康熙二十年，玄烨从李光地议，遣福建水师提督施琅（本是郑成功部将，犯罪逃降清）攻台湾，二十二年，郑成功嗣孙郑克塽降。清设台湾府，澎湖、淡水、诸罗、台湾、凤山、彰化等厅县，属福建布政使管辖。总兵领水陆兵八千驻台湾，副将领水师二千驻澎湖厅。后增兵额至一万四千名，俨然成海东重镇。
反清最后一块海外根据地被玄烨击平了。大陆上早被严密的统治着，汉族义民虽然不断起事（如顺治十七年山东于七起义。康熙二年，福建王铁佛起义。十二年，杨起隆谋袭北京，事败逃走。十九年，起隆又在陕西起义。二十七年，武昌兵变，推夏逢龙为首领。四十六年，云南李天枢、朱六非起义攻昆明），无疑是奔向虎口送死。某些义士感到敌我形势的悬殊，必须转换新方式，蓄积力量，才能继续斗争，因此成立了许多秘密的革命团体。
康熙十三年（甲寅）三合会成立。三合会或称天地会，或称三点会。支派有清水会、匕首（小刀）会、双刀会等名目。相传创始人是福建莆田县九连山少林寺和尚（明末义士多削发为僧）蔡忠德、方尤洪、马超兴、胡德帝、李式开五人，称为前五祖。湖广义士吴天成、洪太岁、姚必达、李式地、林永超继续入会，称为后五祖。入会誓词有：“如天之长，如地之久，历千万年，必复（报）此仇。”所以又名天地会。
哥老会又称哥弟会，成立约在乾隆年间。某些义士假托大海，虚设一个理想国家，表示不食清朝的米饭，不住清朝的土地（封建社会认土地粮食是皇帝所有，人民生活，称为“食毛践土”，算是皇帝的恩典），不当清朝的顺民。这个理想国家的组织，会员通称洪家兄弟，秘密名册称海底，机关部称码头，首领称掌轮或正龙头，当初立会宗旨，在团结中国人民，反清复明，因此最重“兄弟义气”，对龙头严格服从命令，对同会尽力互相扶助。在清朝压迫汉族的时代，这种组织，确有它存在的意义，到清末，也曾有大部会员参加了辛亥革命。
明末义士组织秘密会党，主旨在反清复明，忽略了阶级反抗的提倡，因此满汉两族相处日久，汉族人民反清意识逐渐模糊，秘密会党也就逐渐无力，不能独立发动大起义。乾隆以后，统治阶级本身愈益腐朽，对人民剥削愈益猛烈，阶级反抗随着压迫的加重而发展起来。下面所述几个规模较大的起义，是用“官逼民反”作口号，与“反清复明”旧口号结合起来，起义规模渐趋扩大了。
台湾孤悬福建海外，是清朝统治力量比较薄弱的地方。康熙六十年四月，朱一贵、黄殿、李勇、吴外聚众数百人，据冈山（离台湾府城三十里）起义。一贵本福建长泰县人，家贫，喜交结朋友，被乡人排斥，流寓台湾，畜鸭为业。一贵编鸭成队，朝晚出入，像部勒兵士，远近居民大敬异。黄殿等因一贵姓朱，共推为首领，称大元帅朱，用农具当兵器，击破清军，前后七天，占领台湾全部，清官员军队纷纷逃归福建。一贵有兵三十万，自称中兴王，年号永和，大封功臣。留台汉奸造谣威胁民众道：“头戴明朝冠，身穿清朝衣，五月称永和，六月还康熙。”诸生（秀才）林皋、刘化鲤等密结俘虏清游击刘得紫谋内变，响应福建清军。朱一贵严禁军士淫掠，部将杜君英不服命令，率众数万抢夺妇女财物，与一贵军战。清水师提督施世骠、总督觉罗满保乘台湾内乱，六月，攻杀朱一贵。台湾人民被清军压平，小的战斗却始终起伏不曾停止。乾隆五十一年，彰化县天地会首领林爽文起义，攻破彰化、诸罗两县，庄大田攻陷凤山县，合兵攻府城。清总兵官柴大纪聚乡兵攻取诸罗城。庄大田留攻府城，林爽文攻诸罗，共有众十余万人。柴大纪酌酒拜部下将士道：“大纪受天子付托，誓与城共存亡，诸君能坚守最好，否则斩大纪头献敌求降，也很好。”将士感激，助大纪守城，爽文猛攻半年不能破。弘历命福康安、海兰察率大军救台湾，破灭起义军。柴大纪自恃忠义功大，迎福康安不行拜伏路旁礼。福康安怒，密奏大纪奸诈难信，前后奏报不实。弘历逮大纪至京讯问，按纪律不明罪斩首。
