明中叶两广频繁用兵，耗费大量财力，军费紧张。为开拓财源，广东地方政府欲谋求对贡舶贸易进行征税。正德三年（1508年）广东布政使吴廷举以“缺少上供香料及军门自给”为由，对前来朝贡贸易的船只进行抽分[49]。正德四年（1509年），广东都御史陈金为解决军饷问题，开始对番舶征收百分之三十的进口税，抽分制正式实行。[50]
万历《广东通志》记载：“国朝洪武至弘治，诸国贡至，皆取自上裁多寡为例，抽分无考。正德四年，都御史陈金始奏以十分抽三为率，贵细解京，粗重变卖，留备军饷。都御史林富复申明变卖专留本处备饷，从之。十二年，陈金再镇，时副使吴廷举奏请或仿宋朝十分抽二，或依近日事例十分抽三，其贵细粗重分别如前陈金议从近日例，部议覈定十分抽二为常。”[51]根据以上史料，抽分所得主要用于军费支出，“备军饷之用”。抽分制实行之初，税率为百分之三十。正德十二年（1517年），税率改为百分之二十，遂为定例。抽分制为广东镇巡等地方官员率先执行，此后得到户部批准。抽分制是按船舶所载货物多少为依据进行抽分的，抽分的是货物，税制为实物税。抽分对象也逐步从贡舶扩大到市舶，如此市舶贸易逐渐公开化、合法化。抽分制的实行适应了明代中期贡舶贸易衰落、市舶贸易崛起的社会现实，有利于促进贸易转型。
为解决地方军饷不足而实行的抽分制不仅增加内府收入，也为地方政府带来税收，缓解了地方财政困难。如正德五年（1510年），两广镇巡官上奏乞求将部分番货变卖，而所得银两供军费之需，得到了批准：“盗贼连年为乱，军饷不支，乞将正德三年、四年抽过番货，除贵重若象牙、犀角、鹤顶之类解京，其余粗重如苏木等物，估价该银一万一千二百有奇，宜变卖留充军饷。报可。”[52]
抽分的实行触及了朝贡贸易的管理权问题，加上其中巨大的经济利益，宦官系统和官僚系统开始争夺抽分的控制权。正德五年（1510年）广东市舶司太监毕真不满官僚系统插手贡舶事项，上奏道：“旧例，泛海诸船俱市舶司专理，迩者许镇巡及三司官兼管，乞如旧便。”礼部讨论后认为“市舶职司进贡方物，其泛海客商及风泊番船，非敕书非（所）载，例不当预。”但是正德帝竟下令“如熊宣旧例行”[53]。熊宣是前任广东市舶太监，因为奏请兼理满剌加等国番船抽分而遭到礼部弹劾被罢免。不过，由于不久后宦官刘瑾被诛杀，抽分之权仍由地方官僚把握。
明代中期海防形势严峻，福建、浙江沿海厉行海禁，唯有广东对外贸易较为兴盛。抽分制使市舶贸易合法化，前来进行贸易的船只增多。至嘉靖年间，葡萄牙人又获准租居澳门，澳门成为唯一允许外商居留的港口，大批商人通过澳门中转，进入广州来贸易，带动了广州港的发展，广州港成为明代第一大港。据当时外国人记载，广州港是货物集散地，各国船只云集，十分繁荣：(www.xing528.com)
从交趾支那到中国沿海有（多个）要塞。第一个（是）海南，那里可以找到朝贡中国的小珍珠，（然后）是南头、广州和漳州等要塞。广州最大，商业发达。海南位于一个小海湾，岸边没有河流。附近海里有几个岛屿，可以捕捞到大量的珍珠。广州是整个中国的货物集散地，既有陆地上的产品，也有海产品。广州位于一条大河的出海口，涨潮时水位高达六至八米。从出海口看到的城市坐落在平原，没有山峰。房子用石块砌成，城墙宽高各十几米，一侧陡峭。吕宋人说去过那里。广州港有很多大船。城内有人巡逻，关闭坚固的城门。[54]
中国各地的货物，尤其是丝绸和麝香运至广州，葡萄牙人则在广州收购这两件大宗货品[55]。
随着广州贸易繁荣发展，广州城云集了来自世界各地的人口，商民众杂，以致总督吴桂芳奏请增筑广州外城，“看得广东省城正南归德等门外壕畔、高第、卖麻等街，商民绸缪，财货积聚，乃两广所恃以为利府，奸宄垂涎，以为奇货之地也……广东省城为十郡根本之地，而城南郭外，正诸商贸易之区，生民之凑集如云，财货之积聚满市，真一省丰阜之最，两广通利之源也。”[56]
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