三月，方东树入粤，阮元聘其为《广东通志》馆分纂，一月后属以总纂事。日后复邀其讲学学海堂。方东树，字植之，晚号仪卫主人，桐城人。姚鼐弟子，诸生，曾为邓廷桢幕僚。其论道恪守程朱，论文力保“文统”，进撰《汉学商兑》一书，上书阮元：“汉学诸人，言言有据，字字有考，只向纸上与古人争训诂形声，传注驳杂，援据群籍，证佐数百千条，反之身已心行，推立民人家国，了无益处，徒使犯惑失宋不得所用，然则虽实惠求是，而乃虚之至者也。”道光五年春，方东树于学海堂以《学者愿著何书》策堂中生员，又撰《书林扬觯》一书，与汉学家抗衡。元则继续议刻《皇清经解》以扬汉学，提出“文言说”以正“文言”之名，夺“正统”之帜。道光三年，元于学海堂以文笔策问课士，堂中诸人旋有所对，刘天惠、梁国珍、侯康、梁光钊四篇最佳，入《学海堂初集》卷七。阮福复将四君之作及己所对，合录之，并阮元《文言说》《书梁昭明太子文选序后》《与友人论古文书》《学海堂文笔策问》辑成《文笔考》一书。阮福，字赐卿，号小琅环，阮元次子，监生，先后任平凉知府、宜昌知府。
四月二十八日，回至广东。闰四月二十四日，奏建桑园围石堤。折略云：粤东南海县属毗连顺德县界之桑园围，地方周回百余里，居民数十万户，田地一千数百余顷，种植桑树，以饲春蚕，诚粤东农桑之沃壤也。围外广东西、北两江环绕左右，而广西左、右诸江亦并汇而来，由此合流入海。每遇夏潦暴涨，东水尚缓，西水建瓴而下，宣泄不及，围基即被冲淹，居民田园庐墓尽皆淹没。……上年臣阮元与前抚臣陈若霖因该处关系农田庐舍，情势紧要，奏蒙圣恩允准，于藩、粮两库借银八万两发商，按月一分生息，计有息银九千六百两，以五千两归还原借本银，以四千六百两为修之费。第围基辽阔，恐此筑彼坍，岁得四千余金，仅敷逐段粘补之用，仍不足为经久永远之计。前据南海、顺德两县绅士商民纷纷恳请捐建堤，经署南海县知县仲振履等亲诣查勘，该围最险顶冲之吉赞横基、三了基、禾义基、天后庙、大洛口等处，约计一千九百余丈，须有大条石叠砌高厚，其次七千余丈，亦须用大块石砌成坡，方可藉资捍御。所需工料运脚等项，撙节估计，非捐银十万两不能举办。……今既据该绅员伍元兰等情殷桑梓，商义输银，臣等逐加采访，南、顺两县士民闻知义举可成，靡不同声欢庆，自应俯顺舆情，奏请准其兴建。如蒙俞允，即饬该绅员等交捐银照数缴贮，仍令两邑绅衿耆老遴举殷实公正绅士，赴围董理，购料鸠工，妥速赶办。地方官但司督率稽查，务使工坚料实，毋稍浮冒虚糜，不许胥役人等涉手，致有侵染。俟工竣，再行查勘验收。此次筑堤之后，自必永庆奠安，然水力冲险异常，恐未必坚，年久一年，所捐上年奏请生息银两，仍须照旧生息，将来查勘情形，另行核奏。（《雷塘庵主弟子记》卷五）撰《新建南海县桑园围石工碑记》。元阅水师出虎门，归过顺德，历斯围各险处，勘其工，谒海神庙致祷焉。且诫围中各堡绅士耆老等，土堤之薄者厚之，低者崇之，漏者塞之，石堤之坏者增之修之，砖石之卸者增之垒之。
是日，兼署广东巡抚。广东巡抚李鸿宾补授漕运总督。至七月初四，卸署广东巡抚事。新任广东巡抚康绍镛至。
七月十七日，入京师祝嘏。途中有《夜宿清远峡，晓登飞来寺》《英德道中》《度梅岭》诗。至十二月回至广州。归途有《梅岭张文献公祠看梅花》《度梅岭用前韵》。此次在京，如对十一次，赐克食四十七次，恩赉有加。(www.xing528.com)
八月，奏请从县知县赵俊调补潮阳县知县一缺。八月十九日，嘉庆帝以“违例奏调”驳回。
是年及翌年，调兵会围省北、省南。二十四五年，盗又多在清、英、花、从、增一带行劫，元调兵会围搜拿一次，省北得安。此时顺德、香山海边沙地盗匪烂崽又以打单为事，扰害田禾，掳人勒赎，抢掠疍户妇女。元委文武会合搜拿惩办，而省南得安。
阮元亲自出题《学海堂策问》。问：“儒字造字之意何在？儒名始于何代？儒行始于何时？”“唐初人犹读南北朝人之书，天宝后知其学者鲜矣，试论而表章之。”“今大小西洋之历法来至中国，在于何时？所由何路？”
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