从道光三十年开始，以洪秀全为领袖的太平天国西起广西，而后所谓“挟兕虎出柙”之势，席卷湖南、湖北、江西、安徽、江苏、浙江等地，又挥师北征河南、山西、河北、天津诸地。与清军的多次交锋，基本上属于所向披靡。
咸丰三年（1853），安徽庐州府合肥县人周邦福，在城中开砻坊，年底太平军就攻了进来。他回忆说：“（十二月）二十五日早饭后，本城沈广庆手执令箭，长毛打锣，大声喊叫：合肥新兄弟们听着！士农工商各执其业，愿拜降就拜降，不愿拜降就叫本馆大人放回，倘不放就到丞相衙门去告。听说此令，我到房内向先生说：大人再不放我，就去告状。先生们说：你好错，他都是邀买人心的话，何能去告？心内听此，又急又怒。”[128]
当时有所谓“大乱居乡”之说，即城里人都躲到乡下，乡下又往哪里躲呢？周邦福的家人早已躲到了乡下，自己困在城中，只能依靠别人的口信，传递消息。心情的苦痛，自然可以理解了。
就在这一年，太平军也攻入了金陵城。景象十分悲惨。镇江、扬州一带，当时有人在酒楼中看到一首诗，这样写道：
烽火连年隔远尘，（指广西湖南说）
眼看一月倾三省，（江西、安庆、金陵）
笑煞千官愧众僧，（指山僧尚能杀贼）
铁甕打开重入甕，（镇江）
金陵掘遍剩荒陵，（南京）
伤心莫续芜城赋，
烧尽平芜惨不胜！（言扬州最惨）
括号内的说明，是当时苏州府常熟县人徐日襄写的，当时他听说太平军已打下了金陵城，忧虑万分，但仍对清军和地方团练武装抱有很大希望，希望他们能够抵御太平军的东下，守住家乡。
中国最为繁华的江南地区，一时陷入了动荡不安之中。所谓狂飙所及，庐舍为墟，遍地瓦砾。受难情形，在当时人看来，都说比其他地方要严重得多，“凡不忍见、不忍闻之事，怵心刿目，罄笔难书，所谓铁人见之，亦当堕泪也！”
清代的江南地区，代表了中国传统社会和文化发展的极致。这里的富庶繁华，对以农民为基本组成的太平军来说，有着巨大的吸引力和诱惑力。太平天国定都金陵后，太湖平原仿佛就是他们的囊中之物了。
根据当时人的回忆，从咸丰三年开始，太平军已不断攻略太湖平原的城乡地区。
在北方，对清朝政府带来重大压力的，是咸丰五年（1855）六月间，黄河在河南省兰阳铜瓦厢发生大决口，先向西北淹到封丘、祥符各县村庄，又往东漫流至兰仪、考城、长垣等县后，分成三股，向东漫流。
决口发生后，李鸿章代表安徽、江苏地主阶层的利益，不同意堵塞决口；山东巡抚丁宝桢代表山东地主阶层的利益要求堵住决口，主张河道仍由淮入海。双方争执不下。太平天国在南方的打击，使清政府无暇顾及河防工作，山东地区由此蒙受极大的灾难。
在南方，到咸丰六年春天，离湖州府极近的安徽宁国府失守，各地连连告警，地方富户都在准备逃亡。在当时政府官员看来，“欲攘外必先安内”，内部社会秩序的稳固是首要问题。也就在这一年五月份，江南地区爆发了特大旱情，延至六月，天一直不雨，枝河汊港皆涸，地上都长了毛，农田禾苗全部枯槁；此后城乡地区秋蝗蔽天，食稼伤禾，以致米价腾贵，民生十分艰难。嘉兴、湖州的形势更为严峻，各地乡民借灾滋事相继而起，首先是秀水、海盐，继之平湖、嘉善，又继之嘉兴、石门，乡民聚众哄闹公堂此起彼伏。嘉兴地方还出现殴打官员、拆毁衙门的严重情况。
与天灾相比，太平天国军队的东进，显然更令人感到害怕。
咸丰九年二月，年仅十八岁的湖州府乌程县人李光霁，听到太平军要来湖州，十分紧张，马上与哥哥一起将老母亲送往乡下舅舅家避难。这次太平军的到来，主要是要去打杭州，以缓解金陵城的危机。[129]
