澳门最初为香山县属番船停泊的海澳，定居人口很少，但是附近海盗活动较为频繁。澳门开埠后，各国商人进入澳门，但最初来到澳门的外国人并无固定住所，“其初止舟居，以货久不脱，稍有一二登岸而拓架者，诸番遂渐效之”[31]。嘉靖三十六年（1557年）以后，葡萄牙人大量进入澳门，至嘉靖四十一年（1562年），澳门人口为800人左右，葡萄牙人500至600人。嘉靖四十二年（1563年），澳门人口增至5000人，其中中国人有4100人，葡萄牙人有900人[32]，葡萄牙人逐渐成为居住澳门的最主要的外国人。
对于澳门人口增多，以及繁荣的商贸情况，据葡萄牙人记载：
该聚居点在很短的时间内就扩大起来，现已超过两千户人家，而葡人至此聚居尚未到二十年，因为以往中国人不允许他们聚居，亦不允许任何其他外国人前来聚居。今后，天长日久，聚居点必将陆续扩大，因为这个岛屿是由印度运往中国与日本及东方其他各地的货物以及由这些地方运往印度的货物所必需的中转站。
因为凡是开到这个广东省的外国船舶，都必须在这个澳门岛的港口停泊，然后同陆地上的人进行交易，不准再深入，而由于外商纷至沓来，中国内地其他各省也就运来各种各样的货物。结果是澳门这个聚居地就在贸易上十分出名，东方各地各式各样的货物大批聚集于此。这样，一方面由于这里进行大量贸易，另一方面也由于这片土地十分安宁，它的人口和规模也就不断增加，可以预计，不久之后，它将成为这一带最富庶最繁华的城市之一。[33]
伴随着人口增多，葡人开始营建房屋，修建城防，一开始建的是草房，后来建的是土坯房。所建房屋越来越多[34]。后来又修建城垣和军事防御设施，增建炮台，形成一个葡人聚居地。同时，葡萄牙人也逐步开始以“自治”的形式对其内部进行管理。嘉靖三十九年（1560年），葡人组织一个自治机构，并选出首领、法官等人，处理澳门葡人内部事务。
然而，澳门隶属于香山县，明政府对澳门拥有领土、军政、司法、赋税、外贸等完整的绝对主权。嘉靖三十二年（1553年）澳门开埠后，明政府就开始在澳门设官建置衙署，并逐步形成一整套管理体系，对澳门进行管理和控制。
1. 设立澳门提调、备倭、巡缉三行署
嘉靖三十三年以后，明政府开始加强对澳门的管理。澳门设置有备倭、巡缉、提调对澳门进行管理，据《香山县志》记载：“澳门旧有提调、备倭、巡缉行署三所。”[35]提调即提调澳官，也称守澳官，其职责为对澳门葡人进行全面管理，其官署为提调衙门或提调司，“我设官澳以济彼饔飧，彼设小艇于澳门海口，护我私济之船以入澳，其不容官兵盘诘若此。我设提调司以稍示临驭，彼纵夷丑于提调衙门，明为玩弄之态以自恣，其不服职官约束若此”[36]。此段史料还显示，明政府在澳门还设有官澳。提调司为武职，“其提调司，务择武弁之能者居之，期于杜绝勾引，潜消窥伺，此亦内夏外夷之大防也。”[37]
明朝于洪武年间即设有备倭官员，备倭官的职责主要是防御倭寇，如史料载：“皇明洪武二十七年七月，命安陆侯吴杰、永定侯张铨等率致仕武官往广东，训练沿海卫所官军以备倭寇。是时方有备倭之名。天下镇守凡二十一处。广东曰备倭巡视海道副使一员、都指挥一员、卫指挥一员专管巡海。听广东巡视海道副使、备倭都指挥节制。”[38]明中期，倭患严重，广东沿海重要港口多有备倭官，如《广东通志》记载：
备倭分三路。中路在广州府东莞县南头、屯门等澳，大战船八艘，乌艚二十艘，广海卫望峒澳战船四艘。嘉靖二十二年，海寇何亚八焚其大半。东路在潮州府柘林澳，战船二艘，乌艚十五艘。碣石、靖海、甲子门等澳艚船十艘，哨船各二只。西路在高州府石城、吴川湾澳，各哨船二艘。廉州府海面战船一艘。琼雷二府海港乌艚各六艘。雷州海港战船六艘。[39]
