孙权实力增长之快让曹操吃惊，尽管北征归来后事情一件接着一件，他还是不敢再怠慢，必须把南征的大事提到议事日程。
早在汉献帝建安十三年（208年）正月，也就是刚返回邺县时，曹操就下令在邺县修筑一个人工湖，叫作玄武池，用来训练水军。只为了征讨襄阳的刘表，似乎还用不着太多的水军，看来此番曹操是想连江东的孙权一块办了。
六月，当上丞相。
七月，便下令南征。
北征乌桓历时近一年，但准备工作做了不止三年。此次南征的对手如果把刘表和孙权一块算上，实力将何止是乌桓人的若干倍，所以这一仗很有挑战性。
曹操亲自率主力由邺县南下，直指襄阳的刘表。
这一趟南下应该路过了许县，曹操在这里做短暂停留，由于在这里有过不愉快的经历，曹操不想去拜见汉献帝刘协，董承事件后，他与天子的关系就相当冷淡，据他的情报，汉献帝经常跟身边几个人嘀嘀咕咕的，虽然大多数情况下是研究学问，但谁知道他在谈经论道之余会不会有什么图谋。
根据报告，跟汉献帝最谈得来的有两个人，一个是荀悦，是荀彧的堂兄，担任汉献帝的高级秘书（侍中），是个书呆子，跟天子所谈的话题主要集中在经学和本朝历史上，他曾经受汉献帝之命续写本朝的史书《汉纪》。
另一个人是孔融，担任皇家事务部部长（少府），这个人让曹操越来越感到讨厌，他跟汉献帝也很谈得来，但他们谈的可不都是学术话题。
曹操废三公后郗虑被任命为御史大夫，成为许县地位最高的朝臣，曹操常驻邺县，许县的一举一动就交给郗虑来监控，重点就是像孔融这样跟汉献帝走得比较近的人。
路过许县，曹操自然要把郗虑秘密召来问问情况，郗虑刚受到孔融的嘲讽，正要报复一下，于是说了孔融一堆坏话。
曹操让郗虑整理个材料报上来，等候处理。
郗虑真快，马上就把材料整理出来了，他不愧是郑玄的高足，把孔融所谓的劣迹和黑史整理得很到位，但凡能给孔融判上十年八年的地方一个没漏，中间还添油加醋，煽风点火，欲置孔融于死地。
郗虑整理出来的材料总结了孔融的四条罪状：
第一条是说孔融过去在北海国看到汉献帝遇难，就招募徒众，意欲不轨，他曾经说“我是圣人之后，即使君临天下也没有什么不可以的，何必卯金刀”，“卯金刀”是繁体的“刘”字，根据这段话的意思，是说孔融那时就有想造反的意思；
第二条是说后来孔融与孙权的使者暗中来往，对朝廷进行诽谤（与孙权使语，谤讪朝廷）；
第三条是说孔融身为朝廷部长级官员（身为九列），不遵照朝廷礼仪，经常戴个秃巾，穿着很随便的衣服在宫廷里走来走去（秃巾微行，唐突宫掖）；
第四条是说孔融跟狂士祢衡在一块胡说八道（跌荡于言），说什么“父之于子，有什么亲情可言？只不过是情欲的产物而已；子之于母，也是一样，就像一件东西放在筐子里，拿出来以后就没有关系了”，孔融与祢衡互相吹捧，祢衡说孔融是“仲尼不死”，孔融吹祢衡为“颜回复生”。
上面这四条罪状，都很勉强。
第一条估计没有多少人会相信，孔融没有那么大的抱负，他连北海国相都当不好，哪敢谋反？所以这一条根本已无从查证，推断起来恐怕是子虚乌有。
第二条是个说不清的问题，从官渡之战后到赤壁之战前，孙权一直表面上臣服于朝廷，经常派使者到许县来，孔融倒是有很多机会跟孙权的使者接触，但有没有上述问题，不能靠推测，得靠证据说话。
第三条说的情况或许有，孔融有大名士的做派，别人开会穿正装打领带，他偏偏爱穿夹克和牛仔裤，但属于小问题，批评教育即可，用不着大做文章。
第四条可大可小，孔融跟祢衡的关系尽人皆知，曹操不喜欢祢衡，但并没有治他的罪，孔融跟他交往在法律上是没有问题的，至于人家喜欢互相表扬一下，似乎也不关别人的事。
然而，汉魏时代重伦理，重小节，有些事可以上升到律法层面，比如最后一条，既可以批评教育、下不为例，也可以罚工资、扣奖金，也可以判个三年五年，甚至十年八年，但不幸的是，也可以判处死刑。
朝廷的律法就是这样，遇到模糊的东西更有模糊的处理办法，司法的量裁区间大得要命，就看你怎么认识了。
也就是说，孔融如果犯了上面所列的部分错误，处理起来既可以给他来个诫勉谈话，让他以后注意；也可以直接砍他的头，让他想注意都没有机会了。
在郗虑看来，孔融的上述种种罪状实在罪大恶极，建议判处重刑，立即诛杀（宜极重诛）。
曹操正忙着南下，没有工夫细看细审，直接替汉献帝做主，进行了批示。
判处孔融死刑，立即执行（书奏，下狱弃市）。
