澳门开埠后，对葡萄牙人只征收船税。广州地区的“交易会”，对番舶实行丈抽制，税收征银，至万历时期，开始增收出口税。月港地区税收体制又不同于澳门。
隆庆六年（1572年），罗青霄认为只对里甲农民征税导致百姓生活困苦，提议对月港商民征收商税。万历三年（1575年），福建巡抚刘尧诲始议定征收引税和陆饷。万历十七年（1589年），巡抚周寀复议定水饷、陆饷、加增饷税收则例。福建商税的征收原则是：“凡船出海，记籍姓名，官给批引，有货税货，无货税船，不许为寇。”[141]征收的税收种类有引税、水饷、陆饷、加增饷。
第一是征收引税。海商出发去海外贸易，首先得领取“船引”，引票又分贸易外国者和贸易国内省份者。明廷虽然允许商民出海贸易，但是对出海贸易船只的数量进行限制，而这种限制就是通过船引发放数量来实现。万历十七年（1589年），福建巡抚周寀言：“漳州沿海居民，往贩诸番，大者勾引倭夷，窥伺沿海，小者勾引各番。今列为二款：一、定限船之法。查海禁原议给引以五十张为率，每国限船二三只。今照原禁，势所不能，宜为定限。……以后商船告票造船，应往某国者，海防官查明，数外不准打造。”[142]兵部复核后，把东西洋贸易的商船数量各定为44艘，一年限制为88艘。
随后，明廷更详细规定前往东西洋各国港口的船只数，准往东洋44艘，其中吕宋16只，屋同、沙瑶、玳瑁、宿务、文莱、南旺、大港、呐哔啴各2只，磨荛央、笔架山、密雁、中邦、以宁、麻里吕、米六合、高药、武运、福河仑、岸塘、吕蓬各1只。往西洋44艘，其中下港、暹罗、旧港、交趾各4只，柬埔寨、丁机宜、顺塔、占城各3只，马六甲、顺化各2只，大泥、乌丁礁林、新洲、哑齐、交留吧、思吉港、文林郎、彭亨、广南、吧哪、彭西、陆坤各1只。后来，引票又准增至110张。根据巡抚周寀提议，“将东西二洋番舶题定只数，岁限船八十八只，给引如之。后以引数有限，而私贩者多，增至一百十引矣”[143]。外加淡水、鸡笼、占城、交趾等处共117引。万历二十五年（1597年），又增加20引，达到137引。
引税的征收标准不同，如记：“凡贩东西二洋、鸡笼、淡水诸番，及广东高雷州、北港等处，商渔船引俱海防官为管给，每引纳税银多寡有差，名曰引税。东西二洋，每引纳税银三两。鸡笼、淡水及广东引纳税银一两。其后加增，东西洋税银六两，鸡笼、淡水税银二两。”[144]凡往东西洋者，每引税银三两增加至六两。万历十八年（1590年），革除渔船的引票，改由州县发放。每次请引以一百张为限，“革商渔文引，归沿海州县给发，惟番引仍旧。每请引百张为率，随告随给，尽即请继。原未定其地，而亦未定其船”[145]。出海时，市舶司会派人员登船查验引票，防止携带违禁物品出海。一切核验无误后，方许出海贸易。
崇祯年间，漳州贸易受海防形势和郑芝龙海上活动的影响而走向衰落，“洋舶之梗几无孑遗，饷额屡缩，自是不复给引”[146]。
第二是征收水饷，又称丈抽制，是按船舶的吨位进行征收的船税，“水饷者，以船之广狭为准，其饷出于船商”。[147]由于外商在抽分时不如实报告货物数量，经常偷漏税收，因此朝廷实行丈抽制，丈抽制是按船只的大小征收船税。
丈抽制实行累进税率，并非固定税率，清代粤海关监督宜尔格图奏疏中提道：“粤东向有东西二洋诸国来往交易，系市舶提举司征收货税。明隆庆五年，以夷人报货奸欺，难于查验，改定丈抽之例，按船大小以为额税。西洋船定为九等，后因夷人屡请，量减抽三分。东洋船定为四等。”[148]征税标准为：“西洋船面阔一丈六尺以上者，征饷银五两，每多一尺，加银五钱。东洋船颇小，量减西洋十分之三。陆饷胡椒、苏木等类，计值银一两者，征饷银二分。鸡笼、淡水名曰小番，地近船小，每船面阔一尺，征水饷银五钱，陆饷亦如东西二洋之例。”[149]根据黄启臣先生的研究[150]，现将丈抽制税率列表如下：
