1941年1月22日（农历腊月25日）夜，北邻振业电器行大火，浓烟滚滚，曹清晨赶来，惊慌万状，让学徒赶紧把住三楼的老婆孩子抢救下楼，转到安全地带。然后跪在院内朝北磕头，求神佛保佑，火苗别往南来；张文奎来了也跟着跪下，口念箴言，求佛保佑，杨清荣信基督教，也跟着跪在后边，口念阿利路呀，求主保佑共和药房免遭火灾。陈启源也跪在后面，口中念念有词。
这时申陆平赶快叫车，把账拉到崇仁宫栈房里去，然后，找消防队头头，又和抱水龙头的队员讲价，保住火势不往南来，给几条金子。很快振业三层楼的楼板塌架，火势渐熄，终免一难。
事后，曹以给消防队很多钱为由，降低了对职工的年终馈送。而曹子恒却很快又在仓敖街内小药王庙胡同买了一处大院，翻盖成磨砖对缝的四合院。
人事方面的变动。到1942末，刘广泉因已在药剂生讲习所毕业，有了药剂生执照，原在日商松本盛药房管批发业务的张明萱又拉上北京来的李文轩和在伪法院工作的郑福生，三人出资开设天民药房，请刘广泉当了经理。曹对此很是恼火，气愤地说：刚学完就走了，遂迁怒于正在上第二期讲习所的黄振龄，勒令不让其继续上了（后经黄提出保证，毕业后不出号，才让继续上的）。
之后，申陆平拉走有北京药剂生执照的闫奇珊在东门里开设广平制药社。不久，陈启源因受过众人反对，自觉干着没趣，加之近二年把挣的钱在家买了几十亩地，辞职回家。在此前，黄殿勋因积劳成疾病故。
1943年初，坐落在北京前门外煤市街的良友药房倒闭，曹出资兑了过来，开设恒记良友药房，让原来的于经理当经理，李文治任副理，并调去徐纯象、李筠龄、李乃旺、赵国忠等人（半年后赵国忠又被调回天津）。(www.xing528.com)
之后，王锡铭觉得自己拼命地干，每年只给600元，遂出号，另谋出路。不久杨清荣也被大同药房请去当经理了。这时共和药房的业务以黄振龄、朱志通、姬芳远、张洪启、赵国忠等本号徒弟为主，来维持局面了。
在这个时期，苏德战争爆发，太平洋战争激烈进行，西药货源缺乏，加之日寇连续搞“治安强化运动”，横征暴敛，强迫捐献，市场物价飞涨，民不聊生，外埠业务萧条，只靠门市难以维持。曹则扩大调剂配方业务，网络上百名医生合作，用扩大回扣的办法，请他们开方，指定到恒记共和药房配药，回扣高达20%—30%。为了不使配方流走，双方商定，将药缩写或错写一二个，别的药房见方也不敢配了。
这时，日寇为推行毒化政策，在日本药房，大量销售吗啡针，如巴必那尔、暖毛那尔针剂，为了赚钱，曹子恒也开设吗啡专柜，贩卖毒品，大发国难财。
此外，为了赚不义之财，还弄虚掺假，为把贵重的咳的因和山道年粉，掺入大量的非那西汀粉，一两变二两，还假冒进口药品出售和供调剂配药用。
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