印度佛教医药学的许多治疗方法和用药为中国医僧所应用。在魏晋南北朝时，引进印度医学的医僧们主要在这样几个方面取得了突出的成绩：
（1）脚气病。脚气病发于岭南地区，对于脚气病防治学始于晋代僧人支法存。支法存先辈为移居广州的胡人。支法存对岭南常见的热带病疟疾及寄生虫感染均有所成就，尤善于脚气病的治疗。适当时北方士大夫于永嘉之际南渡，多患“脚弱症”，其症多凶险，毙人甚众。法存以其医技治之，存活者不计其数，医名大振，与仰道人同为治“脚弱症”之高手。孙思邈《备急千金要方》卷七论述脚弱时指出：“自永嘉南渡，衣缨士人，多有遭者，岭表江东有支法存、仰道人等，并留意经方，偏善斯术，晋朝仕望，多获全济，莫不由此二公。”支法存著有《申苏方》5卷，其佚文散见于后世医著如《千金要方》等。《千金要方》记载：“防风汤……南方支法存所用，多得力，温而不损人，为胜于续命、越婢、风引等汤。罗广州一门，南州士人常用。亦治脚弱甚良方。”
仰道人也以疗脚气病而天下知名。僧深医师事仰道人，同时继承了著名医僧道洪的本草之学，善疗脚弱气之疾。其撰录法存等诸家医方30余卷，号曰《深师方》，其书所载脚气病效方百余首，为《外台秘要》《医心方》等所引录，为我国脚气病的治疗提供了宝贵的医疗经验。据载，湘东王在南州患脚气困笃，服深师紫苏子汤大得力。此后，紫苏子汤流传后世，称“苏子降气汤”，而成为降气的代表方剂，且其适应证已不限于脚气。
（2）眼病。魏晋南北朝时已有不少医师精于眼病的治疗，尤其是金针拨障术。晋僧人单道开，精医，尤善治眼疾。时秦公石韬请单道开治目疾，着药小痛，韬甚惮之，而终得效。后秦北印度三藏、译经师弗若多罗治目痛，以罗散禅涂眼。这是以药物滴眼治疗眼病的例子。南北朝梁僧人慧龙道人，以精治目疾闻名。《南史》记载，宋文帝第十子萧恢“有目疾久废视瞻。有道人慧龙，得疗眼术，恢请之。及至，空中忽见圣僧。及慧龙下针，豁然开朗”。这是说慧龙精针拨内障术。这也是中国医学史上最早的针拨术治白内障的实例。慧龙也治愈萧恢母费太妃的目疾。南北朝时汉译佛经中已经有了金针拨障术，上述在一定程度上也反映当时金针拨障术已在我国施行的史实。
（3）“解散”之方。魏晋南北朝之时，在士大夫和知识分子中兴起服食五散之风。始为何晏、王弼等名士，以后逐渐蔓延，直到隋唐才止息。据孙思邈《备急千金要方·解五石毒》所言，适当服石，有益人体。但石为“大大猛毒，不可不慎也”，“多则杀人，甚于鸩毒”。故服石的禁忌很严。此时有几位医僧对服石散发之证进行深入研究，探寻解救之方，并写成专著。影响较大者有道洪《解寒石散对治法》1卷，智斌《解寒石散方》2卷，慧义《寒石解杂论》7卷，等等。
（4）疫病防治。所谓疾疫，即现在所说的传染病，在中国传统正史中，每每以“疫”“大疫”来表示传染病的流行。至于究竟所指为何种传染病，很难一概而论。魏晋南北朝是疾疫流行的一个高峰期，也为佛教传播隆盛期，所以佛教在中国展开传播时，如何解释及面对疾疫流行，是一个值得探索的问题。《药师琉璃光如来本愿功德经》将“人众疾疫难”列为国家七大灾难之首。在这一时期，出现了众多治疗疾疫的医家，其中不乏僧医。(www.xing528.com)