明代丈抽制税率表(www.xing528.com)
资料来源：据张燮《东西洋考》卷七《饷税考》的数字计算制作。
第三是征收陆饷。陆饷是进口税，征税对象为外国货物，包括香料、象牙、食品、药材、兽皮、藤木、金属原料及制品等。征税按进口货物的多寡或价值计算，征之于购买进口货物的铺商。万历三年（1575年），陆饷征收办法为：“以货多寡，计值征输，其饷出于铺商；又虑间有藏匿，禁船商无先起货，以铺商接买货物，应税之数给号票，令就船完饷，而后听其转运焉。”[151]万历十七年（1589年），因货物高下，时价不齐，进行厘正，有的按货物多寡征收从量税，有的按货物价值高低征收从价税，有的又按货物的上中下等则征税。万历四十三年（1615年），制定新的抽税则例，降低税率，减少税银。漳州府议东西洋税额2.7087万两有余，减银3687两，尚应征银2.34万两。
第四是加增饷。加增饷为对经营菲律宾生意的商船而设立的商舶税，因为中国商人去菲律宾贸易，回程货物少，除输入白银外，并无太多其他商货，这样就没法征收货物进口税，因此特别征收加增饷。史载：“加增饷者，东洋吕宋，地无他产，夷人悉用银钱易货，故归船自银钱外，无他携来，即有货亦无几。故商人回澳，征水陆二饷外，属吕宋船者，每船更追银百五十两，谓之加征。后诸商苦难，万历十八年，量减至百二十两。”[152]
月港还对大米等特别商品实行特别税制。因福建长期缺粮，大米主要靠进口和从广东输入，因此，福建对商人贩运外国大米回福建不征税，有些商人便只贩运大米，并且数量庞大，导致政府税收流失。万历四十五年（1617年），督饷馆对贩运大米的税收做规定，凡运米超50石者进行征税，50石以内不征税。据史载：
即今盘验数船，除货物外，每船载米，或二三百石，或五六百石。又有麻里吕船商陈华，满船载米，不由盘验，竟自发卖。问其税，则曰：“规则所不载也”。访其价，则又夷地之至贱也。
夫陆饷照货科算，船盈则货多，货多则饷足，今不载货而载米，米不征饷，不费而获厚利，孰肯载货而输饷乎？诚恐贪夫循利，后不载货而载米，国课日以亏也。查规则内，番米每石税银一分二厘，今此米独非番地来者乎？今后各商船内，有载米五十石者，准作食米免科。凡五十石外，或照番米规则，或量减科征，庶输纳惟均，而国饷亦少补也。[153]
月港开海时税收额较少，随着出海贸易的商船增多，税收大幅增长，尤其是在宦官执掌税收期间。史载：“看得海澄饷税，初仅三千，其后增益至万，又加倍之。迨中使专榷，始盈二万七千。近奉恩命减三分之一，议减三千。”[154]
月港税制对商民引税、水饷、陆饷、加增饷，形成一套较为完备的税收征收体制，税收结构更加全面、合理，促进税收制度的逐步完善。月港征收货币税，实现从实物税向货币税的转变，是关税制度的重大进步。月港税收存留漳州府，而非解送内府，有助于缓解地方财政困难。此外，月港税制的不足也显而易见。月港贸易的税务征收机构月港督饷馆隶属于漳州府而非福建布政司，督饷馆官员主要由漳州府或福建各府佐贰官轮流担任，税务征收官员品级低下，且并不是专岗专职，制度存在临时性和不规范性等特点。因月港官员为临时差遣，督饷官员往往依靠职权贪污税收，中饱私囊。
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