牟子的《理惑论》一书，是第一部我国学者自著的佛教典籍，是佛教传入中国初期，由中国文人学士所写的一本宣扬佛教思想的著作。荷兰汉学家许理和指出：“它是有关早期中国佛教护教文字中最详尽且饶有趣味的范例之一。”[59]，《理惑论》最早见于南北朝时宋明帝敕中书侍郎陆澄所撰的《法论》，陆澄因这本书记载了汉明帝遣使求法的故事，所以将此书著录在《法论》第十四帙“缘序”集中，并注曰：“一云苍梧太守牟子博传。”
牟子现在已不知其名，有传为牟融或牟博的。牟子是苍梧人。《理惑论》中“序传”部分详细介绍了牟子的生平。从生平可知一些牟子的信息，牟子是一位饱学之士，而对于神仙方士之书，虽心生敬仰，却并不十分相信。当时，正值东汉末年，汉灵帝驾崩之后，曹操挟天子以令诸侯。在这种动荡不安的政治情况下，大量北方士绅、名门望族，相率渡江南下。他们大都相信黄老之学，崇尚神仙辟谷、长生不死之术。这种历史现象，反映了传入中国的佛教，正面对着一个黄老之道相当流行的社会环境。牟子处身于这样动荡不安的历史环境下，只希望能避世偷生，绝无官仕之念。因此，年轻时牟子便与母亲避难交趾。26岁时，他回苍梧娶妻生子，而当时的梧州太守对他十分景仰，希望能请他出仕当官，为国家效力，他却拒绝不就。当时，各州郡相互猜疑，以致交通阻隔不通。朝廷希望任命他出使荆州，解除各州郡之间的矛盾。可是，牟子被当时的州牧优文处士批评，于是他便称疾不起。后来，优文处士的弟弟，原是豫章太守，被中郎将笮融所杀。州牧本欲派刘彦出兵讨伐之，然而又恐外界猜疑，不敢出兵，于是便敦请牟子出面相助，后因母卒而作罢。
牟子是一位文武兼备的才子，可能是由于时代混乱，不得仕途。从此即钻研佛老，修身保真，研读《老子》的五千言，并把儒家的五经，视作消遣玩味的对象。他信奉佛教，“世俗之徒，多非之者，以为背五经而向异道”，受到人们的误解。为了要澄清自己的见解，他写下了这篇《理惑论》。
《理惑论》全书共39章，首章一般称为“序传”，最后一章称为“跋”，正文共37章。“序传”部分介绍牟子的经历和著书的缘由。全书采用自设客主进行问答的形式展开，所假设的“问者”是个来自北方的儒者，对佛教提出种种疑问。而设置的答者是牟子，他根据对方提的不同问题，大量引用儒、道和诸子百家之书给以解释或辩驳，对佛教教义学说加以发挥阐述，以论证佛、道、儒观点的一致性。问者提出的问题代表了当时的人对佛教的不解和疑问，牟子的答辩则代表了信徒对佛教的理解和辩护。《理惑论》一书从两个不同角度反映了当时人们对佛教的看法和理解程度。
牟子指出，时人对佛教有6种怀疑：（1）疑经说迂诞大而无征；（2）疑人死神灭，无有三世；（3）疑莫见真佛，无益国治；（4）疑古无法教，近出汉世；（5）疑教在戎方，化非华俗；（6）疑汉、魏法微，晋代始盛。这“六疑”都是当时儒道两家攻击佛教的焦点性问题。牟子据此一一提出自己的看法。
牟子在用问答形式论述佛教的过程中，大量引用儒家、道家经典，广取譬喻，而极少引用佛经。他一方面引证《老子》讲解佛教，又引述佛教教义附会《老子》；另一方面以儒者的面孔去问，又以儒家思想去解答。这说明在牟子身上，已明显地表现出了融会儒、道、佛三家的倾向。北方的儒者责难牟子说：“吾昔在京师，入东观游太学，视俊士之所规，听儒林之所论，未闻修佛道以为贵，自损荣以为上也。”问牟子为什么不以佛经，而以《诗》《书》回答他人问话。牟子说：“吾以子知其意故引其事，若说佛经之语，谈无为之要，譬对盲者说五色，为聋者说五音也。”
任继愈指出：“牟子精通儒家经传，又博览诸子百家之书，信奉佛教后，仍欣赏《老子》，他是从中国传统观点来理解佛教的。”“《牟子》认为佛教与中国封建社会的传统思想并无根本对立，其总的思想倾向具有鲜明的佛教、道家、儒家一致，特别是佛教、道家一致的观点。”[60]任继愈还指出：(www.xing528.com)
牟子对佛教的这种理解，说明佛教这种外来宗教要在中国这块新的土地上扎根，深入传播，不得不依附和利用中国传统的道家和儒家的某些思想、词句来进行宣传，争取统治阶级和人民的支持。不用说，牟子的许多比附和论述是十分牵强的，是不符合印度佛教原义的，但是，佛教正是经过这样无数的被“歪曲”和改造才最后发展成为中国的佛教的。[61]
牟子以儒家和道家思想解释佛教，并与之进行论辩与对话的做法，在佛教东传史上和中国思想史上都是很有影响的。杜继文指出：
佛教作为外来的一种宗教，在中国的流传过程中，曾长期受到传统文化观念，特别是儒家观念的挑战，引起多次争论，虽历两晋南北朝而至隋唐，未曾停止。而就其涉及的根本内容言，大体不出《理惑论》的范围；从佛教立场解决中外两种宗教文化的冲突与融合，也基本上采取《理惑论》这种既保持佛教的一定独特性，又依附或适应中国某些传统思想的路子。[62]
作为第一部中国学者所撰的佛学著作，《理惑论》确立了一种特殊的表达模式，这一模式在相当长一段时期内成为东传佛教与中国传统文化对话的基本模式之一。牟子之后，佛教界有很多进一步系统解释佛教思想的文章出现。比如：郗超撰有《奉法要》，这是一种主动性的解释，介绍佛教的基本教义教规，对佛教的三皈依、三界、五戒、五阴、六情、报应等基本理论都有通俗的解释。对于儒道批评的不实之处，佛教则心平气和地据理论辩和反驳。比如儒家常批评佛教违反了孝道，佛教认为，孝有小孝和大孝，佛教的孝属于大孝，行大孝并不拘泥于形式。孙绰撰有《喻道论》，回答了对佛教的问难，并将牟子隐含的儒佛融合、佛教本位立场明确呈现出来。道士提出“三破论”，批评佛教入国而破国、入家而破家、入身而破身，不利于国家、家庭和个人。刘勰作《灭惑论》逐条反驳，从理论和事实上说明，佛教利政、利家、利身。到元代至正十一年（1351），子成撰《折疑论》，对《理惑论》的质疑，又作出回答，仍然是“理惑”的模式。
牟子本人或《理惑论》本身在历史上也不断被后人提起，足显其历史影响。《佛祖统纪》称其为“如来之使”：“牟子，不得其名，当佛道未大行之日，而能为论，援三家之事义比决优劣，以祛世惑，以御外侮，是殆大士示迹，如来之使也。”这一评价是相当高的。《佛祖历代通载》评价说：“吾佛法源滥觞之初，凡西域沙门至中国者，由腾兰而下不过十人，所新出经三百余卷，俱小乘教，若微妙大乘诸经，皆所未至，牟子乃能玄鉴颖悟，契佛心宗，得法味若是之深。”“牟子贤矣哉。”在当时经文未备、译典稀少的情况下，牟子对于佛教的理解能达到如此深度，相当不容易，因此称其为贤者，并不为过。
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