佛教初传中国时，在孝亲祭祖、奉上敬王等最基本的伦理观念和政治观念上，完全服膺儒家学说，这使佛教的基础意义有了全新的变化，所以历来只有儒家批判佛教，佛教只是对这类批判进行辩解，很少表露对儒家的不满。东晋以来，随着儒家学说的衰落和佛教势力的增长，佛教不但对道教，而且对道家的经典和儒家思想也开始公开的批评。如僧肇每以老、庄为心要，但认为比之佛教，“犹未尽善”。慧远听道安讲《般若经》，乃悟“儒道九流皆糠秕耳”。到南北朝时，儒学与佛教在理论上开始出现冲突。
儒学与佛教的主要争论集中在“神灭之争”。佛教传入中国以后，业报轮回说曾经被当作佛教的根本教义，后来又同我国原有的善恶报应思想结合起来，深入到民俗信仰和士大夫的精神世界之中，产生了深远的影响。与此同时，也引起了一些封建士大夫的怀疑和批判。汉魏以来，因果报应问题的争论成了当时佛教与反佛教斗争的一大焦点。随着争论的不断深入，双方认识到因果报应说的逻辑前提是神灵不灭，承认神灭还是神不灭是佛教因果报应说能否成立的关键。因此，反佛派釜底抽薪，力图证明人死神灭、轮回虚无，以斩断因果报应的链条；护法派则阐幽溯源，极力论证人死神存、三世实有，以维护业报轮回的权威。这样，中土传统的形神问题也就衍变成神灭与神不灭的争论。这一争论事关佛教的生死存亡，所以，当时的佛教界，从高僧慧远到名士宗炳，从朝廷重臣沈约、萧琛到最高统治者梁武帝萧衍，皆参与了这场旷日持久的大论战。
最初提出神不灭论的是汉末的牟子。牟子《理惑论》说：“魂神固不灭矣，但身自朽烂耳。”“身譬如五谷之根叶，魂神如五谷之种实。根叶生必当死，种实岂有终亡，得道身灭耳！”当时人对精神的主张，是由汉地魂魄之说转化而来，多数人以为心神是有形的，只是妙于万物。与道安同时的竺僧敷作《神无形论》，认为有形便有数，有数则有尽。神既无尽，故知无形。此论一出，便得到当时大众的信服。
到了东晋末年，围绕神不灭的问题开展了论战。慧远针对“形尽神灭” 的主张反驳道：生与死是一个自然而然的过程，人死便回归自然，并没有独立于身体的灵魂存在，提出“夫神者何耶？精极而为灵者也”。慧远运用前人“薪尽火灭”的譬喻，在《沙门不敬王者论》中创造性地提出：“火之传于薪，犹神之传于形。火之传异薪，犹神之传异形。前薪非后薪，则知指穷之术妙；前形非后形，则悟情数之惑深。惑者见形朽于一生，便以谓神情俱丧，犹观火穷于一木，谓终则都尽耳。此曲从养生之谈，非远寻其类者也。”
慧远认为人的躯壳只是“神”的一个容器，躯壳有前生、今生、后生，而“神”却并不因之而消灭，就像薪火相传一样。慧远的这种“形尽神不灭”的主张，与他的佛性论是相贯通的，对于中国后世佛教的影响巨大。
到了刘宋时期，神灭与神不灭之争更为激烈。罗含作《更生论》说：“神之与质自然之偶也。偶有离合，死生之变也。质有聚散，往复之势也。”孙盛写信给罗含讨论这一问题，说：“形既粉散，知亦如之。纷错混淆，化为异物。他物各失其旧，非复昔日。”罗含答复说：“本亦不谓物都不化，但化者各自得其所化，颓者亦不失其旧体。”
宋慧琳作《白黑论》，论儒佛的宗旨（白学先生指儒家，黑学道士指佛家），抨击佛教幽灵神验之说、“本无”“析空”之理，认为佛教所讲的空是虚构的，善恶果报之说也是不实的，从而否定了神不灭论。慧琳是站在儒家立场反对佛教神不灭论的。《白黑论》受到儒家学者何承天的支持。何承天是东晋以后最先阐述神灭论思想的人。他依据他的天文历算的科学知识，并结合儒家的人文观点进行反佛的理论斗争。何承天认为，佛教不失为九流之别家，杂以道墨，慈悲爱施，与中国不异，其鬼神之论，作为神道设教也未尝不可，但若目之为实，则缺乏明证。
居士宗炳作《难白黑论》，批驳慧琳《白黑论》说：“人形至粗，人神实妙。以形从神，岂得齐终。”何承天答复宗炳说：“形神相资，古人譬为薪火。薪弊火微，薪尽火灭。虽有其妙，岂能独传。”宗炳又驳他说：“夫火皆薪之所生，神非形之所作。意有精粗，感而得形随之。精神极则，超形独存。无形而神存，法身常住之谓也。”宗炳再著《明佛论》，论证人死神不灭及轮回果报之必有，认为“中国君子明于礼义而阁于知人心”。《周易》所谓“阴阳不测”，而不能置言，其实指的就是不死的精神。群生“神”本相同，随缘迁流而成粗妙之“识”，练粗成精，即是圣人。神、识、形三者本质不同，神之不灭，缘会之理，积习而圣，构成了佛教全部学说的大纲。