台湾居民多从福建泉漳二州及广东迁来，官吏利用居民间乡土姓族的成见，任令械斗互杀，结成深仇，藉以削弱汉族团结的力量。清朝又制定法令，禁止台湾地方开设小典，质押零星衣物，重利盘剥贫民，藉以和缓穷人反抗的仇恨。这些办法，自然也收些功效，可是从康熙二十二年起，至光绪十四年止，大小起义仍多至二十二次。这说明明末闽粤义民响应郑成功号召，迁居台湾，父子相传，始终保持反清反压迫的精神。光绪二十一年，台湾割让给日本，自然，人民反抗强暴的传统精神，决不因新统治者的高压和诱骗趋于消沉。历史将要证明，反抗力超过压迫力的那一天，台湾人民必然悲喜交集地归还祖国来。
元朝民间有白莲社（白莲是佛教的惯用名词），元末，白莲教徒刘福通起红巾军（朱元璋最初也属红巾军），摧毁蒙古的统治。清朝白莲教仍传授不绝，教徒供奉“真空家乡，无生父母”八字真言。意思当是说家乡是空的，人是靠天地生长的。农民留恋乡土家庭的心情，被八字真言攻破了。乾隆四十年，教主安徽人刘松被捕流甘肃充军。教徒刘之协、宋之清等秘密传教，陕西、四川、湖南等省徒党甚众。刘之协等宣言劫运到来，清朝将灭，共推鹿邑（河南鹿邑县）人王发生为主，冒称朱明后代，号召民众。五十六年，事露，刘之协等遁匿。弘历命地方官严密搜索，河南、安徽、湖北三省官吏借端侵害人民，例如武昌府同知常丹葵搜查荆州宜昌一带，株连罗织，富人破产，贫民狱死，凡数千家，无故受祸。当时川鄂黔粵等省，因攻伐苗族，捐税苛重，又禁贩私盐，人民生计穷困，无不仇恨官吏，等待机会起事。
嘉庆元年正月，白莲教徒揭出“官逼民反”口号，聂杰人、张正谟、姚之富、齐王氏（齐林妻）等起兵荆州襄阳，孙士凤、徐天德、王三槐、冷天禄等起兵四川，张士龙、张汉潮、张天伦等起兵陕西。
清军将帅有总统（最高指挥官）、总督、将军、巡抚、总兵多人，无不畏缩观望（如总统永保只尾追不迎击，河南巡抚景安浑号迎送伯），残杀冒功（如四川总督福宁诱降人二千入城领衣粮，悉数杀死，奏报战功；襄阳道员胡齐仑杀难民二百，冒功领赏），克扣军饷（如倭什布检查胡齐仑支放军需簿，发觉湖广总督毕沅，总统永保吞赃尤多）。顺琰逮总统勒保治罪上谕说，军营保奏，大半亲随私人，兵勇钱粮，并不按期发给，至令兵士饥饿赤足，形同乞丐。“纵兵殃民”（洪亮吉平邪教奏），“军纪废弛，地方受害，甚于盗贼”。（四川合州知州龚景瀚奏）。颙琰见“贼愈剿而愈炽（盛），饷愈靡而罔（无）益”，大怒治诸大帅罪，下诏道：“永保（总统）纵（放）贼湖北，景安（巡抚）纵贼河南，宜绵（总统）秦承恩（巡抚）纵贼陕西，英善（总督）勒保（总督）纵贼四川，惠龄（巡抚）纵贼渡汉江，除景安、永保处死刑外，其余各按轻重治罪。”(www.xing528.com)
大批满洲将帅斥逐以后，清军形势渐有转机。颙琰兼用绿营将领杨遇春、杨芳一类人，才能远在满洲大帅上，白莲军首领多被捕杀，军力渐趋衰弱。颙琰又利用乡勇（地主武装）罗思举（大盗出身）、桂涵（流氓出身）一类人，熟悉地势敌情，凶悍远在官兵上。白莲军屡遭猛击，军力益趋危境。颙琰又采用襄阳绅士梁有谷等筑堡（碉堡）团守（民团）法，令各省广筑碉堡，厉行驱民入堡，坚壁清野，绅士督率民团守堡防堵，官兵乡勇追敌猛击，白莲军流动地区逐渐缩小，衣食匮乏，军力更不能支。颙琰又宣布“但治从逆，不治从教”诱降策，白莲军最后不得不战败溃灭。
嘉庆元年正月白莲军起事，五年六月，教主刘之协被捕。九年九月，白莲军败灭。清军杀白莲教徒及平民数十万人，用军费二万万两。
