女性主义教学论在挑战传统教学论的同时自身也遭遇到了众多挑战，这主要表现在对其合理性、独特性、政治色彩和统一性的质疑。
（一）对女性主义教学论合理性的质疑
学术界和教育界对女性主义教学论合理性（特别强调个人、女性经验）的质疑主要来自两个方面：
第一是个人经验被赋予特权成为知识的来源和作为知识的一种形式是否合理。在传统的占主流的理性主义教育学家看来，承认个人经验作为知识来源和知识形式的合理性就是从根本上否定了知识客观、普遍的立足点，如果所有的立足点都是偏颇的和有视角的，那么知识和社会批判如何成为可能？如果每个个人的经验都可以作为知识的来源和形式，那么所有关于真理的宣称不都是相对的和缺乏可信度的吗？这样导致的后果是知识的混乱和虚无主义。后现代主义教育学者则从另外的角度对个人经验提出了质疑，女性主义学者艾尔丝沃斯在谈到她教授的一门反对种族歧视的课程时说尽量运用批判教育倡导的“谈话”方法，尊重每个学生的经验及价值并“赋权”给他们，但发现学生并未表现出更多的能动性，或更多知识创造的能量。问题在哪里？艾尔丝沃斯认为，虽然人们在课堂上“发声”了，但不是所有声音和个人经验都具有同样的正当性和权力，有些人的声音只含有少量的正当性和权力，所以获得真正的平等也许只是一种理论上的神话而已[26]。
第二是对批判性思维的质疑。有些研究者对女性主义教学论所倡导的批判性思维（开放性思想）提出了异议。他们认为，与其说发展批判性思维不如鼓励发展批判性的思维技巧，批判性思维被他们看作用一种询问模式代替意识形态，用自己的表达代替教条的结构体系，这样所导致的结果就是课堂中的反理性主义和无奈性的状态，这与女性主义教学论所预见的洞察力和信息、经验和专家意见间慎重的平衡和置于相关背景中的交换有着根本的不同[27]。另外，还有批评者“指责”女性主义教学论不能平衡它的四个基本原则，往往过分强调个人经验和政治理解力这两个主题，而没有达到批判性思维和参与式学习的目标。
（二）对女性主义教学论独特性的质疑(www.xing528.com)
女性主义有独特的教学论吗？它与传统、现代教学论本质上有何不同？在批评者看来，女性主义教学论是和包括过去30年教育解放议程的运动和政治的根源分不开的。这些运动挑战了教育性质和角色的传统观念，也挑战了教师、学习者和知识三者间相互关系的传统观点。这些批判家为课堂的民主化，阐明和揭露课堂内外的权力关系，鼓励学生力量包括个人和政治力量的发展做出了努力。而且，他们要求教育和社会关注密切结合，认为课堂内产生和传授的知识应该和那些所描述和促进全球正义的生活密切相关。从中我们可以看到由解放运动引发的自由教学论与女性主义教学论存在大量相似之处，如何从这些众多的根本性相似之处中提炼出女性主义教学论的独特特征，这也是深深困扰女性主义教育学者的问题。如果这种独特性不足以说明女性主义教学论与自由教学理论根本性的不同，那么就应放弃对女性主义教学论学理建构的追求。笔者认为，作为女性主义教学论而言，超越这个思维框架，更强调女性主义教学的不确定性和开放性以及其独特地对性别问题的认知，这或许才是真正有别于传统和现代自由教学论的女性主义教学论吧！
（三）对女性主义教学论政治色彩的质疑
妇女学的批评者通过与妇女学的教职人员和学生的访谈、书信往来和其他接触方式得出如下结论：妇女学教师将课堂教学时间过多地投入到学生个人经历的讨论以及女性主义价值观的灌输中，过分关注如何将学生推向社会的行动，使得这种教学的政治色彩过于浓厚。而且他们认为妇女学教师不愿意接受那些和自己政治观点不一致的信息和看法，对妇女学教师允许开放、全面的学生参与表示怀疑，并举了一些例子暗示那些拥有不同观点的学生在表达与妇女学教师所持的主导观念不一致的观点时，往往感到被批判和被排除在中心之外，等等。
（四）对女性主义教学论统一性的质疑
这种质疑主要是来自非西方、非白人的女性研究或称“第三世界女性主义”在知识和政治上的观点[28]。在反对性别歧视、争取平等权利方面，“第三世界女性主义”与西方主流女性主义没有什么区别。但实际上，性别歧视并不是造成女性受压迫的唯一原因，种族、阶级、经济滞后、与欧美的文化差异等，也是女性遭受压迫的原因。这些情况使研究者认识到女性并非一个静态的、完全一致的群体，而是不断被创造和自我创造着的，其中沉积了因不同种族、阶层、阶级、文化产生的多重影响。在知识的学习和建构中，同样不能忽视这些差异。课堂中的压迫和被压迫现象，正是社会和家庭中的这类现象的投射或复制，仅仅在课堂中消除对女性的歧视，并不能真正改变所有女性在学术和知识上被边缘化的现状。因此用统一的女性主义教学论来指导各国、各地区的教学实践同样是危险的。它实际上已陷入了女性主义所批判的话语霸权和权力控制之中，即把以白人女性为经验主体所建构的理论强加在对第三世界女性的教育之中，即使是第三世界女性也有民族、阶层、经济状况、教育文化环境的差异，不能一概而论。妇女学内部就有一些批评家以阶级、种族和族裔为理由，对“接生婆式的教师模式”和女性主义教学论中的“母性思维”表示异议。女性主义为“拥抱”差异所做的种种努力仍旧是妇女学理论与实践尚未解决的难题。中国学者在介绍女性主义教学论时一开始就注意到了这个问题，他们在全球化和本土化的思考和实践中已取得了一系列颇有价值的教学成果，在充分经历和体验了女性主义教学法的魅力之后，有学者甚至大胆预测，“中国大学教学改革的先锋在妇女学界”[29]。
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