前面说过，和云南全省一样，在明代大理也曾设置过土司。到了明末“改土归流”，即在少数民族地区废除世袭土司，改行临时任命流官统治的一种政治措施。到了清代，土官先后以流官代之，土司制度衰微。但个别边远地区仍奉行“江内宜流不宜土，江外宜土不宜流”，留下部分土司，这在大理地区，云龙境内较多。旧州段氏土司段元相，康熙四十六年还袭理。箭杆场土司字世昊康熙三十三年、十二关土司李国柱康熙二十二年还袭职。师井土司杨纶诏、白石土司李鸿翼因归顺康熙，提督给照管理。甚至在清乾隆十七年（1752）仍设置六库、老窝两土千总，延到民国末年才废除。
清朝对云南的设治沿袭明朝，但不同的时间阶段内有不同的改变。大理地区分属于三府。即大理府，驻今大理市大理古城，康熙三十一年（1692）后与明朝时期的辖境完全一致，所属州县亦基本未变：太和县，驻大理古城；赵州，驻今大理市凤仪，包括大理凤仪及弥渡县全部；云南县，即今祥云县；邓川州，驻今洱源县东南的邓川，辖境为洱源县东南一片；浪穹县，驻今洱源县城，辖境为洱源县西部和西北一片；宾川州，即今宾川县，驻州城；云龙州，驻今云龙南部之沘江，辖境包括今云龙、泸水两县之地。十二关长官司，驻今祥云县东北之十二关，长官李氏仍授世职，其辖境为今祥云县东北与姚安、大姚、宾川交接的一片。丽江府，驻今丽江县城，所属二州今属大理州：鹤庆州，即今鹤庆县，乾隆三十五年（1770）由府降为州属丽江府，康熙五年（1666）撤销鹤庆御，所属军户并入民户；剑川州，即今剑川县，明朝和清朝顺治至雍正年间皆属鹤庆府，乾隆三十五年（1770）始随鹤庆一起划归丽江府。永昌府，驻今保山县城，所属永平县，即今永平县。有土县丞马氏世袭。清初撤销明朝的永平御，迁入汉族与当地彝、白等族杂居。蒙化直隶厅，驻今巍山县城，辖境包括今巍山、南涧县之地。康熙四年（1665），置流官，设掌印同知。雍正七年（1727），撤销原楚雄所属定边县（今南涧县），以其地归蒙化府。乾隆三十五年（1770），改府为厅。康熙六年（1667）曾撤销明朝时期的蒙化卫，迁入汉族与彝族杂居。(www.xing528.com)
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