乡勇建立了大功，却招清朝的畏忌。陕西总督长麟奏称：“团练（乡勇）在今天有用，在将来有大害。因为民气从此强悍，不免聚众斗争，抗官拒捕，不可不及早遏止。请速派委员，稽查兵器，拆毁堡寨。”颙琰从长麟议，收回民间兵器，又设立寨首，仿保甲法，约束民户，防御寇盗，有些堡寨得暂留不毁。
天理教是白莲教的一个支派。白莲教支派有虎尾鞭、义和拳、红砖社、八卦、荣华、红阳、白易等名目，其中八卦教又名天理会，教徒最众，遍布直隶、河南、山东、山西等省。教众奉“真空家乡，无生父母”为八字真诀，日夜拜神念诵。入教日例纳钱财，称为种福钱，又称根基钱。嘉庆中期，八卦教每卦教首是：乾卦张廷举，山东定陶县人；坤卦邱玉，山西岳阳县（安泽）人；震卦李文成，河南滑县人；巽卦程百岳，山东武城县人；艮卦郭泗湖，河南虞城县人，兑卦侯国龙，山西岳阳县人；坎卦林清，顺天府大兴县（河北大兴县）人；离卦张景文，山东城武县人。震卦最贵，七卦都听震卦教首命令。李文成统管八卦，兼掌九宫（八卦分为八方，加中央成九宫），有徒众数万人。
嘉庆十七年正月，天理会教徒集道口镇（河南滑县）大会。李文成在滑县设人皇府，立大旗，上书“大明天顺李真主”七字。军师牛亮臣（滑县犯罪书吏）、大元帅宋元成佐理军务，部属不得军师令，不敢入府议事，文成也很少召见众人。李文成推算天命，定酉年（十八年癸酉）戌月（九月）寅日（十五日戊寅）午时起事。称九月以后为白洋劫，山西为洋头，河南为洋腹，山东为洋尾，依次序用兵攻取。教首发给徒众白布小旗各一幅，起事日插门上，可免杀戮，不插旗的人家，屠杀不赦，免杀徒众又分三等待遇。造口诀道；“位列上中下，才分天地人，五行生父子，八卦定君臣。”经卷（白莲教及各支派都杂采佛道两教神话，造经卷画像）中有“专等北水归汉帝，大地乾坤只一传”语，意思是说坎卦林清（坎是水卦。林清自称姓刘）在北方起事，乾隆的天下只一传嘉庆就完了。
林清结交内监刘金、刘得才、杨进忠、阎进喜等，定计乘颙琰巡游木兰（热河围场县），袭据北京。九月十五日，密令内监分路引徒党二百人进攻皇官，林清留黄村，等待李文成大军来援。二百人攻皇宫，无疑是失败的。颛琰闻警，自热河驰回，捕林清等磔死。
李文成在滑县大造器械，被巡检（近乎区长那样的小官，从九品）刘斌、知县强克捷发觉，捕文成击断足胫。教徒知密谋败露，九月七日，聚众三千人攻破滑县，救出文成。直隶省长垣、东明，山东省曹、定陶、金乡等县教徒同时响应。李文成据滑县及道口镇，出兵围浚县。颙琰急调固原（甘肃固原县）提督杨遇春，总兵杨芳平乱。遇春破道口，烧杀万余人。进围滑县，城中人死守，无一人肯作内应，李文成率四千人逃入辉县（河南辉县）山中，兵败自焚死。十二月十日，杨芳用火药轰毁城西南角，巷战一昼夜，屠杀二万余人。李文成妻张氏道：“城亡我同亡，不死不是英雄”，挥刀巷战，杀清兵数人，归家自缢死，滑县平。
清文武官吏在新疆虐待回民，比虐待内地汉民尤甚。嘉庆二十五年，回民拥酋长张格尔起兵攻喀什噶尔（新疆疏勒县）边境。道光六年，张格尔攻破喀什噶尔城，杀守兵六千人，附近回民群起响应，杀官吏，毁城堡，助张格尔反清。七年旻宁命将军长龄、提督杨遇春、杨芳率兵三万攻喀什噶尔。张格尔率回军列阵二十里迎战。杨遇春猛冲敌阵，回军大溃，二杨追击，擒获张格尔，囚送北京。旻宁登午门行受俘礼。大臣怕张格尔陈说新疆吏治的弊恶，先灌毒药，使不能发言。受俘那一天，张格尔口角吐沫，情状极苦，旻宁问话，全不回答。旻宁怒，令寸裂饲狗，百官称颂为“圣朝盛事”。
张格尔败后，回民反抗并不停止。新疆在清朝总是骚动着，不断演出满汉回三族互相残杀的惨剧，受痛苦最大的自然是回民。
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