西汉平南越之后，重新划分郡县，重设九郡中有南海郡。南海郡辖番禺、中宿（今清远）、四会、博罗、龙川、揭阳6县，番禺仍是南海郡治。番禺城在汉平南越时遭到战火的毁损，汉平南越之后的南海郡治番禺城在何处迄未考定，一说在原址不变；一说在今顺德乐从；[8]一说番禺钟村镇屏山村东汉墓出土有4块“番禺”刻字砖及“番禺都亭长陈诵”刻字砖与番禺城变迁有关。[9]对于汉代番禺县（大致是后来之广府文化区域范围）乃至南海郡在南越国后这一时期的历史，史载极少，故而已出版的《广州简史》对这段时间跃过不提。不可回避的是，不管汉代番禺城有没有移址，这一时期的岭南政治中心不在番禺。
汉武帝元封五年（前106），设十三刺史部，每部各为一监察区，刺史每年巡行部内各郡，只有检举弹劾之权，严格按照中央的“六条”行事。[10]岭南为十三部之一，称交阯部（古书中交趾、交阯混用），交趾部长官享有别部刺史更高的持节的身份。[11]刺史地位本不高，秩六百石，而郡太守秩为二千石，显然要比刺史高，但刺史为中央特派，地方守令多有顾忌，或曲意逢迎，遇事不敢自专，于是刺史行事便逐渐越出“六条”之外，参与并干预地方政务，凌驾于各郡长官之上。刺史驻节之州治，便成为一州之政治中心。交趾部治所设在苍梧郡的广信县。《后汉书·郡国志》引《汉官》：“广信……刺史治。”广信县处于岭南东、西部的心腹之地、三江交汇之口，扼水陆交通要冲，两汉选择此处作为部的治所是经过考虑的。汉末，粤地的豪族势力强盛，苍梧人士燮任交趾郡太守，士氏家族据有交趾、合浦、南海诸郡，成为交州最大的地方势力。士燮“雄长一州，威尊无上，震服百蛮”。[12]这一时期岭南的政治中心在粤西，苍梧郡相应成了这一时期岭南学术文化中心。(www.xing528.com)
三国时期，粤地属吴，吴国为加强对岭南的控制，削弱士燮势力，黄武五年（226）从交州分置出广州，州治番禺，由吕岱任广州刺史，不久，铲平士氏势力，撤广州而恢复交州，但却将交州州治迁至番禺，这一举措，完成了岭南政治中心由西南向粤中的转移。自汉武帝平南越国起，岭南的政治中心有三百余年不在番禺，至此重新恢复了番禺在岭南的政治中心地位。吴永安七年（264），复分交州为交、广二州，广州辖南海、苍梧、郁林、高梁四郡，范围为今两广大部。
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