对居住于澳门的葡商，明朝政府依正德十二年（1517年）定例，对葡商抽税，比例为十分抽二。
（澳门）外环大海，接于牂牁，曰石硖海，乃番夷市舶交易之所。往年夷人入贡，附至货物，照例抽盘，其余蕃商私赉货物至者，守澳官验实申海道，闻于抚按衙门，始放入澳，候委官封籍，抽其十之二，乃听贸易焉。其通事多漳、泉、宁、绍及东莞、新会人为之，椎髻环耳，效蕃衣服声音。每年夏秋间，夷舶乘风而至，往止二三艘而止，近增至二十余艘，或又倍增焉。[72]
澳门开埠之后，前来澳门的外国船只也迅速增加，每年夏秋间，外船乘风而至，之前只有二三艘，此后猛增至二十余艘。
外国商人贸易船只到澳门后，先由守澳官进行检查，然后由守澳官报给海道副使，再由海道副使派官员进行抽分，外商货物没有经过抽分是不能进行发卖的。如：“近日闽浙有倭寇之扰，海防峻密，凡番夷市易皆趋广州。番船到岸，非经抽分，不得发卖，而抽分经抚巡海道行移委官。”[73]海道副使负责澳门市舶抽分，但是却驻扎在广州，市舶贸易船只到澳门后，海道副使派员下澳进行抽分，番舶停泊澳门等待抽分时间较长，招致外商很大不满，如记：“凡番舶抵澳，必一二月，官府乃为盘验抽分，番奴坐困，不得以货易粟，每厚贿执事，以捄饥饿，利归积猾，而夷人怨苦矣。”[74]长达一两个月的等待，期间又不得从事交易，许多外商甚至食物也无法交换到，面临饿死的境况。为逃避抽分和漫长的等待，外商往往在抽分官抽分之前，先将大部分贵重货物私卖，留存小部分货物等待抽分，如此则严重损害了明朝抽分的利益。
番船到岸，非经抽分，不得发卖。而抽分经抚巡海道行移委官，动逾两月，番人若必俟抽分乃得易货，则饿死久矣。故令严则激变之祸生，令宽则接济之奸长。近来多失之宽，恐侮敌玩寇，闽浙之祸将中于广州也。[75]
为防止外商偷税逃税，霍与瑕建议番舶来澳之前，先选派廉洁干练的抽分官去澳门等候，番舶一到，立即抽分，不给番商私卖货物留时间。同时，提前给予中国商人澳票，让中国商人同抽分官一同前往澳门，买卖完毕即让中国商人离开澳门，毋得逗留。如记：
大约番舶每岁乘南风而来，七八月到澳，此其常也。当道诚能于五月间先委定广州廉能官员，遇夷船一到，即刻赴澳抽分，不许时刻违限，务使番船到港，不俟申覆都台，而抽分之官已定。番货在船，未及交通私贩，而抽分之事已完，所谓迅雷不及掩耳。此当预者一也。于六月间，先责令广州府出告示，召告给澳票商人，一一先行给与，候抽分官下澳，各商亲身同往，毋得留难，以设该房贿穽。此当预者二也。抽分早则利多入官，澳票先则人皆官货，私通接济之弊，不禁而自止矣。上益国课，下芟民奸，默锡苍生之福，潜消未形之祸，莫切于此。[76](www.xing528.com)
面对上述征税诸多弊端，隆庆以后，澳门进行相应税制改革。首先，为防止抽分官员的贪污，丈抽时须由香山县令、海防同知、市舶提举共同征税，官员互相监督和牵制。“澳门番舶，外国宝贝山积，皆县官司其榷课。”[77]万历《广东通志》记载：“番商舟至水次，往时报至督抚，属海道委官封籍之，抽其十二，还贮布政司库变卖，或备折俸之用，余听贸易。隆庆间，始议抽银，檄委海防同知、市舶提举及香山正官，三面往同丈量估验。”[78]即船舶到澳门后，香山县令、海防同知、市舶提举共同丈量船只大小，并进行征税。
其次，隆庆五年（1571年），将抽分制改为丈抽制，税收从征收实物改为征收白银。《粤海关志》记载：“隆庆五年，以夷人报货奸欺，难于查验，改定丈抽之例。”[79]其征税程序为“每年洋船到澳，该管澳官员报香山县，通详布政司并海道俱批，市舶司会同香山县诣船丈抽，照例算饷，详报司、道，批回该司照征饷银。各夷办纳饷银，驾船来省，经香山县盘明造册，报道及开报该司，照数收完饷银存库。”[80]其中明确记录当时征税办法为丈抽制，且税费支付方式为白银。同时，是官员下澳征税，而不是葡萄牙船只进入广州贸易在广州进行征税。征税是“洋船到澳”时征收，可判断应为进口税，并未记载要征收出口税。丈抽制的具体办法为根据船舶载货量：
每一舶从首尾两艕丈过，阔若干，长若干，验其舶中积载出水若干，谓之水号，即时命工将艕刻定，估其舶中载货重若干，计货若干，该纳银若干，验估已定，即封籍其数，上海道，转闻督抚，待报征收。如刻记后水号微有不同，即为走匿，仍再勘验船号出水分寸又若干，定估走匿货物若干，赔补若干，补征税银，仍治以罪。号估税完后，贸易听其便，计每年税银约四万余两备饷。[81]
番舶到澳门后，海防同知、市舶提举及香山知县共同丈量船只大小，标记船只吃水深度，根据船只吃水深度来估计船载货重量，计算出应纳税额。估验完毕，将税额报送督抚。估验后若船只吃水深度有变化，即判定船只有走匿货物，不仅要补交税费，还要被治罪。征税标准是根据船只大小和吃水深度来收税，税收类型为船税。
但外国商人往往贿赂抽分官，致使抽分官隐瞒税额，造成明朝税收流失。据葡萄牙人记，“载运货物进入的各类船只，按船只大小交税（五百或六百坎迪尔[candis]的帕塔索船[patachos]交五百或六百澳门元）。不过丈量船只的时候可以向丈量者行贿，使他高抬贵手，这样[中国]国王的收入就会少得多，因为丈量员们关心自己的收入甚于关心他们国王的收益；另外，他们并不注意船上载运什么货物。”[82]汤开建先生认为，为解决丈抽制的弊端，明政府于万历二十六年（1598年）起，开始实行定额税银制[83]。明后期，澳门地区税收制度从实物税转向货币税，从抽分制变为丈抽制，不仅防止偷税漏税，增加政府收入，更促进明代税收制度日益发展。
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