太平军从皖南由绩溪、广德向浙江，接连攻陷泗安、长兴和杭州。湖州知府王有龄下令组织团练，以归安人、内阁中书赵景贤为领袖，负责指挥地方团练和清朝溃散的军队，以湖州城为据点，组织保卫战。太平军被打败，从埭溪退往杭州。赵氏在湖州招募兵勇、添筑新城、制造战船，先后克复长兴、德清、安吉、武康、孝丰等县。四月份，苏州城被太平军占领，嘉兴受到威胁。赵景贤派军驻防南浔，以扼其冲要。太平军就从常州府的宜兴等地，进入太湖，对湖州府的西北方展开攻势。到次年十月，湖州地区的战事一直不断，都在赵氏的领导下击退了太平军的多次进攻。到同治元年，终因粮尽援绝而亡。湖州城在被攻陷时，“官吏无一降贼者”，与赵氏的影响颇有关系。
上海的《申报》对战乱有多方面的评论，说：“浙省自发逆肆扰以来，通计各府，惟杭州、湖州两府各属受灾最重。”
咸丰十年（1860）五月，东征苏州、上海的太平军有数万人，在李秀成统领下，于6月2日就攻克了苏州，并以苏州为首府建立了太平天国的“苏福省”。李秀成在这里采取了一些稳定社会秩序的措施，苏州的商业一度出现了兴旺景象，所谓“百货云屯，流民雨集，盛于未乱时倍蓰”。
但与被破坏的相比，这种暂时的兴旺实在是不值得一提。在苏州城被占二十多天后，太平军担心城内居民消耗粮食太多，影响军队的战斗力，就将城内老幼数万人全部赶了出去。城内的行会组织，手工业工场和作坊，全部陷入停顿，物价飞涨。被太平军占领的苏州，“南腿”每斤二千文，但在清军控制下的常熟县，每斤只有一百文。
在苏州城内，就是想高价买点豆腐，也成了不可能的事。城内与外地的正常贸易往来、百姓生活都被严酷地隔绝。(www.xing528.com)
一开始，太平军在地方上的抢掠，部分原因还有解决军需的目的。但是到了江南，太平军将士中的私欲很快释放出来，他们大肆搜刮城乡士绅百姓的财物。
尽管苏州城中的许多富户逃了出来，但他们的很多金银来不及搬运，多埋在家里的地窖中，最后大都被太平军抄走了。
大量的士绅百姓开始逃亡，他们选择的主要避难地，就是有洋人盘踞的上海。而在上海，人们还是不放心，万一太平军打入上海，他们的命运将何以堪，有许多人也开始准备逃亡。当时英文版的《北华捷报》报道了这方面的许多消息。其中，1860年5月30日的一则上海商场报告这样说道：“由于叛军（太平军）在运河以西自南京至杭州各地的军事行动，上海在贸易上受到的影响极其严重……上海的老百姓恐慌万状。最近恢复出具庄票的上海钱庄重行关门，停止营业。百姓的眷属纷纷逃往他处，许多富户搭乘外轮，逃往南方各城市。”
还有一则报道的内容更加恐怖：“本星期二（7月17日），上海租界出现一次极不平常的大恐慌。这次恐慌以惊人的速度蔓延到租界各个部分以及上海县城。这天差不多十一点钟的时候，有人喊着长毛已到上海，全城随之陷入极度恐慌之中。华人的店铺全都闭市，商店老板忙将值钱的东西从家里搬出，不知撤退到什么地方去。街上可以看到六至八人的一队队妇女，她们手携手急急忙忙地向着避难的地方乱跑；码头上和洋行内的苦力放下他们的活不干，也开始逃跑，有的赶到码头用大价钱雇船，要船夫把他们渡到美国租界那边去。英国领事馆旁边的大桥差不多堵塞住了，因为大家都涌在那里要过桥。所有民船都停在江中心，无论岸上怎样饵以重金，皆遭其拒绝。惊慌情形极为可怕，经过多少钟点才平静下来。我们听到在一家茶坊，有很多妇女急于跳水，企图自杀。有一女二男上吊而死，另一人从楼船跳下，跌碎了腿骨。”
但是涌入租界的难民还是很多。《北华捷报》1862年9月6日的报道称：“最初流入租界的大批难民，主要是从西南方各村庄而来，但以后自上海各方面传来警报，老百姓从各个方向到达河的这一边，以致租界附近和界内道路与空地上都挤满了一批批男女老幼，他们还牵着水牛与黄牛。”租界成了一个巨大的避难所。根据统计，1853年在租界居住的中国人共计五百人，1854年上海小刀会起义期间，约增至二万余人；而在1860年太平军第一次攻打上海时，竟增至三十万人，1862年又达五十万人；一度还暴增到七十多万人。
