孔奋，字君鱼，扶风茂陵（今陕西兴平市东北）人。少年时在大学者刘歆门下读《春秋左氏传》等，多受到赞赏，刘歆常对门人说：“我从孔奋的身上学到了很多东西。”
王莽之乱始，孔奋带着母亲、弟弟等一大家子来到河西避难。建武五年（29年），河西大将军窦融聘请孔奋做议曹掾，代理姑臧长。
西汉末年，中原群雄逐鹿，处于战乱状态，唯有河西很安定，而姑臧又称为富邑。在姑臧县做官的人，往往不到几个月就发财了。而孔奋在职4年，什么家产都没有。他对母亲极孝敬，虽然他一贯主张节俭，但给母亲要做最好的膳食，他和妻子则吃一般的饭菜。当时，天下不太平，社会风气腐败，士人多不修节操。而孔奋力行清廉，人们都讥笑他“身处脂膏，不能以自润”，真是自受辛苦。而武威太守梁统对他这种洁身自好的美德非常敬佩，他们之间不用上下级的礼仪，而是以挚友相待。孔奋拜见梁统，梁统常常要在大门外迎候，还引孔奋去拜见自己的母亲。
建武十二年（36年），河西郡、县级官员都被征召回洛阳，别的人都是满载而归，只有孔奋没有什么资财，坐着一辆空车赶路。姑臧吏民及羌胡等少数民族都说：“孔奋清廉仁贤，我们全县的老百姓都受到他的恩惠。他今天离去，我们为什么连一点表示都没有？”于是人们自发捐赠牛、马、器物数以万计，追送了几十里路，孔奋婉言谢绝，一件都没有接受。(www.xing528.com)
孔奋到京师后，拜武都郡丞（郡治在今甘肃武都）。陇西叛军余党隗茂等夜攻府邸，残杀了郡太守，敌人害怕孔奋急追，遂抓走了孔奋的妻子，作为人质。孔奋年已50岁了，只有一个儿子，他穷追猛攻，吏民深受感动，也都加倍努力奋击。孔奋和氐人首领齐钟留取得联系，由钟留发动氐人配合包抄。隗茂等人被逼急，把孔奋的妻子送到军前，以为这样孔奋可能退兵，但孔奋依然围剿，终于消灭了隗茂等首恶分子。后来，上报朝廷后，光武帝下诏褒美，拜孔奋为武都太守。
孔奋任武都郡丞时，吏民很敬重他。到他做了太守，全郡不好的社会风气大为改变。孔奋为政明断，爱憎分明，对有美德的人爱如亲人，对品行恶劣的小人视如仇敌。
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