九月十二日，由湖广总督调补两广总督。（据《清实录·仁宗嘉庆实录》。另据《雷塘庵主弟子记》：“八月二十四日，由武昌之湖南阅兵。二十八日，衡州遂次奉旨调补两广总督。”）
十月二十二日，至广州到任接印。十月初六日交湖广总督印，初七日由永州取道广西，驰赴新任。
十二月初四日，往海口阅水师，即乘水师提督之兵船过零丁、鸡颈诸外洋，遍观内外形势及澳门夷市情形。作诗题《登沙角炮台，阅水师毕，即乘水师提督之兵船过零丁外洋，看大嵛山望老万山，回澳门，阅香山兵，因题船额曰瀛舟》：茫茫沙角外，巡海一登台。潮向虎门落，舟从龙穴开。瀛帆乘夜月，火炮动晴雷。回楫澳门外，西夷追节来。本注云：夷人奏夷乐迎瀛舟。（《揅经室四集·诗》）
十二月二十三日，奏建大黄滘、大虎山二炮台。折略云：臣阮元此次遍阅内港内海各炮台兵房，俱为得力，足资控制。惟内港之大黄滘地方有大河一道，南通香山，东南通黄埔、虎门。潮涨时，水深二十余丈不等，为各船之所必经。若由大黄滘直抵省城，即可不走省城东城之猎德。是仅建猎德炮台而不建大黄滘炮台不足以严两路门户，且并猎德炮台亦归无用。臣阮元亲自相度，大黄滘有小石山一座，土名龟冈，四面皆水，堪以添建炮台一座。又，狮子洋外大虎山系中山路外洋进口要道，大溜逼近山脚，远处皆是浅沙，旧建横档、镇远炮台为第一层门户，若于大虎山脚添建炮台一座，更成重门之势。……勒限于来年正月开工，四月完工。（《雷塘庵主弟子记》卷五）(www.xing528.com)
是年莅任，首以惩劝文武合力拿办盗匪、会匪为务。会同东西省历任中丞申明赏罚，是以匪多就获，余者亦多解散为良。…… （至道光）元年，海盗并无一船，内河岸匪虽不能净尽，而民生颇为安定。有嘉庆十五六年本粤之人今复来粤者，叹为太平，全非昔是景象矣。大人入京时，查计各盗案，自二十二年起至道光二年春止，东西省拿获会、盗两项匪犯数千，案牍繁多。大约叠劫为首，或伤人重犯，方即斩枭，其情有可原及可免死者，多发新疆边远；轻者流徙，固不多戮，亦不滥纵。（《雷塘庵主弟子记》卷五）
是年，首以严驭洋商、夷商为务。英船在黄埔，夷人取水，与民人相争，用鸟枪击死民人。元严饬洋商，必得凶犯，方登船欲获犯而此犯即拔刀自刎死。又法兰西国夷人打死民妇，元饬获凶犯审确，照夷犯杀民人例立加绞决抵罪。
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