专业之于专业分流，是皮与毛之关系。皮之不存，毛将焉附？高校专业分流是以专业为基础的分流，与之配套的专业建设必然重要。
首先，重视专业大类的设置。专业大类的设置需要考虑可整合哪些专业，整合多少专业。高校专业的设置至关重要，需要兼顾学科知识逻辑、人才培养目标、社会发展需要以及高校的教育资源情况。专业大类的容量，往往决定了专业分流中学生的选择范围。理性选择理论认为，在一定范围内，选择数量越多，越有利于促成理性的选择。但这并不意味着专业大类要无限囊括专业，专业大类包含的专业数量同样应该遵循知识逻辑和市场逻辑。纵观国外，高校的专业设置与结构并不统一，而是根据高校类型而定。通常而言，高水平高校注重基础教育，其专业呈现逐步拓宽的趋势；应用型、专科类高校则更为面向社会劳动力市场，人才培养的目标更具针对性，故其专业面通常不宽；多科性高校则介于两者之间。我们在设置专业大类时，需充分考虑高校实力，切不可盲目跟风，应深入开展调查与研讨，并对新设专业类进行专业认证。
其次，增强专业调整能力。高校专业是人才培养的载体，为了更好地满足社会发展需求、学科发展要求以及学生发展诉求，高校专业应不断进行优化调整。在我国高校专业调整中，高校是主体，政府与社会劳动力市场主要起调控作用。传统的高校招生模式中，一些专业生源堪忧，但是服从调剂的规则让不少专业免于淘汰。高校专业分流，赋予学生充分的专业选择权利，这对于高校专业而言是个调整的契机。高校可在专业调整中引入市场机制，激发专业活力，淘汰不合格专业。但同时，我们不能完全以高校专业分流中学生的选择来决定专业的生死。因为有不少专业是国家和社会发展所需，但可能由于专业就业情况不好而不受学生青睐。再者，学生的选择未必完全是理性的决定，有可能是追求所谓热门专业所致。
最后，适当发展跨学科专业。跨学科专业又被称为“学科交叉专业”、“学际专业”[39]，即以整合两个或两个以上学科为基础的专业。如今，知识形态正由“科学知识型”转向“后现代知识型”，社会发展对人才的需求和学生个体个性全面发展的诉求，鼓励高校发展跨学科专业，以期拓展基础、刺激创新。国外不少高校广泛开设了跨学科专业，如哈佛大学的历史与科学（History and Science）、环境科学与公共政策（Environmental Science and Public Policy），耶鲁大学的计算机科学与哲学（Computer Science and Psychology）、天文学与物理学（Astronomy and Physics）等。通过对国外高校的考察与分析，跨学科专业的知识多取自不同学科领域的核心部分，而不仅仅是若干个相邻学科的交叉或某个不明确领域[40]。目前，国内高校也开始尝试跨学科专业的设置，如北京大学的“政治学、经济学与哲学”。当然，发展跨学科专业同样也需要考虑专业设置的科学性、合理性与可行性。
通过前文的论述，本章认为，尽管不少高校在专业分流的试行过程中遭遇了一些现实困境，但高校专业分流的功效不可被遮蔽，试行中暴露的问题需要相应的改革来解决。深化高校专业分流改革是一项系统工程，需要在把握高校专业分流未来取向的基础上，优化高校专业分流路径，强固专业分流的系统支撑。
在把握高校专业分流未来取向时，应坚持“高校引导”耦合“学生选择”的高校专业分流范式；确立“工具理性”与“价值理性”融合的高校专业分流思维；明晰定位，实现高校专业分流从“选拔性”到“衔接性”的转向；深化改革，由高校专业分流“系统自治”迈向“系统共治”。在对高校专业分流系统的自我提升中，重视专业分流政策设计、提升学生专业选择能力、加强专业分流程序指导以及建立专业分流长效机制。在对高校专业分流外部环境进行优化时，应努力构建多元递进的课程体系，完善柔性灵活的管理制度，开展自主科学的专业建设。
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