1994年，丰南492个行政村中，有467个行政村设有卫生室，行医的多是人民公社时期的赤脚医生，也有部分离退休医生和1997年以后医科院校毕业的大、中专毕业生。
自1997年开始对村卫生室开始登统，并颁发《医疗机构执业许可证》，乡村医生执业开始转入规范化管理。按照省、市关于乡村一体化办医的要求，1999年开始统一验照工作，对乡医每年进行一次业务培训和业务水平考核。2004年，《乡村医生从业管理条例》颁布并实施，对不具备执业（助理）医师资格的乡村医生实施执业注册制度。2006年，开始在全区范围内确定村卫生室，结合乡镇政府、村委会对村卫生室从业务用房、人员设置方面进行了规范、考核、验收。同年对持有《医疗机构执业许可证》但未执业的，进行注销；对在同一卫生室执业，但持有两个《医疗机构执业许可证》的，进行合并。对学校医务室、厂企医务室、个体诊所也进行了规范和清理。
随着卫生专业学校毕业生增多，到2005年，卫生室总数达1072个，但各卫生室房屋及布局等硬件水平良莠不齐。为提高卫生室标准，从2006年起，丰南区以“一村一室、择优选拔、优先扶持”为原则，以建筑面积不少于50平方米、三室分开为标准，开展村卫生室标准化建设，同年建成标准化村级卫生室455个。到2010年，丰南区标准化村级卫生室达到了478个，并由政府投资为每个村卫生室配备部分医疗设备。并督促部分村级卫生室整改为药房、诊室、治疗室、观察室四室分开且布局合理的示范型村卫生室，树立标准化村级卫生室的典型。截至2011年底，丰南区卫生室总数达936个，其中村级卫生室488个，一般卫生室448个。(www.xing528.com)
改革开放以来，个体诊所发展迅速，1994年，丰南市个体门诊所达115家，方便了群众就医，但也存在个别诊所不符合行医标准的问题。为保证群众就医安全，丰南市按照1994年4月26日国务院第149号令发布的《医疗机构管理条例》和卫生部制定的《医疗机构管理条例实施细则》，对丰南市个体诊所进行了全面整顿，并且坚持每年进行审验的制度，逐步规范了医疗市场。到2002年，丰南市有个体诊所77家，从业人员81人。截至2011年丰南区共有个体诊所60家，从业人员63人。
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