嘉靖三十六年（1557年），大量葡萄牙人进入澳门居住，设于香山县的备倭官随之移驻澳门，负责澳门海域的巡逻与海防。澳门备倭官主要是负责海上安全与打击倭寇，还直接与澳门葡人进行交涉和沟通，对澳门的管理起着十分重要的作用。史载：“随据市舶司呈称，到澳会同香山县寨差官及提调、备倭各官，唤令通事、夷（原文作“夷事”）目、揽头至议事亭宣谕，督促各夷赴省。”[40]史籍中关于巡缉官的记载较少，巡缉官主要负责澳门城内的治安。
2. 设立关闸
嘉靖末年，明廷对澳门设关闸已有讨论。嘉靖四十三年（1564年），庞尚鹏关于对待澳门葡人的奏疏中提到，希望在澳门以北山经险要之处设置“一关城”：“议者又欲将澳以上，雍麦（陌）以下，山径险要处，设一关城，添设府佐官一员，驻扎其间，委以重权，时加讥察，使华人不得擅入，夷人不得擅出，惟抽盘之后，验执官票者，听其交易，而取平焉，是亦一道也。”[41]
万历二年（1574年），明廷于澳门的莲花茎设有关闸，设官把守，加强对往来人员的管理及进行军事防卫。如记：“佛郎机既据澳，至万历二年建闸于莲花茎，设官守之，而番夷之来日益众，吏兹土者皆畏惧，莫敢诘，甚有利其宝货，佯禁而阴许之。”[42]莲花茎地理位置突出，“莲花茎，即所谓一径可达者。前山、澳山对峙于海南北，茎以一沙堤亘其间，径十里，广五、六丈。茎尽处有山拔起，跗萼连蜷，曰莲花山，茎从山而名也”[43]。莲花茎位于澳门北部，连接香山和澳门，为香山至澳门的必经之地。澳门只有通过莲花茎方能抵达内陆，据记：
自香山县凤栖岭迤南凡一百二十里，至前山，又二十里，为濠镜澳，不至澳六七里，有山崭然断亘，沙堤如长桥，曰莲花茎。茎末山又特起，名莲花山。又伏又起，中曲坳，长五六里，广半之，直坤艮，是称澳焉。澳惟一茎系于陆，饶粮食，余尽海也。以故内洋舟达澳尤便捷。[44]
莲花茎的最高守官为把总，史载“香山壕镜澳，为粤东第一要害，以一把总统兵六百防守，无裨弹压。可移罗定东西一将，抽兵六百，协守澳门”[45]。万历后期，莲花茎因损坏而暂停，官员建议重修。万历四十年（1612年），两广总督张鸣冈建议恢复在莲花茎垒石为关，言：“澳夷狡猾叵测，宜将虎头钦总改扎鹰儿浦，仍于塘基湾等处垒石为关，守以甲士四百人，余兵棋布缉援。”[46]其中的塘基湾即是莲花茎。
3. 其他监管官员(www.xing528.com)
明代还在香山县设立参将来镇守澳门。万历四十二年（1614年），总督张鸣冈檄令驱倭出海，上言“因设参将于中路雍陌营，调千人戍之”[47]。万历四十六年（1618年），广东巡视海道副使罗之鼎言请将香山寨改为参将，增设营仓，加强守备，如记：“宜以东山改设守备，隶西山参将提调，移其兵四百于鹰儿浦，合原兵为一千；而以香山寨改为参将，增置营仓，大建旗鼓，以折乱萌。”[48]天启元年（1621年），又设立前山寨，并派参将驻守，安排重兵进行把守，“天启元年，改设参将于前山寨，陆兵七百名，把总二员，哨官四员；水兵一千二百余名，把总三员，哨官四员，哨船大小五十号”[49]。
除此之外，明廷另有海道副使、海防同知等官员对澳门有较大的管理权限。嘉靖十五年（1536年），广东复设海道副使，“巡视海道副使一员，原议革，至嘉靖十五年，督抚侍郎钱如京议题复设”[50] 。主管海防的海道副使被赋予经济管理职能。澳门开埠后，海道副使主管澳门税务征收，据庞尚鹏言：“番商私赍货物至者，守澳官验实，申海道闻于抚按衙门，始放入澳，候委官封籍，抽其十分之二，乃听贸易焉。”[51]外国商船到澳门由守澳官进行检查，检查完毕后汇报给驻扎在广州的海道副使，然后海道副使派官员下澳抽分，抽分完毕后方许交易。