死难者大概比逃亡者还多。一般的士绅百姓，在传统时代十分之老实，他们根本不在乎谁来统治，只要赋税不要太多，生活能够好过、平安，就很容易满足。
正像外国人在当时看到的那样：
农民，他们对于受到谁的统治，完全不会在意，只要统治者在收税时不要过分地勒索就好。许多人是不得已才参加太平军的，他们对于这个运动是不关心的，当他们看到外国军队真的要向太平军攻击时，他们就认为太平天国运动必将衰亡，所以一有机会，就投顺清军。
另外，传统生活的观点也强有力地笼罩着他们的观念，离开祖宗庐墓的所在地，背井离乡，放弃脚下的热土，是他们绝不情愿做的事。因此，尽管战争残酷，还是有大量的民众留了下来，盼望战争很快能够过去，生活的轨道还可以正常运行。有性格刚烈的人们，开始组织起来，与太平军展开对抗，妇女们来参加的也很多。
在青浦县的农村，农民们曾决心从本地区赶走“长毛”，全都自愿帮助清军和民团与“长毛”们作战，曾击毙“叛军”一百名，号称大捷。在附近的重固、黄渡等乡村，约有一万多人的民团与“长毛”展开大战，取得大胜，生擒了十多人、十多匹战马，杀死一百多人，民众士气为之大振。
1862年，李秀成的生日，太平军借庆贺为名，向嘉兴的濮院镇和新塍镇派捐六百元和三四百元，另外附加犒赏军队银元宝六十只。
乡村生活的景象，在西方传教士们看来，十分悲惨。在长江三角洲地区，曾被吹嘘一时的太平天国土地制度，现在已经变成了一件通过征收、捐献或者没收来收取谷子的事情。在苏州等地，太平军还被一些对清朝不满的农民们看成是拯救者，他们乐意看到地主们逃跑，也乐于拿出钱粮来交给太平军。但在更多的地方，从1861年以后，农民就自发组织地方武装，来驱逐太平军。战争期间，太平军逃跑路线上的许多桥梁，早被农民们事先拆掉，致使来不及逃走的太平军遭受清军更大的打击。有时，农民还敢抢掠太平军的军需物资，对太平军的作战十分不利。
附从太平军管理江南城乡的当地“乡官”，也成了肥缺。一些“乡官”借战乱大肆搜刮，引起民众的巨大愤怒。当时海宁人冯氏的《花溪日记》，记录了一次当地由乡官施虐而引发的民众反抗事件。咸丰十一年（1861）春天，太平军逼迫乡村交纳银粮。黄八十是太平军指定的乡官，负责承办七图地方的贡银一万多两，百姓难以接受。本来海盐县地方只要交办三万两，至四月初七日，又勒加了一万五千两。五月初，每家分门牌，写上人丁数目，每个门牌要一元四角，每人每天征二十一文，每灶每天征一百文，行军灶每天征五十文。老百姓很害怕，都只好交了。有人借机会从中捞钱，百姓敢怒不敢言。有个农民叫沈长大，挑动大家起来反抗，到十一日就聚集了上千人到海盐城，以暴力抵制太平军的派征，一路上很多百姓加入进来，队伍迅速扩大到上万人。每个人头上都裹着白毛巾，手拿木棍，也用白色作记号，在石牌桥的地方还得到一艘枪船。南湖地方的胡四老为太平军帮办钱粮，听到风声逃走了，他们就烧了胡四老的房子。黄八十家被烧的时候，突然发生爆炸，黑焰冲天，大家很惊骇，才明白黄八十私藏了很多火药。在承办局被关押的六个农民被放了出来，都说“今乃得见天日矣”！[130]
在常熟乡下，有个姓王的医生首先起来抵抗太平军的征粮政策，自备酒筵，请了上千乡民结盟，捉打太平军任命的地方官吏，拆毁馆局，各地前来参加的竟有两万多人。
过于老实的农民，被迫接受太平军的调配使用。当时人柯悟迟说：“贼目催粮，愈加严酷，勒乡官限状，非捆锁，即杖枷，乡里日夜不宁。农家典质无路，告贷无门，田地又无卖处，什物未能变偿，甚有情极自尽者。”[131]日子没法过下去，只好选择自杀。
