主体性是全面发展的人的根本特性[65]。教育的主体性是教育的本质特性，教育的根本在于培育和发挥人的主体性[66]。教育系统的主体性，是现代教育的重要特征。作为教育系统中的一个高校人才培养环节，高校专业分流同样具有主体性。高校专业分流的主体性首先表现为高校专业分流主体的主体性。学生作为高校专业分流的主体之一，其主体性应得以彰显。高校专业分流活动中，学生是参与主体，同时也是分流活动的对象，学生的自主性主要表征为学生专业选择的自主性。
一般而言，学生的自主性源于人类的自主性，具有人类自主性的一般特征。其一，在结构与层次上，学生的自主性由多种元素构成，包含感情与意志的情意自主性、选择和决定方面的认知自主性、实践环节的行为自主性。这三种元素相互作用，形塑了自主性的整体效应。自主性还具有不同层次，有学者提出自主性分为缺乏反思能力的“最小自主性”、容易受到影响的“过渡自主性”、具备反思和选择行为的“常态自主性”，以及脱离各种束缚，高瞻远瞩大胆创新的“超常自主性”。其二，自主性同时具备独立与联系的两面性。独立性是指不受外界不合理要求的干预，联系是因为行动者的独立性是相对的。有学者还提出规范的存在也是自主性的一部分。个人的主体性还需要尊重与考虑他人的自主性要求，以促成主体间性的和谐。其三，自主性内隐于心，同时需要借助外显的行为表现出来。其四，自主性兼具工具理性与价值理性。自由与自主性是相辅相成的，缺乏自由的自主与缺乏自主的自由都是空谈[67]。(www.xing528.com)
在高校专业分流活动中，学生专业选择的自主性是一种与高校专业分流活动的其他主体密切联系又独立于外界不利影响的知情意行统一的自主性，主要表现在学生自主选择符合自身条件、满足个人需求、有利个性发展、能最大限度地获得资源（包括信息资源、人力资源、财力资源、条件资源）的专业。而学生作为一个特殊的群体，还具有自主性的特性。学生的自主性寓于学校的活动中，学校的活动应当为学生的自主性提供条件与机遇，同时还要对可能限制与阻滞学生自主性发挥的因素进行约束。
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