嘉靖三十五年（1556年），葡人莱昂内尔·德·索札（Leonel de Souza）向葡王约翰三世（King John Ⅲ）的兄弟路易斯亲王（Prince Luis）详细报告他与广东海道副使谈判订立“和平协议”的经过，其言：“这一和平协议和关税是由广州城及广州地区的海道下令订立的。他是国家的高级官吏，相当于海军司令，负责海防并兼理市舶一切事宜。必要时，往往受任大权，亲自出马。”[52]由此可见海道副使全面负责澳门海防与征税。
嘉靖年间，海道副使对澳门事务有很大的管理权，责任也大，“至于海道巡历最为吃紧……每岁巡历濠镜一次，使彼恬然顾化，奸人安所播弄哉！若夫老万山为夷人出入门户，节经具题，加谨防备，容臣等径行酌议，或增兵设官以为万全计”[53]。海道副使作为海防官每年还要对澳门进行巡缉，重大事情与其他海防官要和海道副使商议，“凡事会同海道副使、海防佥事计议而行，仍听总督抚镇等官节制”[54]。
万历中期，明神宗为开拓财源，派宦官大榷天下。万历二十七年（1599年），市舶宦官李凤被派到广东总揽税务，市舶贸易征税权则由海道副使转移到市舶宦官手上。李凤到广东后恢复市舶司职权，将原由海防同知、市舶提举、香山县令共同负责的澳门征税工作从海道和府县中分离出来，市舶提举主要负责澳门征税工作。海道副使名义上“带管市舶”，但主要工作则是负责海防。据《罢采珠池盐铁澳税疏》记载：“香山澳税隶于市舶司，而稽察盘验责于香山县，申报司道，上下覈实，照额抽征，无所容其侵匿者也。”[55]税收隶于市舶司，而香山县负责稽察盘验。对这一时期市舶司负责澳门征税工作的记载屡见于史籍，如“广属香山为海舶出入襟喉，每一舶至，常持万金，并海外珍异诸物，多有至数万者。先报本县，申达藩司，令舶提举同县官盘验，各有长例”[56]，还有“审看得饷船出入，必由香山抽盘，必由市司投单”[57]。
崇祯四年（1631年），香山县的稽查盘验工作也弃之不顾，转由市舶负责。史载：“查澳关之设，所以禁其内入，惟互市之船经香山县，原立有抽盘科，凡省城酒米船之下澳与澳中香料船之到省，岁有尝（常）额，必该县官亲验抽盘，不许夹带盐铁硝黄等项私货。立法之始，为虑良周。今甲科县官，往往避膻，不欲与身其间，而一以事权委之市舶，相沿陋规，每船出入，以船之大小为率，有免盘尝（常）例，视所报正税不啻倍蓰。”[58]
市舶提举不仅掌握澳门征税工作，还参与澳门的治安管理事务，据载：“近者督抚萧、陈相继至，始将诸夷议立保甲，听海防同知与市舶提举约束。”[59]市舶提举还负责约束澳门葡人。因澳门贸易繁荣，市舶提举掌握征税权后遂驻扎香山，并在香山设有征税机构，“至澳夷内集，恐虞不测，合于澳门外建抽盘厂于香山、大埔、雍陌地方”。[60]抽盘厂就是在香山县设立的征税机构。此外，市舶司还在澳门城内设立征税机构，史载：“夷人只许在澳上交盘，不许引类径至省内。各处把海把澳官兵严戢百工商贾，遇有阑出，多方设法侦捕。”[61]万历四十二年（1614年），李凤死于广州，市舶司失去市舶宦官的权力支持，重新变成有职无权的机构，其后税务征收又交回海道副使兼管。
为加强对澳门的管理，明政府增设海防同知职位，其职设于万历元年（1573年），“查得广州府海防同知设于万历元年，原驻雍陌，后因税监以市舶事体相临，辞回省城，今议仍以本官专驻其地，会同钦总官训练军兵，严加讥察。水路则覈酒米之载运，稽番舶之往来，不许夹带一倭；陆路则谨塘基环一线之关，每月只许开放二次，而夷商入广，限以人数，皆须香山验明给票，方许泊五羊河下。”[62]海防同知开始设立时驻扎在澳门以北陆路的雍陌，后来移至广州，万历末年又移回雍陌。海防同知的职责主要是对往来澳门的人员进行盘查。《明神宗实录》对海防同知盘查核验的职能有记载，“谓倭奴人犯，皆由奸人为之响导，近闽粤多贩海奸徒，而境澳亦畜奸薮泽，议将广州海防同知出镇雍陌，会同钦总官严加查察，不许违禁狭带”[63]。
