如上所述，明成化间，来广州朝贡及贸易的番商已十分活跃。时驻广东的市舶太监韦眷包庇私舶贸易还允许番商冒充贡使，引起了官僚与太监之间因利益而起的冲突。此一事件在另一方面也说明朝贡体制被突破，一种新的海外贸易形式正在酝酿。
在明初严格的海禁政策下，沿海居民屡屡冒死下海从事走私贸易。走私的贸易之利巨大，而政府却不能获得。当时不少官员已有认识，如礼部左侍郎丘濬所言：“果无违碍，许其自陈自造舶舟若干料数，收贩货物若干种数，经行某处等国，于何年月回还？并不敢私带违禁物件。及回之日不致透漏，待其回帆，差官封检，抽分之余方许变卖。如此，则岁计常赋之外，未必不得其助矧。”[30]丘濬认为下海走私贸易形势严峻，不如放开管理，允许其合法，既可加强官员管理又可抽税有利于财源扩大。
而另一方面，大量外国船只取道广州入贡，也给广州的海防造成压力。明初以来在朝贡体制下，朝贡番舶到海门，先由海道官员核查是否属实，接着随行船队及船上使节、商人从屯门溯珠江入广州城。屯门位于珠江河口右岸，属于东莞南头所辖，自古是进入广州的门户，自唐代以来即在此地驻兵负责巡逻海口，宋元设屯门寨，明代设巡检司，检查船只进出。到了明成化、弘治年间，“贡献至者日伙”，甚至远在西北的撒马儿罕也自海上而来，如记：“撒马儿罕使臣泊六湾还国，枉道至广东，谓将往满剌加市狻猊入贡。”[31]弘治二年（1489年），撒马儿罕使者再次从满剌加取道广州入贡。由此可见，广州贸易的发展吸引了各国商船的前来，自马六甲航海至广州成为一条重要的海上商道。(www.xing528.com)
地方官为了加强海防而做了新的安排，即正常的朝贡使团及船只仍可依明初规定直接航行至广州，但如果朝贡船只附带货物超过规定的，又非贡期，或不是朝贡国的船只，则不允许进入广州，这些船只则被安排在珠江河口外的海澳如屯门澳等地湾泊贸易。由于往来贸易的船只很多，湾泊的范围在河口两岸沿海，以免船只之间发生冲突，而屯门澳是进入广州的必经航道，所以是最为重要的澳口，湾泊船只也最多。新的贸易制度开始在珠江海口实施[32]。
限制番舶进入广州，顺势将非朝贡的贸易行为限制在珠江海口沿岸的港澳中进行，这样一种新的海口贸易模式逐渐确定下来。由于番舶停泊在海口，就节省了地方接待贡使商团花费公帑的问题。另外，在新的海口贸易形态下，也开始了新的贸易税制，即抽分。起初，广东市舶进行抽分完全由地方官僚主导，朝廷似乎并不十分清楚，据文献载：“至于抽分之说，自成化至今，或行或禁，纷纭不一。”[33]《天下郡国利病书》也提及“正统年间以迄弘治年俱无抽分”[34]。据郑永常先生的研究，自弘治六年（1493年）广东地方就开始实行了抽分。但是广州的地方官僚一直隐瞒抽分利益，以保护地方的利权。此后因与宦官的争夺利权而逐步透明化[35]。
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