后，月港开放后使中国进一步融入世界贸易体系之中，打开东亚贸易新格局。同时，沿海商民大批出海贸易，移居南洋、美洲、日本，在海外成为重要的海上势力，并将中国文化传播于海外。
此外，对月港体制的局限性和保守性也应有所认识。首先，月港地理条件一般，并非深水良港，吃水深的大船想进入月港必须用小船拖拽，运输货物不够便利，随着泥沙淤积、航道淤塞，港口逐渐向外海迁移，终被厦门取代。其次，虽然允许商民出海贸易，但又对出海贸易进行严格限制，只允许漳、泉二府商人参与月港贸易，对商人出海的船只、货物、时间、路程都有严格规定，船引发放数量也不能满足贸易发展需要，月港开海是多种力量博弈、妥协的结果。再次，澳门、广州允许外商居留贸易，而月港只准许本国商人出海贸易，不许外国商人入境贸易，这样一来，就只对漳泉商人征税，而无法对外国商人征税。月港开海只是局部性的。最后，因月港开海限制船引数量，且不允许商人前往日本贸易，迫于生计，沿海商民前往日本者只能从事走私贸易，冲击了海防与月港体制。
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