海防同知隶属于海道副使。万历四十二年（1614年），海道副使俞安性订立5条规定来约束和管理澳门葡人，并声明澳门葡人由海防同知管辖，“海道副使其属有海防同知，安性复条具五事，勒石永禁，与澳夷约，一切受海防同知管辖”[64]。可见海防同知似乎取代海道副使掌握对澳门的管理权。
此外，海防同知还参与外国商船的征税工作，“番商舟至水次，往时报至督抚，属海道委官封籍之，抽其十二，还贮布政司库变卖，或备折俸之用，余听贸易。隆庆间，始议抽银，檄委海防同知、市舶提举及香山正官，三面往同丈量估验”[65]。隆庆年间，外国商船到澳门经检验后，由香山县令、海防同知、市舶提举三位官员共同征税。
明廷在距澳门不远的东莞海防要地南头，增设南头海防参将，以便于对澳门进行监控，防止澳门葡人作乱。南头海防参将设于嘉靖四十五年（1566年），史载：“南头海防参将一员，嘉靖四十五年设，驻扎南头，兼理惠、潮。”[66]嘉靖末年，总督吴桂芳对东莞南头位置的重要性，以及此处“远可以防澳中番夷”描述得十分清楚，他认为海防参将带领的水军的主要职责是缉捕海盗船只，并“弹压香山濠镜澳等处夷船”：
东莞县南头地方，内为省城门屏之巨防，外为海舶襟喉之要隘，当此镇而设大将，屯重兵，甲士连云，楼船碍日，则内可以固省城之樊屏，外可以为诸郡之声援；近可以杜里海小艇劫夺之奸，远可以防澳中番夷跳梁之渐，诚计安之要术而善后之良图也。臣等欲并三哨之兵而稍减其数，别选精于水陆战阵兵夫，务足三千名，以今追出叛兵并白石贼大乌船二十只，增置哨马二十只，八桨船二十只，分拨三千人乘驾，选谋勇指挥二员分管，仍请乞特设参将一员总领，以威望素著、熟于水战者充之，名曰“督理广州惠潮等处海防参将”，照例请给敕书、旗牌，令其居常驻扎南头地方，教演水战；有警督兵出海，剿捕海倭、贼盗。仍专一往来省城波罗庙、东洲官窑，上下缉捕里水行劫贼船，及弹压香山濠镜澳等处夷船，并巡缉接济私通船只，俱会同海道副使、海防佥事计议而行。[67]
天启元年，明廷加强澳门南部海岛的海防建设，在十字门设立寨堡，拱卫澳门地区，史载：“遵澳而南，放洋十里许，右舵尾，左鸡颈，又十里许，右横琴，左九澳……纵横成十字，曰十字门，又称澳门云。其东南百里间，为老万山，孤岛具营垒。山东北注虎门，属番舶入中国道。……而澳夷出入洋，则不于虎门，于十字门，二门俱斜直老万山，十字门特近澳也。”[68]
明代为维护沿海治安，在沿海地区实行保甲制度。澳门开埠后，为加强对澳门葡人的管理，保甲制也推行到澳门地区。隆庆三年（1569年），工科给事中陈吾德《条陈广中善后事宜》上言：“满伽剌等国番商素号犷悍，往因饵其微利，遂开濠境诸澳以处之，致趋者如市，民夷杂居，祸起不测。今即不能尽绝，莫若禁民毋私通，而又严饬保甲之法以稽之，遇抽税时，第令交于澳上，毋令得至省城，违者坐以法。”[69]对于陈吾德的建议，“上皆从之”，陈吾德建议获准实行。
葡萄牙人租居澳门后时常做出违法之事，为约束澳门葡人，明朝政府还通过颁布禁令来管理葡人。如香山县知县蔡善继制定《制澳十则》[70]。海道副使俞安性还订立禁约五条来管理葡萄牙人，并刻在石头上以示不忘[71]。
明政府通过各种措施加强对澳门的管理和控制，但官职之设时存时废，并未形成稳定化、规范化的管理制度。设官虽多，但有时多官共管一事，官员职责多有重叠，管理效率并不高效。但是，无论葡萄牙人在澳门如何发展，澳门葡人终明之世并未发生大的叛乱，澳门也始终是香山县治下的一个小岛。
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