宗炳此说甚得慧远思想的精髓，把中国传统哲学同外来佛教哲学巧妙地结合了起来。中国佛教哲学此后的发展，大体上是沿着这个方向行进的。(www.xing528.com)
何承天又撰写《报应问》，否定了因果报应说，说“杀生者无恶报，为福者无善应”。而刘少府《答何衡阳书》又反对何承天之说，肯定因果报应之必有。因佛教所说的因果报应，是应验于来世，或未来若干世，所以无法证实。郑鲜之也作《神不灭论》，说“夫形也五脏六腑四肢七窍，相与为一”，而“神体灵照，妙统万形”。又说：“夫火，因薪则有火，薪非火之本。火本自在，因薪为用耳。故薪是火所寄，非其本也。神形相资亦犹此矣。”又有任函作《无三世论》，于是僧含作《神不灭论》以为抗辩。何承天还作《达性论》，进一步反对佛教把人与“飞沈蚽蠕并为众生”之说，从另一角度反对佛教的因果报应说。他说：“生必有死，形毙神散，犹春荣秋落，四时代换，奚有更受形哉。”何承天之论，引起了颜延之的反驳，他在《释达性论》中说：“神理存没，尝异于根菱变谢。”又说：“精灵必在，果异于草木。”何承天在回答颜延之的书中不得不承认魂魄之说，以为神魄惚恍，游魂为变，发扬使怆，亦于何不之。颜延之便质问他，游魂是有形还是无形？若虽有而无形，天下宁有无形之有，如是适足以证明神是不灭的。何承天的答复，只是说，昔人以鬼神为教，乃列于典经，却不作正面答复。颜延之再追问他说：精神不无既已经取得一致，而对于所以有的情况却避而不答，显见神灭的主张是不能成立的了。二人多次反复争辩，引起了宋文帝的重视。宋文帝说：“近见颜延之折《达性论》，宗炳难《白黑论》，明佛法深，尤为名理，并足开奖人意。”（《佛祖统记》）
神灭和神不灭的问题，成了刘宋学术界讨论最热烈的话题，你来我往，双方发表了大量的见解，互相论辩和砥砺，形成热烈的思想交锋的气氛。其中罗含的《更生论》，运用毗昙思想把神不灭论与儒家“祖宗有序，本支百世”的观念铸为一体，达到颇高的理论水平。此外，范泰、谢灵运还主张，“六经典文，本在济俗为治耳；必求性灵真奥，岂得不以佛经为指南耶？”（《答宋文帝赞扬佛教事》）佛教在这里提出的“性灵”之学，就是指承认三世因果，看重心神之用。何尚之对此加以发挥，受到宋文帝的赏识。
到了齐代，“神灭之争”达到最高峰，这就是围绕着范缜《神灭论》的一场争论。范缜《神灭论》自设宾主，共30个问答，要点是：（1）形神相即。（2）形质神用。（3）人质非木质，死形非生形。（4）心为虑本。（5）凡圣不同体。（6）人死不变鬼。
范缜的《神灭论》体现了形神之争在齐梁时期的新进展。《神灭论》涉及的理论面很广，锋芒所指，无不披靡，据说自称“辩摧众口，如服千人”，影响很大。《神灭论》是中国哲学发展史上具有里程碑意义的无神论著作。
范缜在竟陵王萧子良西邸为宾客。《神灭论》初稿出后，萧子良便召集僧侣与范缜辩论。到了梁代，梁武帝大集朝臣与范缜辩论，参加者共有临川王萧宏等63人。沈约作了《佛知不异众生知义》《六道相续作佛义》《因缘义》《论形神》《神不灭论》《难范缜神灭论》6篇文章，就范缜《神灭论》的弱点和漏洞进行驳斥。萧琛写了《难神灭论》，逐条驳斥范缜，主要论点为：（1）形神相即，辨而无征。（2）刃利不俱灭，形神不共亡。（3）人之质犹如木之质，人木皆有知。（4）神以形为器，非以形为体。（5）形无凡圣之别。
反对《神灭论》的代表性人物曹思文认为：“形非即神也，神非即形也，是合而为用者也，而合非即矣。生则合而为用，死则形留而神逝也。”（《难范缜神灭论》）他举庄周化蝶的故事为例：“斯其寤也魂交，故神游于蝴蝶，即形与神分也。其觉也，形开遽遽然周也，即形与神合也。然神之与形，有分有合，合则共为一体，分则形亡而神逝也。”（《难范缜神灭论》）坚持把形与神分开来作为二种事物来论述：“论云：‘形之与神，犹刃之于利。未闻刃没而利存，岂容形亡而神在？’雅论据形神之俱灭，唯此一证而已。愚有惑焉。何者？神之与形，是二物之合用，即论所引蛩駏相资也。是今刃之于利，是一物之两名耳。然一物两名者，故舍刃则无利也，二物之合用者。故形亡则神逝也。”（《弘明集》）
围绕范缜《神灭论》的争论十分活跃。在当时的论辩中，范缜与沈约、萧琛、曹思文之争很难确定孰胜孰败，似乎谁也说服不了谁。但双方的辩论拓宽了人们的眼界，增加了形神问题的复杂性。
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