太平军在江南乡村的不良行为，使太平天国在江南丧失了最重要的群众基础。
士为“四民”之首，包括入仕或退职的儒家官员。他们拥有较高的社会地位、广泛的社会关系、较多的社会财富，当社会变乱，他们的谋生之途要比普通百姓更多，自然更会引起太平军或清军的注意。
江阴团练首领华翼纶（举人出身，做过知县），太平天国官员曾劝他蓄发，华严辞拒绝，说：“某虽不才，尝作邑宰，待汝天朝一统后，蓄发未晚也。”态度很硬。苏州一府为“忠节”而死难的士绅，可谓不计其数。[132]在吴县，因生员死节过多，学校都空无一人，十分冷清。嘉兴府桐乡县一个县学生“拒不从贼”，并骂道：“吾儒生也，读孔孟书，有天地，有人伦，焉肯从汝行！汝等教匪，蔑天理人伦，叛逆无道，干天神之怒，今日肆虐，会当有清明之日，当尽杀汝辈！”被太平军当即处死。[133]
也有一些士绅与太平军采取了合作的态度。如吴江县盛泽镇的王家看到太平军攻占了嘉兴，就专门派人送礼品到太平军军营，有枣子一桶、银锭十只、雄鸡十只，还用黄旗写了“早定一统、雄冠三军”八个字，表示恭贺。[134]有的地方士绅，在太平军到来后，马上表示准备蓄发，改装易服；亲戚朋友当中，有不愿合作的，就会去做劝说工作。然而还是有人性格刚烈，坚决不从。
但是更多的士绅、地主和商人，都选择了逃难。有的士绅避乱居乡，江南河湖密布，人们慌不择路，人多船小，经常发生沉船死人的事情。也有不少人死于战乱途中。江南的各个州县都差不多，战乱后各地政府曾清理城乡地区，许多死难者的尸体被重新填埋，对死者生前的气节予以高度旌扬。譬如，宝山县霜号三十八图的东勇墓，收埋咸丰十一年五月间大场镇死于太平军战事的地方百姓；嘉定县外冈镇北七图的保元堂，同治五年由知县汪福安倡建，祭祀咸同间殉难乡民；昆山县光区九图江圩的申迁义冢，是同治九年敦善堂司董朱惟沅、蒋泰咸修筑，为昆山、新阳城乡居民避至申江旅次病故，由上海辅元、保安各善堂代厝的公地；而新阳县天区三图南黄圩的抚恤局义冢，是在同治二年克复县城后，根据上级要求，为病故的难民而设，无主棺柩葬在普育堂的空闲地上。
太平天国战乱后，浙江地区田亩荒芜，昔日繁华的市镇大多被焚毁，乡村更是人烟寥落。苏州、常州、镇江、杭州、嘉兴、湖州诸地受害可以说是最深最久。到同治三年（1864），清人仍对江南饱受战患后的残破保留着极深的印象，称其“自沪至昆，炊烟缕缕，时起颓垣破屋中。而自昆至苏境转荒落。金阊门外瓦砾盈途……由是而无锡，而常州，而丹阳，蔓草荒烟，所见一律。”浙江全省在战后几乎田地尽荒，“各市镇悉成焦土”，而且远近乡村“人烟寥落，连阡累陌，一片荆榛”。
战争结束，地方上出现了一些歌谣，描写了战后江南社会的凄凉景象。其中一首“猪换妇”称：
朝作牧猪奴，暮作牧猪奴。冀得牧猪妇，贩猪过桐庐。睦州妇人贱于肉，一妇价廉一斗粟。牧猪奴，牵猪入市廛，一猪卖钱十数千。将猪卖钱钱买妇，中妇少妇载满船，蓬头垢面清泪涟。
而在苏州地区，原来兴盛的佛教信仰及寺庙，大多被太平军荡平，神佛塑像处处残毁，寺庙中的戏台、殿屋等自然难逃被焚的厄运。
江南地区的寺庙遭受了一场毁灭性的打击，有些寺庙就此永远堙废，有些虽有重建，但规模远不如前。如苏州府的常熟县地区，各庙香火极差，原因就在于战争期间各寺的神佛塑像不是被毁坏，就是被搬走。即如佛寺极盛的金陵地区，城南原有的四百八十寺，在清时仍有几十所，但在太平天国战争后便“无复孑遗”，所以当时人就感叹这次对于寺庙的劫难是“千年所罕也”。
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