汉献帝建安十三年（208年）八月，孔子的第20世孙——朝廷九卿之一的孔融因郗虑的告发而下狱被杀，死时56岁。
其实，曹操早就想杀孔融，因为孔融得罪他不是一天两天了。而另一方面，孔融对曹操也早就心生不满，有意跟他对着干。
一个大权在握，碍于对方的名望一忍再忍。(www.xing528.com)
一个大名远扬，仗着自己人气很高无所顾忌。
曹操曾颁布过禁酒令，目的是节约有限的粮食，保证战争所需，孔融给曹操写信非要争论一番，从尧舜到先贤，到他的祖上孔子，再到刘邦、樊哙、袁盎引了一大堆古人，其中不乏有名的酒鬼，说明饮酒的必要性和重要性，纯粹是想搅局。
孔融是名士，曹操还不能不回答，曹操耐着性子给孔先生回了封信，阐明禁酒的现实意义。哪知孔融不理，一连给曹操回了好几封信，语气越来越不友好（频书争之，多侮慢之辞）。
曹操与袁绍相争于官渡，孔融不出来帮忙也就算了，他还说风凉话，大谈什么和平主义，劝曹操不要兴兵。
前面提到曹操想恢复古代的九州制，孔融马上对着干，提出要恢复古制就要把所有古制一块恢复，比如古制中的王畿制，以天子为中心，千里之内应由天子直接管理，不能再封给别人，导致九州制泡汤，曹操的不满可想而知。
最让曹操不能容忍的是孔融也搞人身攻击，曹操娶儿媳妇孔融也不放过，要嘲讽一番。曹丕娶甄宓，孔融听说后马上给曹操写来一封信，却不是来贺喜的。
这一句出自何典，又是何意，连饱读诗书的曹操也搞得一头雾水，后来曹操见到孔融还当面请教过这出自哪个典故。
谁知，孔融竟然回答：“是根据当时的事情，顺手现编的（以今度之，想当然耳）。”
周公是武王的弟弟，妲己是殷纣王的爱妾，武王并没有把妲己赐给周公，所以曹操翻遍史书也找不出来这是什么典故，原来是孔融现编的，是把曹操比作武王，曹丕比作周公，甄宓比作妲己。
武王跟周公是兄弟，曹操跟曹丕却是父子，这里面似乎隐含着暧昧之意，似乎暗示甄宓原是曹操所爱，后来给了儿子，在这件事上曹操和曹丕父子不像父子，兄弟不是兄弟。
而妲己更不是什么好女人，早已恶名远扬，用她来比甄宓，这种话也只有孔融一个人敢说。
孔融确实敢说敢干，自始至终都是一个标准的老“愤青”。
而他终于为此付出了惨重的代价，跟他一块被杀的，还有他的妻子和子女。
孔融有两个孩子，儿子9岁，女儿7岁。孔融被杀的消息传来，他的儿子、女儿正在下棋，听说父亲被害的消息，这两个孩子表现出成人都少有的风度，一动不动，继续下棋，就好像没有这件事一样。
别人急了，说你们两个傻孩子，老爸都被杀了，你们还不赶快跑？
这两个孩子说了一句很有名的话：“鸟巢都毁了，鸟蛋哪有不破的呢（安有巢毁而卵不破乎）？”
他们是在别人家下棋，那家人有肉汤，哥哥想喝，妹妹说：“有今日之祸，还能多活多久，还能知道肉的味道吗？”
临死之前，妹妹对哥哥说：“如果死后有知，我们就能马上见到父母了，这岂不是我们所愿！”
兄妹二人从容就刑，面不改色心不跳。
还有个说法，说曹操本不想把事做得那么绝，想免这两个孩子不死。
不过，曹操后来听人报告说这两个孩子在家里突遭大难的情况下如何镇定自如，又说出了“安有巢毁而卵不破乎”这样的话，曹操觉得太可怕了，还是把他们杀了。
孔融被判的不仅是死刑，而且是在市场上人多的地方公开处斩，之后尸体进行展览（弃市），不许收尸，不许悼念。
这时有个人跑来抱着孔融的尸体大哭，一边哭一边说：“文举你舍我而去，我活着还有什么意思？”
这个人是孔融的好朋友脂习，此时担任太医令。脂习与孔融素来关系很好，他看孔融越来越跟曹操对着干，曾劝他收敛一些，但孔融不听，终于被杀。
曹操大怒，把脂习关了起来。但过了两天怒气就消了，觉得脂习很讲义气，很正直。曹操一向欣赏这样的人，于是原谅了他，不过罢了他的官，让他迁到许县东土桥一带居住，算是惩罚。
脂习后来还见过曹操，曹操称他为慷慨之士，询问他的生活情况，当得知脂习生活困难时，曹操吩咐给他安排新的住所，还进行了赏赐。曹丕称帝后给了脂习一个中散大夫的闲职，让他在家休养，脂习80多岁时死去。
杀了孔融，曹操总算出了一口气。
这又是一场大仗，不亚于官渡决战，自然吸引了全天下的目光。这一仗如果赢了，天下统一就指日可待了。
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