施工合同规定，只有监理机构发出工程变更指示，施工单位才能进行变更工作。在合同履行期间，工程建设总指挥部、监理机构、设计单位和施工单位均可提出或建议工程变更。为了顺利处理工程变更，根据东改工程的实际情况和吸取以往工程建设的经验，指挥部制定了工程变更程序。
1．永久工程项目变更程序
（1）提出工程变更。无论是工程建设总指挥部、监理单位、设计单位、还是施工单位，认为原设计图纸、技术规范、现场条件变化等不适应工程实际情况时，均可提出变更要求或建议，提交书面变更申请书或建议书。工程变更申请书或建议书包括以下主要内容：①变更的原因及依据；②变更的内容及范围；③变更引起的合同价的增加或减少；④变更引起的合同工期的提前或延长；⑤其他必须提交的附图及其计算过程等资料。属于设计单位对施工图纸在设计范围内的错、漏等修改除外。
（2）工程建设总指挥部（以现场总调度中心的名义）召集工程建设总指挥部有关部门、设计单位、监理机构、施工单位就拟变更的项目在方案的技术可行性、经济合理性等方面进行讨论提出意见，一般应遵循的原则有：①工程变更的必要性与合理性；②变更后不降低工程的质量标准，不影响工程完建后的运行与管理；③工程变更在技术上必须可行、可靠；④工程变更的费用及工期是经济合理的；⑤工程变更尽可能避免对后续施工的工期和施工条件等产生不良影响。最后形成《会议纪要》，并由设计单位根据会议纪要的内容发出设计修改通知。
（3）各有关单位按照各自的职责依据《会议纪要》的精神对已同意变更的项目办理有关变更手续，如变更引起的单价调整。属设计问题的由设计单位出具设计修改通知，属于现场变更的由监理机构直接下施工变更令并由施工单位、设计单位、监理机构及工程建设总指挥部代表签署“施工变更单”，至此项目变更成立。
（4）变更项目成立后，工程建设总指挥部各有关部门对变更项目进行审核，审核确认完毕后，变更项目价款可直接进入月进度付款申请，由监理机构审核并经工程建设总指挥部审定后支付。
2．临时工程项目变更程序
在合同中规定，各项临时工程项目采用固定总价承包的方式，在合同履行期间原则上不予调整。但由于地质条件发生变化或因前期工作准备不足（如提供的地形图与实际有较大差异），施工单位在投标时拟定的施工方案因自然条件发生变化而难以实施等。属于“有经验的承包商难以预见和防范的风险”，按合同规定的风险分配原则，属于工程建设总指挥部应承担的风险。基于合同诚实信用原则，工程建设总指挥部原则上同意对此类变化作变更处理。及时、公正、合理地处理工程变更，必须遵守以下变更程序：(www.xing528.com)
（1）拟变更的临时总包项目变更方案必须得到工程建设总指挥部现场总调度中心现场调度会的同意或确认，并形成相应的《会议纪要》。
（2）施工单位除必须按《会议纪要》确定的变更方案做好施工准备工作外（施工技术方案可直接报监理批复）；若变更方案比该总价项目原报价费用有所增加，则必须提出明确的费用处理意见（如在总包的基础上增加以单价承包方式计量的变更项目；或取消原总价项目，以变更方案的项目按单价承包方式计量等），并报监理机构审核。
（3）监理机构对施工单位提出变更费用增加的报告进行审核，结合招标文件有关条款提出初审意见（内容应包括同意增加哪些项目，哪些项目应由施工单位承担以及相应的费用处理意见等等），并报工程建设总指挥部审批。
（4）工程建设总指挥部有关部门根据总调度中心《会议纪要》确定的原则，结合招标文件有关规定对拟增加的项目或费用以及费用的处理方法进行审批。若施工单位对批复意见没有异议，则该临时总包项目变更成立，有关部门可依此办理变更单签证及审核手续。
（5）办理施工变更单四方签证手续（施工单位、监理机构、设计代表及工程建设总指挥部代表）。
（6）进行变更项目的单价三方确认（工程建设总指挥部、施工单位、监理单位）。
（7）变更项目进入月支付申请。
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