屯门海战爆发后，明廷驱逐葡萄牙人，不允许其进入广东，葡萄牙人遂在粤、闽、浙沿海从事走私贸易。如耶稣会士方济各·沙勿略（Francis Xavier）在上川岛写给弗朗西斯科·佩雷斯（Francisco Peres）神父的信说：“多亏我主的慈悲、怜悯，迪奥戈·佩雷拉的大船及所有乘客安全无恙地来到了上川港。在此我们遇到了许多其他商人的船只。上川港距广州三十里格。许多商人从广州城赶来此地与葡萄牙人交易。葡萄牙人不断与他们打交道，看看是否有人愿意带我去广州城。”[84]费赖之［Louis（Aloys） Pfister］也记载到：“时中国禁与葡萄牙人通商，葡萄牙人只能与华人私相贸易；广东官吏有利可图，遂视若无睹。中国船舶载土货至上川，以易欧洲船舶所载之货物而归。”[85]由于葡萄牙人在福建沿海一带进行走私贸易，致使嘉靖时期“倭患”日趋严重，明廷调集兵力予以沉重打击。在这种情况下，葡萄牙人被迫返回广东，寻求新的贸易机会。
克路士在《中国志》记载，“因为自1554年以来，莱昂内尔·德·索札任少校，和中国人订立条约，说我们要向他们纳税，他们则让我们在他们港口进行贸易。从此后，我们便在中国第一港口广州作贸易。中国人带着丝绸和麝香上那儿去，这是葡人在中国购买的主要货物。”[86]这些似乎说明葡萄牙人通过谈判，获得了与中国贸易的许可，条件是要向明政府纳税。但是据当时对海事颇为熟稔的郑舜功在《日本一鉴》记载，葡萄牙人是采取了更换国名，“冒他国名”的办法[87]。
因葡萄牙人之前与明交恶，明政府规定只要是葡萄牙人船只到来，一律驱逐。故葡人只好冒充他国之名 “诳报海道”，并贿赂海道副使汪柏，才得以进入广东贸易。
嘉靖三十八年（1559年），明朝因为海道侵扰，出于海防形势需要，禁止葡萄牙人前往广州贸易。据《广东通志》记载：“三十八年，海寇犯潮，始禁番商，毋得入广州。”[88]《要塞图册》也记载广州货物交易会的不稳定：
广州举办货市，其他地方也有许多货市。但这种事不能肯定，因为有时就少得多，比如中国人对葡萄牙人做的什么事情或者给他们的什么东西不满的时候，或者某个中国人被杀，这类事经常出现，这时他们便扣押前去取货物的兰特伊亚船（Lanteia），并且逮捕开货市的主要人物。[89]
对于广州交易会，一些官员出于海防需要也上奏禁止。隆庆三年（1569年），工科给事中陈吾德上奏言：“满伽剌等国番商素号犷悍，往因饵其微利，遂开濠镜诸澳以处之，致趋者如市，民夷杂居，祸起不测。今即不能尽绝，莫若禁民毋私通，而又严饬保甲之法以稽之，遇抽税时，第令交于澳上，毋令得至省城，违者坐于法。”[90]陈吾德担心“祸以不测”，但也认为禁绝之也是无法做到的，要求严饬保甲进行稽查，并规定他们只能在澳门交易，不允许进入广州城。
明政府何时再次开放一年一次的广州交易会，学者存在不同看法。李庆新认为1578年即万历六年以后，葡萄牙人又获准到广州参加每年一次的交易会[91]。汤开建征引外文史料，认为葡萄牙人再次出现在广州交易会上，大约在隆庆末年（1571年或1572年）[92]。(www.xing528.com)
万历八年（1580年），广州交易会从一年一次改为一年两次。据龙思泰《早期澳门史》记载：“开始时市场每年开放一次，但从1580年起，根据两次不同的季候风，每年开放两次。贸易的经理人，从1月份其采购运往印度和其他地方的货物，从6月份起采购运往日本的货物。每年两个月，三个月，有时是四个月。”[93]《利玛窦中国札记》也记载：
葡萄牙商人已经奠定了一年举行两次集市的习惯，一次是在一月，展销从印度来的船只所携来的货物，另一次是在六月末，销售从日本运来的商品。这些市集不再像从前那样在澳门港或在岛上举行，而是在省城本身之内举行。由于官员的特别允许，葡萄牙人获准溯河而上至广东省壮丽的省会作两天旅行。[94]
广州交易会春夏各举行一次，春季一般在1月，夏季在6月，每次交易时间持续2至4个月，外商可展销从印度等地带来的货物，也可采购中国货物销往海外地区。徐萨斯《历史上的澳门》记载：“一个连续数月的集市首次在广州举行后，以后1年2次：1月份澳门商人开始购买发往马尼拉、印度和欧洲的商品； 6月份则购买发往日本的商品，以便及时备好货物，使商船能在东南和东北季风开始时按时启航。”[95]
由于广州交易会商贸发达，为明廷带来利润，故贸易维持时间也较久。天启年间，“1625年6月，有一百多名澳门市人正在广州的货市上为前往日本的航行购买货物”[96]。崇祯初年，荷兰总督在给巴达维亚总督的信中写到：“（1629年2月10日）澳门的葡萄牙人已和中国贸易130年之久，贸易方式经由特殊的付款及送礼，其大使经皇帝特准居住于此，其商船到广东参加每年两次的年集，购买货物。”[97]说明此时的广州交易会贸易形式仍然存在。
崇祯四年（1631年），广东官府认为葡萄牙人扰乱市场秩序，不服从管制，于是宣布关闭广州市场。广州市场的禁令虽然下达，但是葡人仍然赴广州贸易。明末，因东北部边防吃紧，东南海寇又起风波，部分大臣表达了对武器装备精良的葡萄牙海船的担忧，如崇祯七年（1634年），胡平运上奏：“臣窃惟今日之患，澳夷与海寇而已。……其一在澳夷住濠镜澳，凡番、南、东、顺、新皆可扬帆直抵，其船高大如屋，重驾番铳，人莫敢近，所到之处，硝磺刀铁，子女玉帛，公然搬运。沿海乡村，被其掳夺杀掠，莫敢谁何，至杀伤官兵，上司亦莫敢问。往者哨船不过数只，今打造至于近百，出入无忌，挟制官司；往者夷数不满千人，今者报至数万， 一旦有警，此数万夷人，何逞不得？此大可忧也。”[98]出于海防安全的考虑，明廷于崇祯十三年（1640年）正式宣布对澳门葡人关闭广州市场，持续80余年的广州交易会就此终结。
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