永嘉年间疫病流行，安慧则昼夜祈求天神降药以愈万民。《高僧传·释安慧则》记载：“晋永嘉中，天下疫病，则昼夜祈诚，愿天神降药以愈蒂民。一日出去门，见两石如瓮，则疑是异物，取看之，果有神水在内，病者饮服，莫不皆愈。”《高僧传·竺法旷》记载：“晋兴宁中，东游禹穴，观瞩山水，始投若耶之孤潭，欲依岩傍岭栖闲养志。郗超、谢庆绪并结居尘外。时东土多遇疫疾，旷既少习慈悲，兼善神咒，遂游行村里，拯危急，乃出邑止昌原寺。百姓疾者多祈之，至效，有见鬼者，言旷之行住，常有鬼神数十，卫其前后。”竺法旷在南方云游之际，在三吴一带遇上疾疫流行，于是以神咒为民治疗。《高僧传·诃罗竭》记载，晋代僧人诃罗竭本是樊阳人，“晋武帝太康九年，暂至洛阳，时疫疾甚流，死者相继，竭为咒治，十差八九”。可见利用禁咒来治疗疫疾，甚为盛行。
对于疾疫的治疗，《高僧传》《续高僧传》中记载多用咒禁。以咒禁作为治疗方法是佛家的一大特色。佛教饮咒水而治病，不仅仅用于疾疫的治疗上。东晋僧人、译经家竺昙无兰所译《佛说咒齿经》《佛说咒目经》《佛说咒小儿经》分别为采用咒法治疗口齿病、眼病和小儿病。印度医学本身是极广泛地使用禁咒，这种佛教禁咒之法，在唐代被列入官方医疗术内。《唐内典·太医署》记载设有医博士，其一为咒禁博士：“咒禁博士一人，从九品下。隋太医有咒禁博士一人，皇朝因之。又置咒禁师，咒禁工以佐之，教咒生也。咒禁博士掌教咒禁生，以咒禁祓除邪魅之为厉者。有道禁，出于山居方术之士。有禁咒，出于释氏。”
蒲慕州指出：“佛教的传入中国，也不是进入一个真空的状态，它之所以会广为一般人民所接受，除了在义理上必须调和中国固有的思想方式和伦理观念之外，也应该是与它能够有效的处理佛教与民间信仰之间的矛盾与冲突有相当大的关系。”[39]在解释传染病时，僧人也以疫鬼之说为病因，以类似民间传统使用的禁咒法来施加治疗，与民间信仰相配合。在南北朝隋唐期间，佛教对病因解释及治疗方法在民间得到接受，再加上对医疗事业的重视，是使其得以传播隆盛的因素之一。据蒲慕州研究，在《高僧传》中，至少有86位高僧的事迹多少具有某种神异的性格，占总数的三分之一。与葛洪《神仙传》比较，高僧与神仙所具有的神异能力，基本上是相同的。僧传和仙传应该可以在某个程度上反映出一般人民的宗教心态。[40]
由于传染病会经日常接触而感染，医学上常常要求对传染病人加以隔离。但在佛教思想中，却要对病人倍加照顾，就算传染病人也不例外。《高僧传·释僧远》说：“……尝一时行青园，闻里中得时气病者，悯而造之，见骈尸侣病者数人，人莫敢近，远深加痛惋，留止不忌去，因为告乞敛死抚生，恩加骨肉。”僧远所过之地，疾疫流行，心生慈悲之心，悯怜众生，人皆不敢近患病者，独他留止不去，加以照护。《高僧传·杯度》说：“元嘉四年，有叨兴邵信者，甚奉法，遇伤寒病，无人敢看，乃悲泣念观世音，忽见一僧来云，乃杯度弟子。邵信念观世音，可能得观世音解救，派遣杯度弟子到来。”当遇上伤寒病之类传染病，无人敢看，佛教徒亦不避感染之危险，同样照护病人。甚至有高僧专门走到疫区，为人治病。《高僧传·竺法旷》说，竺法旷善于神咒，因见三吴之地多疾疫，乃出建康，四处游历，目的就是拯救危急的病者。
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